Converter TIFF de 16 bits sem perder a imagem
O PNG e o JPEG, tal como são usados na web, guardam 8 bits por canal, por isso uma imagem de microscópio de 16 bits tem de ser mapeada para 256 níveis. Um conversor que mapeia o intervalo completo 0–65 535 deixa quase preta uma imagem típica de câmara, que usa alguns milhares de níveis. Aqui, o intervalo de cada canal começa nos seus percentis 0,1–99,9 («Contraste automático»); escreva um mínimo e um máximo para aplicar o mesmo mapeamento a várias imagens, de modo a que se mantenham comparáveis, ou escolha «Intervalo completo». Guarde o TIFF original para fazer medições: uma exportação de 8 bits altera as intensidades, e o PNG e o JPEG não guardam o tamanho de píxel.
O que pode exportar
- Um plano ou todos: páginas, planos Z e pontos temporais, cada um guardado como um ficheiro próprio.
- Canais compostos ou separados: uma sobreposição colorida dos canais que deixar ativos, ou cada canal como uma imagem própria em tons de cinzento.
- Imagens de lâmina inteira: escolha um nível da pirâmide até 16 384 píxeis de lado (os navegadores não conseguem suportar imagens maiores). Para uma exportação em resolução total, converta antes para OME-TIFF no computador (como).
- O PNG é sem perdas; o JPEG é mais pequeno, com a qualidade que definir.
A mesma conversão no Fiji ou na linha de comandos
Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, depois Image › Type › 8-bit (ou RGB Color para compósitos) e File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (acrescente [0] depois do nome de entrada para converter só a primeira página). Python: leia com tifffile.imread, reescale para 0–255 com numpy e escreva com imageio.
O que não abre
- SVS JPEG 2000 (compressão Aperio 33003/33005), JPEG XR e JPEG XL não podem ser descodificados num navegador sem WebAssembly, que esta página não carrega.
- Não baseados em TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR e DICOM precisam de um leitor para computador. O NDPI é semelhante a TIFF, mas guarda cada nível como um único JPEG enorme, demasiado grande para um separador do navegador.
- OME-TIFF com várias séries: mostra a primeira série.
- Sem medições, anotações nem análise: é um visualizador.
Para esses formatos, e para medir, anotar e contar células nas suas próprias imagens, o SlideScope abre 34 formatos de microscópios e digitalizadores de lâminas no Windows e no Mac. O SlideScope, a aplicação de microscopia para computador da mesma equipa, é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma subscrição para as suas próprias imagens. Alternativas gratuitas: Fiji (Bio-Formats) e QuPath.
Como abre um ficheiro sem o carregar
Quando escolhe um ficheiro, o navegador entrega a esta página um identificador desse ficheiro no seu disco. A página lê apenas os bytes de que precisa: primeiro o diretório TIFF, depois os mosaicos da parte da imagem que está no ecrã, e descodifica-os na página com um leitor de TIFF de código aberto (geotiff). Nada é enviado para um servidor, por isso os dados não publicados e as lâminas com etiquetas de doentes ficam no seu computador, e lâminas de vários gigabytes abrem em segundos porque nunca são copiadas para lado nenhum. Feche o separador e o ficheiro desaparece da página.
A página carrega os seus próprios scripts a partir de slidescope.science e o contador de visualizações de página do site, que respeita a privacidade; nenhum deles vê alguma vez a sua imagem. Licenças de código aberto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Perguntas
Como converto um TIFF para JPG sem o carregar?
Abra-o nesta página, escolha JPEG e clique em «Converter»: o navegador converte o ficheiro no seu computador e guarda o resultado, sem enviar nada para um servidor.
Porque é que o meu TIFF de 16 bits fica preto quando é convertido?
O conversor mapeou o intervalo completo de 16 bits para 8 bits, por isso os dados reais ocupam apenas os níveis mais escuros. Use aqui o «Contraste automático» ou defina o intervalo de apresentação antes de converter no Fiji.
Posso converter todas as páginas de um TIFF multipágina?
Sim: marque «Converter todas as páginas»; cada página é guardada como um PNG ou JPEG próprio.
Posso converter uma lâmina SVS para JPG?
Sim, em qualquer nível da pirâmide até 16 384 píxeis de lado; a resolução total de uma lâmina inteira é demasiado grande para um único JPEG num navegador.
Este conversor é gratuito?
Sim, é gratuita e não precisa de conta. O SlideScope, a aplicação de microscopia para computador da mesma equipa, é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma subscrição para as suas próprias imagens.
Precisa de mais do que um navegador consegue fazer?
O SlideScope abre 34 formatos de microscópios e digitalizadores de lâminas no Windows e no Mac, entre eles CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS JPEG 2000, com medições, anotações, contagem de células e exportação OME-TIFF em resolução total. Experimente gratuitamente todas as ferramentas nas amostras incluídas; para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição. Já decidiu? Subscreva agora.