Konversi TIFF ke JPG atau PNG

Mengonversi TIFF 16-bit tanpa kehilangan gambarnya

PNG dan JPEG sebagaimana digunakan di web menampung 8 bit per kanal, sehingga citra mikroskop 16-bit harus dipetakan ke 256 tingkat. Konverter yang memetakan rentang penuh 0–65.535 membuat citra kamera pada umumnya, yang hanya memakai beberapa ribu tingkat, nyaris hitam. Di sini rentang setiap kanal dimulai pada persentil ke-0,1 hingga ke-99,9 (Kontras otomatis); ketik nilai minimum dan maksimum untuk menerapkan pemetaan yang sama pada beberapa citra agar tetap dapat dibandingkan, atau pilih Rentang penuh. Simpan TIFF aslinya untuk pengukuran: ekspor 8-bit mengubah intensitas, dan PNG maupun JPEG tidak membawa ukuran piksel.

Apa saja yang dapat Anda ekspor

• Satu bidang atau semuanya: halaman, bidang Z, dan titik waktu, masing-masing disimpan sebagai berkas tersendiri.
• Komposit atau kanal terpisah: overlay berwarna dari kanal yang Anda biarkan aktif, atau setiap kanal sebagai citra skala abu-abu tersendiri.
• Whole slide image: pilih level piramida hingga 16.384 piksel per sisi (browser tidak dapat menampung citra yang lebih besar). Untuk ekspor resolusi penuh, konversikan ke OME-TIFF di aplikasi desktop (caranya).
• PNG bersifat lossless; JPEG lebih kecil, dengan kualitas yang Anda tentukan.

Konversi yang sama di Fiji atau lewat baris perintah

Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, lalu Image › Type › 8-bit (atau RGB Color untuk komposit) dan File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (tambahkan [0] setelah nama berkas masukan untuk halaman pertama saja). Python: baca dengan tifffile.imread, skalakan ulang ke 0–255 dengan numpy, tulis dengan imageio.

Yang tidak dapat dibukanya

• SVS JPEG 2000 (kompresi Aperio 33003/33005), JPEG XR, dan JPEG XL tidak dapat didekode di browser tanpa WebAssembly, yang tidak dimuat oleh halaman ini.
• Tidak berbasis TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR, dan DICOM memerlukan pembaca desktop. NDPI mirip TIFF, tetapi menyimpan setiap level sebagai satu JPEG raksasa, terlalu besar untuk tab browser.
• OME-TIFF dengan beberapa seri menampilkan seri pertama.
• Tanpa pengukuran, anotasi, atau analisis: ini hanya penampil.

Untuk format-format tersebut, serta untuk mengukur, membuat anotasi, dan menghitung sel pada citra Anda sendiri, SlideScope membuka 34 format mikroskop dan pemindai slide di Windows dan Mac. SlideScope, aplikasi mikroskopi desktop buatan tim yang sama, adalah aplikasi berbayar dengan pustaka sampel gratis (semua alat) dan langganan untuk citra Anda sendiri. Alternatif gratis: Fiji (Bio-Formats) dan QuPath.

Cara alat ini membuka berkas tanpa mengunggahnya

Saat Anda memilih berkas, browser memberi halaman ini akses ke berkas tersebut di disk Anda. Halaman hanya membaca byte yang diperlukan: direktori TIFF terlebih dahulu, lalu tile untuk bagian citra yang tampil di layar, dan mendekodenya di halaman dengan pembaca TIFF open source (geotiff). Tidak ada yang dikirim ke server, sehingga data yang belum dipublikasikan dan slide berlabel pasien tetap berada di komputer Anda, dan slide berukuran beberapa gigabyte terbuka dalam hitungan detik karena tidak pernah disalin ke mana pun. Tutup tab, dan berkas pun hilang dari halaman.

Halaman ini memuat skripnya sendiri dari slidescope.science serta penghitung tampilan halaman situs yang menghormati privasi; keduanya tidak pernah melihat citra Anda. Lisensi open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.

Pertanyaan