Převod TIFF do JPG nebo PNG

Převod 16bitových TIFF bez ztráty obrazu

PNG a JPEG, jak se používají na webu, mají 8 bitů na kanál, takže 16bitový mikroskopický snímek je nutné převést na 256 úrovní. Převodník, který převádí celý rozsah 0–65 535, udělá z typického snímku z kamery, který využívá několik tisíc úrovní, téměř černý obrázek. Zde rozsah každého kanálu začíná na 0,1. až 99,9. percentilu (Automatický kontrast); zadejte minimum a maximum, chcete-li stejný převod použít na více snímků, aby zůstaly srovnatelné, nebo zvolte Plný rozsah. Pro měření si ponechte původní TIFF: 8bitový export mění intenzity a PNG ani JPEG nenesou velikost pixelu.

Co můžete exportovat

• Jednu rovinu nebo všechny: stránky, roviny Z a časové body, každou jako samostatný soubor.
• Kompozit nebo samostatné kanály: barevný překryv kanálů, které necháte zapnuté, nebo každý kanál jako samostatný snímek ve stupních šedi.
• Celoplošné snímky: vyberte úroveň pyramidy do 16 384 pixelů na stranu (větší obrázky prohlížeče neudrží). Pro export v plném rozlišení místo toho převeďte soubor na OME-TIFF v desktopové aplikaci (jak na to).
• PNG je bezeztrátový; JPEG je menší, s kvalitou, kterou nastavíte.

Stejný převod ve Fiji nebo z příkazového řádku

Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, poté Image › Type › 8-bit (nebo RGB Color pro kompozity) a File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (pro převod jen první stránky přidejte za název vstupu [0]). Python: načtěte pomocí tifffile.imread, přeškálujte na 0–255 pomocí numpy a zapište pomocí imageio.

Co neotevře

• SVS s JPEG 2000 (komprese Aperio 33003/33005), JPEG XR a JPEG XL nelze v prohlížeči dekódovat bez WebAssembly, které tato stránka nenačítá.
• Formáty, které nejsou založené na TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR a DICOM potřebují desktopovou čtečku. NDPI se podobá TIFF, ale každou úroveň ukládá jako jeden obrovský JPEG, příliš velký pro kartu prohlížeče.
• OME-TIFF s více sériemi zobrazí první sérii.
• Žádná měření, anotace ani analýza: je to prohlížeč.

Pro tyto formáty a pro měření, anotace a počítání buněk na vlastních snímcích otevře SlideScope 34 formátů mikroskopů a skenerů preparátů ve Windows i na Macu. SlideScope, desktopová aplikace pro mikroskopii od stejného týmu, je placená aplikace s bezplatnou knihovnou ukázek (všechny nástroje) a předplatným pro vlastní snímky. Bezplatné alternativy: Fiji (Bio-Formats) a QuPath.

Jak otevře soubor bez nahrávání

Když vyberete soubor, prohlížeč předá této stránce odkaz na něj na vašem disku. Stránka čte jen bajty, které potřebuje: nejprve adresář TIFF, pak dlaždice pro část snímku, která je na obrazovce, a dekóduje je přímo na stránce pomocí open-source čtečky TIFF (geotiff). Na server se nic neposílá, takže nepublikovaná data i preparáty se štítky pacientů zůstávají ve vašem počítači a mnohagigabajtové preparáty se otevřou během několika sekund, protože se nikam nekopírují. Zavřete kartu a soubor ze stránky zmizí.

Stránka načítá vlastní skripty ze slidescope.science a počítadlo zobrazení stránek webu, které respektuje soukromí; ani jedno váš snímek nikdy nevidí. Open-source licence: image-tools-vendor.LICENSE.txt.

Otázky