TIFF in JPG oder PNG umwandeln

16-Bit-TIFFs konvertieren, ohne das Bild zu verlieren

PNG und JPEG speichern im Web 8 Bit pro Kanal, daher muss ein 16-Bit-Mikroskopiebild auf 256 Stufen abgebildet werden. Ein Konverter, der den vollen Bereich 0–65.535 abbildet, macht ein typisches Kamerabild, das einige Tausend Stufen nutzt, fast schwarz. Hier beginnt der Bereich jedes Kanals beim 0,1.–99,9. Perzentil (Auto-Kontrast); geben Sie ein Minimum und Maximum ein, um dieselbe Abbildung auf mehrere Bilder anzuwenden, damit sie vergleichbar bleiben, oder wählen Sie „Voller Bereich“. Behalten Sie für Messungen das Original-TIFF: Ein 8-Bit-Export verändert die Intensitäten, und PNG und JPEG speichern die Pixelgröße nicht.

Was Sie exportieren können

• Eine Ebene oder alle: Seiten, Z-Ebenen und Zeitpunkte, jeweils als eigene Datei gespeichert.
• Overlay oder getrennte Kanäle: eine farbige Überlagerung der eingeschalteten Kanäle oder jeder Kanal als eigenes Graustufenbild.
• Whole-Slide-Bilder: Wählen Sie eine Pyramidenebene mit bis zu 16.384 Pixeln Kantenlänge (größere Bilder können Browser nicht verarbeiten). Für einen Export in voller Auflösung konvertieren Sie stattdessen auf dem Desktop in OME-TIFF (so geht’s).
• PNG ist verlustfrei; JPEG ist kleiner, mit der von Ihnen eingestellten Qualität.

Dieselbe Konvertierung in Fiji oder auf der Kommandozeile

Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, dann Image › Type › 8-bit (oder RGB Color für Overlays) und File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (fügen Sie [0] nach dem Eingabenamen hinzu, um nur die erste Seite zu nehmen). Python: mit tifffile.imread einlesen, mit numpy auf 0–255 skalieren, mit imageio schreiben.

Was es nicht öffnet

• JPEG-2000-SVS (Aperio-Kompression 33003/33005), JPEG XR und JPEG XL lassen sich in einem Browser nicht ohne WebAssembly dekodieren, und diese Seite lädt kein WebAssembly.
• Nicht TIFF-basiert: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR und DICOM benötigen ein Desktop-Programm zum Lesen. NDPI ist TIFF-ähnlich, speichert aber jede Ebene als ein einziges riesiges JPEG, das für einen Browser-Tab zu groß ist.
• Bei OME-TIFF mit mehreren Serien wird die erste Serie angezeigt.
• Keine Messungen, Annotationen oder Analysen: Es ist ein reiner Viewer.

Für diese Formate sowie zum Messen, Annotieren und Zählen von Zellen in Ihren eigenen Bildern öffnet SlideScope 34 Formate von Mikroskopen und Slide-Scannern unter Windows und Mac. SlideScope, die Desktop-App für Mikroskopie vom selben Team, ist eine kostenpflichtige App mit kostenloser Beispielbibliothek (alle Werkzeuge) und einem Abonnement für Ihre eigenen Bilder. Kostenlose Alternativen: Fiji (Bio-Formats) und QuPath.

Wie es eine Datei öffnet, ohne sie hochzuladen

Wenn Sie eine Datei auswählen, übergibt der Browser dieser Seite einen Verweis auf die Datei auf Ihrer Festplatte. Die Seite liest nur die Bytes, die sie benötigt: zuerst das TIFF-Verzeichnis, dann die Kacheln für den sichtbaren Bildausschnitt, und dekodiert sie mit einem Open-Source-TIFF-Reader (geotiff) direkt in der Seite. Nichts wird an einen Server gesendet, sodass unveröffentlichte Daten und Präparate mit Patientenetiketten auf Ihrem Computer bleiben, und Präparate mit mehreren Gigabyte öffnen sich in Sekunden, weil sie nirgendwohin kopiert werden. Schließen Sie den Tab, und die Datei ist von der Seite verschwunden.

Die Seite lädt ihre eigenen Skripte von slidescope.science sowie den datenschutzfreundlichen Seitenaufrufzähler der Website; keines von beiden sieht jemals Ihr Bild. Open-Source-Lizenzen: image-tools-vendor.LICENSE.txt.

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