현미경 픽셀 크기 계산기(픽셀당 µm)

픽셀 크기 계산기

시료 기준 픽셀 크기 계산 방법

픽셀 크기(µm/px) = 카메라 픽셀(µm) × 비닝 ÷ (대물렌즈 × 카메라 어댑터)

카메라 자체의 픽셀(예: 많은 sCMOS 카메라는 6.5 µm, 일반적인 CMOS 센서는 3.45 µm)은 대물렌즈와 카메라 어댑터를 거쳐 시료 위에 투영됩니다. 2 × 2 비닝은 네 픽셀을 하나로 합쳐 픽셀 크기를 두 배로 만듭니다. 현미경의 접안렌즈는 아무 역할도 하지 않습니다.

계산 예: 6.5 µm 픽셀, 60× 대물렌즈, 1× 어댑터, 비닝 없음: 6.5 ÷ 60 = 픽셀당 0.108 µm, 즉 µm당 9.2픽셀입니다. 이 값을 대물렌즈의 Nyquist 픽셀 크기와 비교해 카메라가 광학계를 제대로 샘플링하는지 확인하세요.

스테이지 마이크로미터로 교정하기

이 공식은 공칭 배율이 정확하다고 가정하지만, 실제로는 대개 몇 퍼센트 이내의 오차가 있습니다. 논문에 발표할 측정이라면 대물렌즈마다 한 번씩 교정하세요. 스테이지 마이크로미터(눈금이 새겨진 슬라이드로, 흔히 1 mm를 10 µm 간격 100칸으로 나눔)를 촬영하고, 들어가는 만큼 최대한 많은 눈금을 따라 선을 그은 다음, 실제 길이를 선의 픽셀 길이로 나눕니다.

계산 예: 마이크로미터의 100 µm가 400픽셀에 걸쳐 있다면 100 ÷ 400 = 픽셀당 0.25 µm입니다. Fiji에서는 Analyze › Set Scale이 같은 일을 하고, SlideScope에서는 파일에 픽셀 크기가 없을 때 View › Set Pixel Size…로 해당 이미지에 저장합니다.

전체 슬라이드 이미지의 픽셀당 마이크론(MPP)

슬라이드 스캐너는 기본 레벨의 픽셀 크기를 파일에 기록합니다(Aperio SVS는 "MPP"로, 다른 형식은 그에 해당하는 태그로 기록). 관례적으로 40× 스캔은 픽셀당 약 0.25 µm, 20× 스캔은 픽셀당 약 0.5 µm이며, 정확한 값은 스캐너에 따라 다릅니다(20×로 스캔한 Aperio 슬라이드인 OpenSlide CMU-1 테스트 슬라이드는 0.499 µm/px를 기록). 각 피라미드 레벨은 MPP에 다운샘플 값을 곱하므로, 다운샘플이 16인 40× 슬라이드의 레벨 2는 픽셀당 4 µm로 약 2.5×에 해당합니다.

Python에서는 openslide.OpenSlide(path).properties["openslide.mpp-x"]로 읽을 수 있습니다(Python에서 SVS 파일 읽기 참고). SlideScope를 비롯한 데스크톱 뷰어는 이를 자동으로 읽어 스케일 바를 그립니다.

질문

출처

• Nikon MicroscopyU — 시야(Field of view)
• OpenSlide Python API (openslide.mpp-x)

결과는 이론값 또는 산술 계산값입니다. 임상 또는 규제 대상 업무에 사용하기 전에 장비 문서와 대조해 확인하세요.