转换 16 位 TIFF 而不丢失画面
网页中使用的 PNG 和 JPEG 每个通道只有 8 位,因此 16 位显微镜图像必须映射到 256 个灰阶上。如果转换器映射完整的 0–65,535 范围,一幅只用到几千个灰阶的典型相机图像就会几乎全黑。在这里,每个通道的范围默认从其第 0.1 至第 99.9 百分位数开始(自动对比度);输入最小值和最大值即可对多幅图像应用相同的映射,使它们保持可比,也可以选择“全范围”。请保留原始 TIFF 用于测量:8 位导出会改变强度值,而且 PNG 和 JPEG 不携带像素尺寸。
可以导出的内容
- 单个平面或全部平面:页面、Z 平面和时间点,各自保存为单独的文件。
- 合成图或单独通道:将您保持开启的通道叠加为彩色图像,或将每个通道保存为单独的灰度图像。
- 全切片图像:选择每边最多 16,384 像素的金字塔层级(浏览器无法容纳更大的图像)。如需全分辨率导出,请改为在桌面端转换为 OME-TIFF(操作方法)。
- PNG 为无损格式;JPEG 文件更小,质量由您设定。
在 Fiji 或命令行中进行相同的转换
Fiji:Image › Adjust › Brightness/Contrast,点击 Apply,然后选择 Image › Type › 8-bit(合成图则选 RGB Color),再执行 File › Save As › PNG。ImageMagick:magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png(如只需第一页,在输入文件名后加上 [0])。Python:用 tifffile.imread 读取,用 numpy 重新缩放到 0–255,再用 imageio 写出。
无法打开的格式
- JPEG 2000 SVS(Aperio 压缩 33003/33005)、JPEG XR 和 JPEG XL 在浏览器中需要 WebAssembly 才能解码,而本页面不加载 WebAssembly。
- 非 TIFF 格式:CZI、ND2、LIF、MRXS、VSI、IMS、OIB/OIR 和 DICOM 需要桌面读取程序。NDPI 类似 TIFF,但每个层级都存储为一个巨大的 JPEG,对浏览器标签页来说过大。
- 包含多个序列的 OME-TIFF 只显示第一个序列。
- 不提供测量、标注或分析:它只是一个查看器。
对于这些格式,以及要在您自己的图像上测量、标注和计数细胞,SlideScope 可在 Windows 和 Mac 上打开 34 种显微镜和切片扫描仪格式。SlideScope 是同一团队开发的桌面显微镜应用,它是一款付费应用,附带免费示例库(包含所有工具),打开您自己的图像需要订阅。免费替代方案:Fiji(Bio-Formats)和 QuPath。
它如何在不上传的情况下打开文件
当您选择文件时,浏览器会把磁盘上该文件的句柄交给本页面。页面只读取所需的字节:先读取 TIFF 目录,再读取屏幕上显示区域的图块,并在页面中用开源 TIFF 读取器(geotiff)解码。任何内容都不会发送到服务器,因此未发表的数据和带有患者标签的切片都留在您的电脑上;数 GB 的切片也能在几秒内打开,因为它们从不会被复制到任何地方。关闭标签页后,文件即从页面中消失。
页面从 slidescope.science 加载自身的脚本,以及本站注重隐私的页面浏览计数器;两者都不会接触您的图像。开源许可证:image-tools-vendor.LICENSE.txt。
常见问题
如何在不上传的情况下将 TIFF 转换为 JPG?
在本页面中打开它,选择 JPEG 并点击“转换”:浏览器会在您的电脑上转换文件并保存结果,不会向服务器发送任何内容。
为什么我的 16 位 TIFF 转换后变成全黑?
转换器把完整的 16 位范围映射到了 8 位,因此实际数据只占据了最暗的几个灰阶。请在这里使用自动对比度,或在 Fiji 中转换前先设置显示范围。
可以转换多页 TIFF 的每一页吗?
可以:勾选“转换全部页面”,每一页都会保存为单独的 PNG 或 JPEG。
可以将 SVS 切片转换为 JPG 吗?
可以,支持每边最多 16,384 像素的任意金字塔层级;整张切片的全分辨率图像过大,无法在浏览器中保存为单个 JPEG。
这个转换器免费吗?
是的,它免费且无需账户。SlideScope 是同一团队开发的桌面显微镜应用,它是一款付费应用,附带免费示例库(包含所有工具),打开您自己的图像需要订阅。
需要浏览器做不到的功能?
SlideScope 可在 Windows 和 Mac 上打开 34 种显微镜和切片扫描仪格式,包括 CZI、ND2、LIF、MRXS 和 JPEG 2000 SVS,并提供测量、标注、细胞计数和全分辨率 OME-TIFF 导出。可在内置示例上免费试用所有工具;打开您自己的图像需要订阅。已经决定了?立即订阅。
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