CZI 轉換

在 Windows 與 Mac 上將 CZI 轉換為 TIFF 或 OME-TIFF

將 CZI 檔案轉換為 OME-TIFF（一種保留通道名稱與像素尺寸的開放 TIFF 格式）的方式有：使用廠商軟體、免費的 Fiji 或 bfconvert、幾行 Python 程式碼，或在 SlideScope 中免寫程式碼完成。建議選擇 OME-TIFF 而非一般 TIFF：一般 TIFF 通常會遺失校正與通道中繼資料。此外，請勿將未發表的資料交給線上轉換器，因為它們會上傳您的檔案。

下載 SlideScope所有轉換方式
無損 OME-TIFF保留通道與校正資訊無需上傳

將 CZI 轉換為 TIFF 的方式

工具費用平台備註
ZEISS ZEN付費；ZEN lite 免費僅限 WindowsImage Export（TIFF）與 OME TIFF Export；OME TIFF Export 不支援圖塊
Fiji / ImageJ 搭配 Bio-Formats免費、開源Windows, macOS, Linux以 Bio-Formats Exporter 匯出為 OME-TIFF；在 Apple silicon 上無法讀取 JPEG-XR 壓縮的 CZI
bfconvert（Bio-Formats 工具）免費、開源Windows, macOS, Linux命令列；批次處理、BigTIFF、金字塔、壓縮
Python（bioio、pylibCZIrw）免費、開源Windows, macOS, Linux以腳本轉換；需要 Python
SlideScope付費；匯出您自己的檔案需要訂閱Windows 10/11, macOS 14+無損 OME-TIFF，保留通道與校正資訊，可匯出多場景 CZI 的每個場景，免寫程式碼、無需上傳

對研究資料而言，線上轉換器是唯一應該避免的選項：它們會將檔案上傳到別人的伺服器，而且有些根本無法讀取 CZI（例如 convert.guru 就表示您需要 ZEN）。

在 ZEISS ZEN 中將 CZI 轉換為 TIFF（Windows）

  1. 在 ZEN 中開啟 CZI，並前往 Processing 分頁。
  2. 在 Method 下選擇 Export/Import › OME TIFF Export（若要一般 TIFF、BMP 或 JPEG，則選擇 Image Export）。
  3. 設定輸出資料夾與選項，然後按一下 Apply。若有多個檔案，請使用 Processing › Batch 搭配 Image Export 方法。

ZEISS 指出 OME TIFF Export 不支援圖塊。ZEN lite 是 ZEISS 的免費版本；ZEISS 並未列出它的匯出功能，不過亞利桑那大學的一份安裝指南有描述用它來匯出。ZEN 僅能在 Windows 上執行。

在 Fiji 中或以 bfconvert 將 CZI 轉換為 OME-TIFF（免費）

  1. 在 Fiji 中開啟 CZI 檔案（會經由 Bio-Formats 匯入器開啟）。
  2. 選擇 Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter，並儲存為 .ome.tif。超過 4 GB 的檔案請使用 BigTIFF 副檔名，例如 .ome.btf；一般 .tif 的上限為 4 GB。

不開啟 Fiji 時，可在終端機中使用 Bio-Formats 命令列工具進行轉換（請從 Bio-Formats 網站下載 bftools.zip）：

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

輸出格式取決於副檔名；除非指定 -compression，否則輸出不會壓縮；-series 0 只轉換一個序列。金字塔結構需要 -noflat，而這只有 OME-TIFF 支援。

以 Python 轉換 CZI

bioio 可讀取 CZI（搭配 bioio-czi 外掛程式）並寫出 OME-TIFF（搭配 bioio-ome-tiff）：

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

ZEISS 自家的 pylibCZIrw 可讀取 CZI 的平面與區域（先 pyczi.open_czi(path)，再 read(plane=...)），但無法寫出 TIFF：如果您需要完全掌控寫出的內容，請搭配 tifffile 使用。

