Chuyển TIFF sang JPG hoặc PNG

Chuyển TIFF 16-bit mà không mất hình ảnh

PNG và JPEG như cách dùng trên web chứa 8 bit mỗi kênh, nên ảnh hiển vi 16-bit phải được ánh xạ về 256 mức. Một công cụ chuyển đổi ánh xạ toàn bộ dải 0–65.535 sẽ khiến ảnh camera thông thường, vốn chỉ dùng vài nghìn mức, gần như đen hoàn toàn. Ở đây, dải của mỗi kênh mặc định bắt đầu từ phân vị thứ 0,1 đến 99,9 (“Tự động tương phản”); hãy nhập giá trị tối thiểu và tối đa để áp cùng một cách ánh xạ cho nhiều ảnh, giúp chúng so sánh được với nhau, hoặc chọn “Toàn dải”. Hãy giữ tệp TIFF gốc để đo đạc: bản xuất 8-bit làm thay đổi cường độ, và PNG lẫn JPEG đều không mang theo kích thước điểm ảnh.

Những gì bạn có thể xuất

• Một mặt phẳng hoặc tất cả: các trang, mặt phẳng Z và thời điểm, mỗi cái được lưu thành một tệp riêng.
• Ảnh tổ hợp hoặc từng kênh riêng: ảnh chồng màu của các kênh bạn để bật, hoặc mỗi kênh thành một ảnh thang xám riêng.
• Ảnh toàn tiêu bản: chọn một mức kim tự tháp có cạnh tối đa 16.384 điểm ảnh (trình duyệt không chứa được ảnh lớn hơn). Để xuất ở độ phân giải đầy đủ, hãy chuyển sang OME-TIFF trên máy tính (cách làm).
• PNG không mất dữ liệu; JPEG nhỏ hơn, với chất lượng do bạn đặt.

Cùng phép chuyển đổi đó trong Fiji hoặc bằng dòng lệnh

Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, sau đó Image › Type › 8-bit (hoặc RGB Color cho ảnh tổ hợp) và File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (thêm [0] sau tên tệp đầu vào để chỉ lấy trang đầu tiên). Python: đọc bằng tifffile.imread, co giãn về 0–255 bằng numpy, ghi bằng imageio.

Những gì công cụ không mở được

• SVS JPEG 2000 (nén Aperio 33003/33005), JPEG XR và JPEG XL không thể giải mã trong trình duyệt nếu không có WebAssembly, mà trang này không tải WebAssembly.
• Không dựa trên TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR và DICOM cần trình đọc trên máy tính. NDPI giống TIFF nhưng lưu mỗi mức thành một ảnh JPEG khổng lồ, quá lớn đối với một thẻ trình duyệt.
• OME-TIFF có nhiều series chỉ hiển thị series đầu tiên.
• Không có phép đo, chú thích hay phân tích: đây chỉ là trình xem.

Với các định dạng đó, và để đo, chú thích và đếm tế bào trên ảnh của riêng bạn, SlideScope mở 34 định dạng của kính hiển vi và máy quét tiêu bản trên Windows và Mac. SlideScope, ứng dụng hiển vi trên máy tính do cùng đội ngũ phát triển, là ứng dụng trả phí có thư viện mẫu miễn phí (với mọi công cụ) và gói thuê bao cho ảnh của riêng bạn. Lựa chọn miễn phí: Fiji (Bio-Formats) và QuPath.

Cách công cụ mở tệp mà không tải lên

Khi bạn chọn tệp, trình duyệt trao cho trang này quyền truy cập tệp đó trên ổ đĩa của bạn. Trang chỉ đọc những byte cần thiết: thư mục TIFF trước, rồi các ô ảnh của phần ảnh đang hiển thị trên màn hình, và giải mã chúng ngay trong trang bằng một trình đọc TIFF mã nguồn mở (geotiff). Không có gì được gửi tới máy chủ, nên dữ liệu chưa công bố và tiêu bản có nhãn bệnh nhân vẫn ở trên máy tính của bạn, và tiêu bản nhiều gigabyte mở trong vài giây vì chúng không bao giờ bị sao chép đi đâu. Đóng thẻ là tệp biến mất khỏi trang.

Trang tải các script của chính nó từ slidescope.science và bộ đếm lượt xem trang tôn trọng quyền riêng tư của trang web; không thành phần nào nhìn thấy ảnh của bạn. Giấy phép mã nguồn mở: image-tools-vendor.LICENSE.txt.

Câu hỏi