Konwersja TIFF do JPG lub PNG

Konwersja 16-bitowych plików TIFF bez utraty obrazu

PNG i JPEG w wersji używanej w sieci przechowują 8 bitów na kanał, więc 16-bitowy obraz mikroskopowy trzeba przełożyć na 256 poziomów. Konwerter, który odwzorowuje pełny zakres 0–65 535, sprawia, że typowy obraz z kamery, wykorzystujący kilka tysięcy poziomów, staje się niemal czarny. Tutaj zakres każdego kanału zaczyna się od jego 0,1–99,9 percentyla (Automatyczny kontrast); wpisz minimum i maksimum, aby zastosować to samo odwzorowanie do kilku obrazów i zachować ich porównywalność, albo wybierz Pełny zakres. Do pomiarów zachowaj oryginalny plik TIFF: eksport 8-bitowy zmienia intensywności, a PNG i JPEG nie przechowują rozmiaru piksela.

Co możesz wyeksportować

• Jedna płaszczyzna lub wszystkie: strony, płaszczyzny Z i punkty czasowe, każde zapisane jako osobny plik.
• Kompozyt lub osobne kanały: kolorowa nakładka z pozostawionych włączonych kanałów albo każdy kanał jako osobny obraz w skali szarości.
• Obrazy całych preparatów: wybierz poziom piramidy do 16 384 pikseli na bok (przeglądarki nie pomieszczą większych obrazów). Aby wyeksportować pełną rozdzielczość, przekonwertuj plik do OME-TIFF w aplikacji desktopowej (jak to zrobić).
• PNG jest bezstratny; JPEG jest mniejszy, w ustawionej przez Ciebie jakości.

Ta sama konwersja w Fiji lub z wiersza poleceń

Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, następnie Image › Type › 8-bit (lub RGB Color dla kompozytów) i File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (dodaj [0] po nazwie pliku wejściowego, aby przekonwertować tylko pierwszą stronę). Python: wczytaj przez tifffile.imread, przeskaluj do 0–255 za pomocą numpy, zapisz przez imageio.

Czego nie otwiera

• SVS z JPEG 2000 (kompresja Aperio 33003/33005), JPEG XR i JPEG XL nie dają się zdekodować w przeglądarce internetowej bez WebAssembly, którego ta strona nie ładuje.
• Formaty nieoparte na TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR i DICOM wymagają czytnika desktopowego. NDPI przypomina TIFF, ale każdy poziom przechowuje jako jeden ogromny plik JPEG, zbyt duży dla karty przeglądarki.
• OME-TIFF z kilkoma seriami pokazuje pierwszą serię.
• Bez pomiarów, adnotacji i analizy: to tylko przeglądarka.

Do tych formatów, a także do mierzenia, adnotacji i liczenia komórek na własnych obrazach, SlideScope otwiera 34 formaty mikroskopów i skanerów preparatów na Windows i Macu. SlideScope, desktopowa aplikacja mikroskopowa tego samego zespołu, to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia) i subskrypcją na własne obrazy. Bezpłatne alternatywy: Fiji (Bio-Formats) i QuPath.

Jak otwiera plik bez przesyłania go

Gdy wybierasz plik, przeglądarka internetowa przekazuje tej stronie uchwyt do niego na Twoim dysku. Strona odczytuje tylko potrzebne bajty: najpierw katalog TIFF, potem kafelki dla widocznej na ekranie części obrazu, i dekoduje je na stronie za pomocą otwartoźródłowego czytnika TIFF (geotiff). Nic nie jest wysyłane na serwer, więc nieopublikowane dane i preparaty z etykietami pacjentów zostają na Twoim komputerze, a wielogigabajtowe preparaty otwierają się w kilka sekund, bo nigdy nie są nigdzie kopiowane. Zamknij kartę, a plik zniknie ze strony.

Strona ładuje własne skrypty z slidescope.science oraz szanujący prywatność licznik odsłon witryny; żadne z nich nigdy nie widzi Twojego obrazu. Licencje open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.

Pytania