Конвертування TIFF в JPG або PNG

Конвертування 16-бітних TIFF без втрати зображення

PNG і JPEG у вебі зберігають 8 біт на канал, тож 16-бітне мікроскопічне зображення доводиться відображати на 256 рівнів. Конвертер, який відображає весь діапазон 0–65,535, робить типове зображення з камери, що використовує кілька тисяч рівнів, майже чорним. Тут діапазон кожного каналу початково задається за його 0.1-м–99.9-м перцентилями (Автоконтраст); введіть мінімум і максимум, щоб застосувати однакове відображення до кількох зображень і зберегти їхню порівнюваність, або виберіть «Повний діапазон». Для вимірювань зберігайте оригінальний TIFF: 8-бітний експорт змінює інтенсивності, а PNG і JPEG не містять розміру пікселя.

Що можна експортувати

• Одну площину або всі: сторінки, площини Z і часові точки, кожна зберігається в окремий файл.
• Композит або окремі канали: кольорове накладання каналів, які ви залишили ввімкненими, або кожен канал як окреме зображення у відтінках сірого.
• Повнослайдові зображення: виберіть рівень піраміди до 16,384 пікселів по стороні (браузери не можуть утримувати більші зображення). Для експорту в повній роздільності натомість конвертуйте в OME-TIFF у настільній програмі (як саме).
• PNG — без втрат; JPEG менший, з якістю, яку ви задаєте.

Те саме конвертування у Fiji або в командному рядку

Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, потім Image › Type › 8-bit (або RGB Color для композитів) і File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (додайте [0] після назви вхідного файлу, щоб узяти лише першу сторінку). Python: прочитайте за допомогою tifffile.imread, перемасштабуйте до 0–255 за допомогою numpy, запишіть за допомогою imageio.

Що він не відкриває

• SVS у JPEG 2000 (стиснення Aperio 33003/33005), JPEG XR і JPEG XL неможливо декодувати в браузері без WebAssembly, який ця сторінка не завантажує.
• Не на основі TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR і DICOM потребують настільної програми для читання. NDPI схожий на TIFF, але зберігає кожен рівень як один величезний JPEG, завеликий для вкладки браузера.
• OME-TIFF з кількома серіями показує першу серію.
• Жодних вимірювань, анотацій чи аналізу: це переглядач.

Для цих форматів, а також для вимірювання, анотування й підрахунку клітин на ваших власних зображеннях SlideScope відкриває 34 формати мікроскопів і слайд-сканерів у Windows і на Mac. SlideScope, настільна програма для мікроскопії від тієї самої команди, — платна програма з безкоштовною бібліотекою зразків (усі інструменти) і передплатою для ваших власних зображень. Безкоштовні альтернативи: Fiji (Bio-Formats) і QuPath.

Як він відкриває файл без завантаження на сервер

Коли ви вибираєте файл, браузер передає цій сторінці дескриптор файлу на вашому диску. Сторінка читає лише потрібні байти: спершу каталог TIFF, потім плитки для тієї частини зображення, що на екрані, і декодує їх на сторінці за допомогою TIFF-бібліотеки з відкритим кодом (geotiff). На сервер нічого не надсилається, тож неопубліковані дані та слайди з етикетками пацієнтів залишаються на вашому комп’ютері, а слайди розміром у кілька гігабайтів відкриваються за секунди, бо їх ніколи нікуди не копіюють. Закрийте вкладку — і файлу на сторінці більше немає.

Сторінка завантажує власні скрипти зі slidescope.science і лічильник переглядів сторінок сайту, що поважає конфіденційність; жоден із них ніколи не бачить вашого зображення. Ліцензії відкритого коду: image-tools-vendor.LICENSE.txt.

Запитання