TIFF を JPG または PNG に変換

画像を損なわずに 16 ビット TIFF を変換する

Web で使われる PNG と JPEG はチャンネルあたり 8 ビットしか保持できないため、16 ビットの顕微鏡画像は 256 階調に割り当てる必要があります。0〜65,535 の全範囲を割り当てる変換ツールでは、数千階調しか使っていない一般的なカメラ画像がほぼ真っ黒になります。このツールでは、各チャンネルの範囲は 0.1〜99.9 パーセンタイルから始まります（自動コントラスト）。複数の画像に同じ割り当てを適用して比較できる状態を保つには最小値と最大値を入力し、または全範囲を選んでください。計測には元の TIFF を残しておいてください。8 ビットで書き出すと輝度値が変わり、PNG と JPEG にはピクセルサイズが記録されません。

書き出せるもの

• 1 つの平面またはすべての平面：ページ、Z 平面、時点をそれぞれ個別のファイルとして保存します。
• 合成表示または個別のチャンネル：オンにしたチャンネルを色付きで重ね合わせた画像、または各チャンネルを個別のグレースケール画像として保存します。
• 全スライド画像：一辺 16,384 ピクセルまでのピラミッドレベルを選びます（ブラウザーはそれより大きな画像を扱えません）。フル解像度で書き出す場合は、代わりにデスクトップで OME-TIFF に変換してください（方法）。
• PNG は可逆圧縮です。JPEG はファイルサイズが小さく、画質は設定に従います。

Fiji やコマンドラインで同じ変換を行う

Fiji：Image › Adjust › Brightness/Contrast で Apply を押し、Image › Type › 8-bit（合成画像の場合は RGB Color）を選んでから File › Save As › PNG で保存します。ImageMagick：magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png（最初のページだけを変換する場合は入力ファイル名の後に [0] を付けます）。Python：tifffile.imread で読み込み、numpy で 0〜255 に再スケールし、imageio で書き出します。

開けないもの

• JPEG 2000 SVS（Aperio 圧縮 33003/33005）、JPEG XR、JPEG XL は WebAssembly なしではブラウザーでデコードできず、このページは WebAssembly を読み込みません。
• TIFF ベースではない形式：CZI、ND2、LIF、MRXS、VSI、IMS、OIB/OIR、DICOM にはデスクトップのリーダーが必要です。NDPI は TIFF に似ていますが、各レベルを 1 つの巨大な JPEG として保存しているため、ブラウザーのタブで扱うには大きすぎます。
• 複数のシリーズを含む OME-TIFF は、最初のシリーズを表示します。
• 計測、注釈、解析はできません。あくまでビューアです。

これらの形式や、ご自身の画像での計測・注釈・細胞計数には、SlideScope が Windows と Mac で 34 種類の顕微鏡・スライドスキャナー形式を開けます。同じチームが開発したデスクトップ顕微鏡アプリ SlideScope は、無料のサンプルライブラリ（全ツール利用可）が付属する有料アプリで、ご自身の画像にはサブスクリプションが必要です。無料の代替手段：Fiji（Bio-Formats）と QuPath。

アップロードせずにファイルを開く仕組み

ファイルを選ぶと、ブラウザーはディスク上のそのファイルへのハンドルをこのページに渡します。ページは必要なバイトだけを読み込みます。まず TIFF ディレクトリ、次に画面に表示されている部分のタイルを読み込み、オープンソースの TIFF リーダー（geotiff）を使ってページ内でデコードします。サーバーには何も送信されないため、未発表のデータや患者ラベル付きのスライドはコンピューター上に留まり、数ギガバイトのスライドもどこにもコピーされないので数秒で開きます。タブを閉じれば、ファイルはページから消えます。

このページは、slidescope.science から自身のスクリプトと、プライバシーに配慮したサイトのページビューカウンターを読み込みます。どちらも画像を見ることはありません。オープンソースライセンス：image-tools-vendor.LICENSE.txt。

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