Quantificazione locale

Quantifica nuclei, cellule e particelle senza far uscire un solo pixel

La quantificazione locale trasforma in numeri il vetrino che stai già guardando. Segmentazione e misura girano sul tuo computer, quindi immagini inedite o di origine clinica non lasciano mai la macchina, e il risultato compare nella stessa finestra dell’immagine.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Perché quantificare qui

I tuoi pixel restano sulla tua macchina

Segmentazione e misura girano in locale. Si scaricano solo i pesi del modello, e SlideScope ne verifica l’impronta SHA-256 prima di caricarli. Dell’immagine non viene caricato nulla: è la differenza che conta per dati inediti, materiale di origine clinica e comitati etici.

Due motori, entrambi espliciti

Usa pesi di deep learning InstanSeg verificati per nuclei e cellule, oppure una soglia classica esplicita con selezione automatica di Otsu, rilevamento della polarità, smoothing e limiti di area. Sai sempre quale motore ha prodotto un numero, e il riepilogo dei metodi lo registra.

Pensato per essere riproducibile

Ogni esecuzione è descritta da una ricetta salvata: tipo di oggetto, motore, canale, soglie, limiti di area, canali marcatore. Ricarica la ricetta, rilancia la cartella e ottieni la stessa analisi. Il riepilogo dei metodi esportato è scritto per essere incollato in un manoscritto.

Che cosa ottieni

  • Conteggio degli oggetti, con densità calibrata per millimetro quadrato ovunque sia registrata la dimensione del pixel
  • Area, perimetro e descrittori di forma per ogni oggetto
  • Intensità media in tutti i canali, non solo in quello usato per la segmentazione
  • Classificazione opzionale degli oggetti positivi su uno o due canali marcatore
  • Distribuzioni di dimensione e intensità sull’intera popolazione di oggetti
  • Sovrapposizioni modificabili, per escludere prima dell’export gli oggetti segmentati male

Export adatti a flussi di lavoro reali

  • Tabella CSV degli oggetti per statistica in R, Python, Prism o foglio di calcolo
  • Contorni GeoJSON che QuPath e ASAP importano direttamente
  • TIFF di maschera etichettata con la ricetta nei metadati del file
  • PNG annotato per figure e presentazioni
  • JSON di riepilogo per l’uso programmatico a valle
  • Un riepilogo dei metodi scritto per essere incollato in un manoscritto

Cinque minuti, dall’immagine ai numeri

  1. Scegli la regione

    Quantifica l’immagine intera o solo la regione selezionata. Lavorare su una regione mantiene reattivo un vetrino da gigapixel e concentra l’analisi sul tessuto che ti interessa davvero.

  2. Scegli oggetti e motore

    Nuclei, cellule o particelle. InstanSeg per nuclei e cellule, sogliatura classica per il resto o quando serve una regola del tutto esplicita.

  3. Controlla la sovrapposizione

    I risultati compaiono sovrapposti all’immagine. Scorri la tabella degli oggetti, esamina i casi anomali ed escludi ciò che la segmentazione ha letto male. Nulla è definitivo finché non lo decidi tu.

  4. Esporta o elabora la cartella

    Esporta il pacchetto, oppure salva le impostazioni come ricetta e applica la stessa analisi a un’intera cartella in un solo passaggio, con un riepilogo del lotto.

Domande frequenti

Le mie immagini escono dal computer?

No. Segmentazione e misura girano nel processo di SlideScope sulla tua macchina. L’unica richiesta di rete è un download una tantum dei pesi del modello, e SlideScope verifica l’impronta SHA-256 sia dell’archivio sia del modello prima di caricare qualsiasi codice.

Quale motore devo usare?

InstanSeg per nuclei e cellule in campo chiaro o fluorescenza: separa gli oggetti a contatto molto meglio di una soglia. Il motore classico per le particelle, per colorazioni insolite o ogni volta che serve una regola enunciabile con precisione nella sezione metodi.

Posso fidarmi dei numeri per una pubblicazione?

Trattali come risultato di ricerca che richiede il tuo controllo di qualità. SlideScope mostra la segmentazione come sovrapposizione modificabile proprio perché tu la verifichi, ed esporta un riepilogo dei metodi che descrive come è stato ottenuto ogni numero. I risultati non sono validati per la diagnosi né per decisioni cliniche.

Solo per uso di ricerca. I risultati richiedono controllo di qualità visivo e non sono validati per la diagnosi né per decisioni cliniche.

Quantifica i tuoi vetrini questa settimana

La prova di 14 giorni è ad accesso completo, quantificazione locale ed elaborazione per cartelle incluse. Provala sulle immagini su cui il tuo laboratorio sta davvero lavorando.

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