在 SlideScope 中將 CZI 轉換為 OME-TIFF（免寫程式碼）

  1. 在 Windows 或 Mac 上以 SlideScope 開啟 CZI 檔案。
  2. 選擇 File › Export Current Image as TIFF… 並選擇儲存位置。SlideScope 會寫出無損 OME-TIFF（.ome.tif），保留通道名稱、顏色與像素尺寸，且絕不更動原始檔案。以一次一個場景的方式檢視多場景 CZI 時，會以該場景本身的解析度匯出螢幕上的場景。
  3. 若有多個檔案，請選擇 File › Open Folder，選取檔案後執行「Export the selected files…」，每個檔案輸出一個 OME-TIFF，其中每個場景或位置各自保留為一張影像；若改用「Extract scenes from the selected files…」，則會將每個場景或位置寫成獨立的檔案。若是大型玻片掃描影像，請選擇「Full resolution: every scanned pixel」。
  4. 在 Fiji、QuPath 或任何 OME-TIFF 讀取程式中開啟結果：Fiji 會將 .ome.tif 檔案交給 Bio-Formats，由它讀取校正資訊與通道。

匯出您自己的檔案需要訂閱；內建範例可免費匯出。轉換在您自己的電腦上執行，不會上傳任何內容。

CZI 轉換常見問題

可以免費將 CZI 轉換為 TIFF 嗎？

可以。免費的 Fiji 可透過 Bio-Formats 開啟 CZI，並以 Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter 儲存 OME-TIFF；免費的 bfconvert 指令則可在終端機中完成相同的工作。在 Windows 電腦上，ZEISS ZEN 也能將 CZI 匯出為 TIFF 與 OME-TIFF。

我應該匯出 TIFF 還是 OME-TIFF？

OME-TIFF。它仍是大多數程式都能開啟的 TIFF，但會在中繼資料中保留通道名稱、像素尺寸，以及 Z 與時間的結構。一般 TIFF 通常只保留像素，因此在其他軟體中量測時，結果會以像素而非 µm 呈現。

為什麼我匯出的 TIFF 看起來是黑色或非常暗？

大多數顯微影像是 12 或 16 位元，檢視器若顯示完整的 0-65,535 範圍，影像就會看起來很暗。資料本身沒有問題：請調整亮度與對比（在 Fiji 中為 Image › Adjust › Brightness/Contrast），而不要轉換為 8 位元，因為那會丟失資訊。

為什麼我的 CZI 在 Mac 上的 Fiji 中打不開？

許多 CZI 檔案採用 JPEG-XR 壓縮，而根據 QuPath 的說明文件，Bio-Formats 無法在 Apple silicon Mac 上解碼 JPEG-XR。請在 Windows 或 Intel 電腦上轉換，或使用 SlideScope：它在 Windows 與 Mac 上都以內建的 JPEG XR 解碼器讀取 CZI。

如何轉換整個資料夾的 CZI 檔案？

在 ZEN 中，使用 Processing › Batch 搭配 Image Export 方法。使用 bfconvert 時，請在 shell 腳本中逐一處理檔案。在 SlideScope 中，開啟資料夾、選取檔案，然後執行「Export the selected files…」為每個檔案輸出一個 OME-TIFF，或執行「Extract scenes from the selected files…」為每個場景輸出一個檔案。

SlideScope 是免費的嗎？

SlideScope 是一款付費應用程式，附有免費範例庫（所有工具皆可使用）；開啟您自己的影像需要訂閱，每月 $35 起。

免費探索內建範例庫，所有工具皆可使用。開啟您自己的影像需要訂閱：每月 $35，訂閱時即收費（PayPal 或信用卡），並可隨時在帳戶中取消。另提供年繳方案，每年 $349.99，約等於免費兩個月。

無需上傳即可轉換

先在內建範例上免費試用，再透過訂閱開啟您自己的 CZI 檔案並匯出無損 OME-TIFF。已經決定了嗎？立即訂閱。

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