Convertire TIFF a 16 bit senza perdere l’immagine
PNG e JPEG, così come si usano sul web, contengono 8 bit per canale, quindi un’immagine da microscopio a 16 bit va mappata su 256 livelli. Un convertitore che mappa l’intero intervallo 0–65.535 rende quasi nera una tipica immagine da fotocamera, che usa qualche migliaio di livelli. Qui l’intervallo di ogni canale parte dai suoi percentili 0,1–99,9 (contrasto automatico); digita un minimo e un massimo per applicare la stessa mappatura a più immagini, così restano confrontabili, oppure scegli l’intervallo completo. Conserva il TIFF originale per le misure: un’esportazione a 8 bit modifica le intensità, e PNG e JPEG non contengono la dimensione del pixel.
Che cosa puoi esportare
- Un piano o tutti: pagine, piani Z e punti temporali, ognuno salvato come file a sé.
- Canali compositi o separati: una sovrapposizione a colori dei canali che lasci attivi, oppure ogni canale come immagine in scala di grigi a sé.
- Immagini whole slide: scegli un livello della piramide fino a 16.384 pixel per lato (i browser non possono gestire immagini più grandi). Per un’esportazione a piena risoluzione, converti invece in OME-TIFF sul desktop (come fare).
- PNG è senza perdita; JPEG è più leggero, con la qualità che imposti.
La stessa conversione in Fiji o dalla riga di comando
Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, poi Image › Type › 8-bit (oppure RGB Color per i compositi) e File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (aggiungi [0] dopo il nome del file di input per la sola prima pagina). Python: leggi con tifffile.imread, riscala su 0–255 con numpy, scrivi con imageio.
Che cosa non apre
- SVS JPEG 2000 (compressione Aperio 33003/33005), JPEG XR e JPEG XL non si possono decodificare in un browser senza WebAssembly, che questa pagina non carica.
- Non basati su TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR e DICOM richiedono un lettore desktop. NDPI è simile al TIFF, ma memorizza ogni livello come un unico JPEG enorme, troppo grande per una scheda del browser.
- OME-TIFF con più serie: viene mostrata la prima serie.
- Niente misure, annotazioni o analisi: è un visualizzatore.
Per quei formati, e per misurare, annotare e contare le cellule sulle tue immagini, SlideScope apre 34 formati di microscopi e scanner per vetrini su Windows e Mac. SlideScope, l’app desktop per microscopia creata dallo stesso team, è un’app a pagamento con una libreria di campioni gratuita (tutti gli strumenti) e un abbonamento per le tue immagini. Alternative gratuite: Fiji (Bio-Formats) e QuPath.
Come apre un file senza caricarlo
Quando scegli un file, il browser passa a questa pagina un riferimento al file sul tuo disco. La pagina legge solo i byte che le servono: prima la directory TIFF, poi le tessere della parte di immagine sullo schermo, e le decodifica nella pagina con un lettore TIFF open source (geotiff). Nulla viene inviato a un server, quindi i dati non pubblicati e i vetrini con etichette dei pazienti restano sul tuo computer, e i vetrini da diversi gigabyte si aprono in pochi secondi perché non vengono mai copiati da nessuna parte. Chiudi la scheda e il file sparisce dalla pagina.
La pagina carica i propri script da slidescope.science e il contatore di visite del sito, rispettoso della privacy; nessuno dei due vede mai la tua immagine. Licenze open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Domande
Come converto un TIFF in JPG senza caricarlo?
Aprilo in questa pagina, scegli JPEG e fai clic su Converti: il browser converte il file sul tuo computer e salva il risultato, senza inviare nulla a un server.
Perché il mio TIFF a 16 bit diventa nero quando lo converto?
Il convertitore ha mappato l’intero intervallo a 16 bit su 8 bit, quindi i dati reali occupano solo i livelli più scuri. Usa qui il contrasto automatico, oppure imposta l’intervallo di visualizzazione prima di convertire in Fiji.
Posso convertire ogni pagina di un TIFF multipagina?
Sì: spunta Converti tutte le pagine; ogni pagina viene salvata come PNG o JPEG a sé.
Posso convertire un vetrino SVS in JPG?
Sì, a qualsiasi livello della piramide fino a 16.384 pixel per lato; la piena risoluzione di un vetrino intero è troppo grande per un singolo JPEG in un browser.
Questo convertitore è gratuito?
Sì, è gratuito e non richiede un account. SlideScope, l’app desktop per microscopia creata dallo stesso team, è un’app a pagamento con una libreria di campioni gratuita (tutti gli strumenti) e un abbonamento per le tue immagini.
Ti serve più di quanto possa fare un browser?
SlideScope apre 34 formati di microscopi e scanner per vetrini su Windows e Mac, tra cui CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS JPEG 2000, con misure, annotazioni, conteggio delle cellule ed esportazione OME-TIFF a piena risoluzione. Prova gratis tutti gli strumenti sui campioni inclusi; per aprire le tue immagini serve un abbonamento. Hai già deciso? Abbonati ora.