Kalibrasi
Kalkulator ukuran piksel mikroskop (µm per piksel)
Cari tahu berapa mikrometer yang dicakup oleh satu piksel pada citra Anda. Ada tiga cara: dari kamera dan objektif, dari jarak terukur seperti mikrometer objektif (stage micrometer), atau untuk satu level piramida whole slide image. Angka inilah yang membuat skala batang, pengukuran panjang, atau pengukuran luas menjadi benar.
Cara menghitung ukuran piksel pada sampel
ukuran piksel (µm/px) = piksel kamera (µm) × binning ÷ (objektif × adaptor kamera)
Piksel kamera itu sendiri (misalnya 6,5 µm pada banyak kamera sCMOS, 3,45 µm pada sensor CMOS yang umum) diproyeksikan ke spesimen melalui objektif dan adaptor kamera, jika ada. Binning 2 × 2 menggabungkan empat piksel menjadi satu, sehingga ukuran piksel menjadi dua kali lipat. Okuler mikroskop sama sekali tidak berperan.
Contoh perhitungan: piksel 6,5 µm, objektif 60×, adaptor 1×, tanpa binning: 6,5 ÷ 60 = 0,108 µm per piksel, atau 9,2 piksel per µm. Bandingkan dengan ukuran piksel Nyquist untuk objektif Anda guna melihat apakah kamera mencuplik optiknya dengan baik.
Kalibrasi dengan mikrometer objektif
Rumus ini mengasumsikan perbesaran nominal itu tepat; biasanya selisihnya hanya beberapa persen. Untuk pengukuran yang akan Anda publikasikan, kalibrasikan setiap objektif satu kali: ambil citra mikrometer objektif (slide dengan skala bergaris, sering kali 1 mm dalam 100 bagian masing-masing 10 µm), tarik garis sepanjang sebanyak mungkin bagian yang muat, lalu bagi panjang sebenarnya dengan panjang garis dalam piksel.
Contoh perhitungan: 100 µm pada mikrometer membentang sepanjang 400 piksel: 100 ÷ 400 = 0,25 µm per piksel. Di Fiji, Analyze › Set Scale melakukan hal yang sama; di SlideScope, View › Set Pixel Size… menyimpannya untuk citra tersebut bila berkasnya tidak membawa nilai ini.
Mikron per piksel (MPP) pada whole slide image
Pemindai slide mencatat ukuran piksel level dasar di dalam berkas (Aperio SVS menulis "MPP", format lain menggunakan tag yang setara). Menurut konvensi, pemindaian 40× bernilai sekitar 0,25 µm per piksel dan pemindaian 20× sekitar 0,5 µm per piksel; nilai pastinya bergantung pada pemindai (slide uji OpenSlide CMU-1, hasil pemindaian Aperio pada 20×, mencatat 0,499 µm/px). Setiap level piramida mengalikan MPP dengan downsample-nya, sehingga level 2 dari slide 40× dengan downsample 16 bernilai 4 µm per piksel, setara dengan sekitar 2,5×.
Bacalah di Python dengan openslide.OpenSlide(path).properties["openslide.mpp-x"] (lihat membaca berkas SVS dengan Python). Penampil desktop, termasuk SlideScope, membacanya secara otomatis dan menggambar skala batang berdasarkan nilai tersebut.
Pertanyaan
Bagaimana cara menghitung mikron per piksel?
Bagi ukuran piksel kamera dengan perbesaran total antara spesimen dan kamera (objektif × adaptor kamera), lalu kalikan dengan binning. Atau ambil citra mikrometer objektif dan bagi panjang yang diketahui dengan panjangnya dalam piksel.
Apa itu MPP dalam patologi?
Mikron per piksel: lebar satu piksel pada spesimen dalam whole slide image. Menurut konvensi, sekitar 0,25 µm/px disebut 40× dan 0,5 µm/px disebut 20×.
Mengapa citra saya menampilkan skala batang yang salah?
Berkas tersebut tidak menyimpan ukuran piksel atau menyimpan nilai yang salah (beberapa ekspor TIFF menyimpan 1 piksel per inci). Tetapkan ukuran piksel melalui kalibrasi; di Fiji gunakan Analyze › Set Scale, di SlideScope View › Set Pixel Size….
Apakah okuler mengubah ukuran piksel?
Tidak. Kamera melihat bayangan yang dibentuk oleh objektif (dan adaptor), bukan melalui okuler.
Apakah kalkulator ini gratis?
Ya. Kalkulator ini berjalan di browser Anda dan tidak mengirim apa pun ke mana pun. SlideScope, aplikasi mikroskopi desktop buatan tim yang sama, adalah aplikasi berbayar dengan pustaka sampel gratis (semua alat) dan langganan untuk citra Anda sendiri.
Sumber
Hasilnya bersifat teoretis atau aritmetis; periksa terhadap dokumentasi instrumen Anda sebelum mengandalkannya untuk pekerjaan klinis atau yang diatur regulasi.
Ukur pada citra Anda yang sebenarnya
SlideScope membuka 34 format mikroskop dan pemindai slide, di antaranya CZI, ND2, SVS, dan LIF, dengan kalibrasinya sendiri, sehingga panjang, luas, jumlah sel, dan skala batang langsung keluar dalam µm tanpa pengaturan apa pun. Coba semua alat secara gratis pada sampel bawaan; membuka citra Anda sendiri memerlukan langganan. Sudah memutuskan? Berlangganan sekarang.