16 bit TIFF’leri görüntüyü kaybetmeden dönüştürme
Web’de kullanıldığı biçimiyle PNG ve JPEG kanal başına 8 bit tutar; bu nedenle 16 bit bir mikroskop görüntüsünün 256 düzeye eşlenmesi gerekir. Tam 0–65.535 aralığını eşleyen bir dönüştürücü, birkaç bin düzey kullanan tipik bir kamera görüntüsünü neredeyse siyah yapar. Burada her kanalın aralığı 0,1.–99,9. yüzdeliğinden başlar (otomatik kontrast); birden fazla görüntüye aynı eşlemeyi uygulayarak karşılaştırılabilir kalmalarını sağlamak için bir minimum ve maksimum yazın ya da tam aralığı seçin. Ölçümler için özgün TIFF’i saklayın: 8 bit dışa aktarma yoğunlukları değiştirir, PNG ve JPEG ise piksel boyutunu taşımaz.
Neleri dışa aktarabilirsiniz?
- Tek bir düzlem veya tümü: sayfalar, Z düzlemleri ve zaman noktaları; her biri ayrı bir dosya olarak kaydedilir.
- Kompozit veya ayrı kanallar: açık bıraktığınız kanalların renkli bir bindirmesi ya da her kanal ayrı bir gri tonlamalı görüntü olarak.
- Tam slayt görüntüleri: kenar başına en fazla 16.384 piksellik bir piramit düzeyi seçin (tarayıcılar daha büyük görüntüleri taşıyamaz). Tam çözünürlüklü dışa aktarma için bunun yerine masaüstünde OME-TIFF’e dönüştürün (nasıl yapılır).
- PNG kayıpsızdır; JPEG ayarladığınız kaliteyle daha küçüktür.
Aynı dönüştürme Fiji’de veya komut satırında
Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, ardından Image › Type › 8-bit (kompozitler için RGB Color) ve File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (yalnızca ilk sayfa için girdi adından sonra [0] ekleyin). Python: tifffile.imread ile okuyun, numpy ile 0–255 aralığına yeniden ölçekleyin, imageio ile yazın.
Neleri açmaz?
- JPEG 2000 SVS (Aperio sıkıştırması 33003/33005), JPEG XR ve JPEG XL, WebAssembly olmadan tarayıcıda çözülemez; bu sayfa WebAssembly yüklemez.
- TIFF tabanlı olmayanlar: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR ve DICOM bir masaüstü okuyucu gerektirir. NDPI TIFF benzeridir ancak her düzeyi tek bir dev JPEG olarak saklar; bu, bir tarayıcı sekmesi için fazla büyüktür.
- Birden fazla seri içeren OME-TIFF dosyalarında ilk seri gösterilir.
- Ölçüm, açıklama veya analiz yoktur: bu bir görüntüleyicidir.
Bu biçimler için ve kendi görüntüleriniz üzerinde ölçüm, açıklama ve hücre sayımı için SlideScope, Windows ve Mac’te 34 mikroskop ve slayt tarayıcı biçimini açar. Aynı ekibin geliştirdiği masaüstü mikroskopi uygulaması SlideScope, ücretsiz bir örnek kitaplığı (tüm araçlarla) ve kendi görüntüleriniz için abonelik sunan ücretli bir uygulamadır. Ücretsiz alternatifler: Fiji (Bio-Formats) ve QuPath.
Bir dosyayı yüklemeden nasıl açar?
Bir dosya seçtiğinizde tarayıcı, bu sayfaya diskinizdeki dosyaya erişim tanıtıcısı verir. Sayfa yalnızca ihtiyaç duyduğu baytları okur: önce TIFF dizinini, ardından görüntünün ekrandaki kısmına ait karoları; bunları da sayfa içinde açık kaynaklı bir TIFF okuyucuyla (geotiff) çözer. Sunucuya hiçbir şey gönderilmez; bu sayede yayımlanmamış veriler ve hasta etiketli slaytlar bilgisayarınızda kalır ve çok gigabaytlık slaytlar hiçbir yere kopyalanmadıkları için saniyeler içinde açılır. Sekmeyi kapattığınızda dosya sayfadan gider.
Sayfa kendi betiklerini slidescope.science’tan ve sitenin gizliliğe saygılı sayfa görüntüleme sayacından yükler; ikisi de görüntünüzü asla görmez. Açık kaynak lisansları: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Sorular
Bir TIFF’i yüklemeden JPG’ye nasıl dönüştürürüm?
Dosyayı bu sayfada açın, JPEG’i seçin ve dönüştürme düğmesine tıklayın: tarayıcı dosyayı bilgisayarınızda dönüştürür ve sonucu kaydeder; sunucuya hiçbir şey göndermez.
16 bit TIFF’im dönüştürüldüğünde neden siyah oluyor?
Dönüştürücü tam 16 bit aralığı 8 bite eşlediği için gerçek veriler yalnızca en koyu düzeyleri kaplar. Burada otomatik kontrastı kullanın ya da Fiji’de dönüştürmeden önce görüntüleme aralığını ayarlayın.
Çok sayfalı bir TIFF’in tüm sayfalarını dönüştürebilir miyim?
Evet: tüm sayfaları dönüştürme seçeneğini işaretleyin; her sayfa ayrı bir PNG veya JPEG olarak kaydedilir.
Bir SVS slaydını JPG’ye dönüştürebilir miyim?
Evet, kenar başına en fazla 16.384 piksellik herhangi bir piramit düzeyinde; bir tam slaydın tam çözünürlüğü, tarayıcıda tek bir JPEG için fazla büyüktür.
Bu dönüştürücü ücretsiz mi?
Evet, ücretsizdir ve hesap gerektirmez. Aynı ekibin geliştirdiği masaüstü mikroskopi uygulaması SlideScope ise ücretsiz bir örnek kitaplığı (tüm araçlarla) ve kendi görüntüleriniz için abonelik sunan ücretli bir uygulamadır.
Bir tarayıcının yapabileceğinden fazlası mı gerekiyor?
SlideScope, aralarında CZI, ND2, LIF, MRXS ve JPEG 2000 SVS’nin de bulunduğu 34 mikroskop ve slayt tarayıcı biçimini Windows ve Mac’te; ölçüm, açıklamalar, hücre sayımı ve tam çözünürlüklü OME-TIFF dışa aktarımıyla açar. Tüm araçları yerleşik örneklerde ücretsiz deneyin; kendi görüntülerinizi açmak için abonelik gerekir. Kararınızı verdiniz mi? Hemen abone olun.