Конвертация TIFF в JPG или PNG

Как конвертировать 16-битный TIFF, не потеряв изображение

PNG и JPEG в том виде, в каком они используются в вебе, хранят 8 бит на канал, поэтому 16-битное изображение с микроскопа приходится отображать на 256 уровней. Конвертер, который отображает весь диапазон 0–65 535, делает типичный кадр с камеры, использующий несколько тысяч уровней, почти чёрным. Здесь диапазон каждого канала по умолчанию задаётся по его 0,1-му–99,9-му процентилям («Автоконтраст»); введите минимум и максимум, чтобы применить одно и то же отображение к нескольким изображениям и сохранить их сравнимость, или выберите «Полный диапазон». Для измерений сохраняйте исходный TIFF: 8-битный экспорт меняет интенсивности, а PNG и JPEG не содержат размер пикселя.

Что можно экспортировать

• Одну плоскость или все: страницы, Z-плоскости и временные точки, каждая в отдельный файл.
• Композит или отдельные каналы: цветное наложение включённых каналов или каждый канал как отдельное изображение в оттенках серого.
• Полнослайдовые изображения: выберите уровень пирамиды размером до 16 384 пикселей по стороне (более крупные изображения браузеры удержать не могут). Чтобы экспортировать в полном разрешении, конвертируйте в OME-TIFF в настольной программе (как это сделать).
• PNG сохраняет без потерь; JPEG занимает меньше места, с заданным вами качеством.

Та же конвертация в Fiji или из командной строки

Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, затем Image › Type › 8-bit (или RGB Color для композитов) и File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (добавьте [0] после имени входного файла, чтобы взять только первую страницу). Python: прочитайте файл с помощью tifffile.imread, перемасштабируйте в 0–255 с помощью numpy и запишите с помощью imageio.

Что он не открывает

• SVS с JPEG 2000 (сжатие Aperio 33003/33005), JPEG XR и JPEG XL невозможно декодировать в браузере без WebAssembly, а эта страница его не загружает.
• Форматы не на основе TIFF: для CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR и DICOM нужна настольная программа. NDPI похож на TIFF, но хранит каждый уровень как один огромный JPEG, слишком большой для вкладки браузера.
• OME-TIFF с несколькими сериями: показывается первая серия.
• Никаких измерений, аннотаций и анализа: это только просмотрщик.

Для этих форматов, а также для измерений, аннотаций и подсчёта клеток на собственных изображениях SlideScope открывает 34 формата микроскопов и сканеров слайдов в Windows и на Mac. SlideScope — настольное приложение для микроскопии от той же команды — платное, с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты) и подпиской для ваших собственных изображений. Бесплатные альтернативы: Fiji (Bio-Formats) и QuPath.

Как он открывает файл, не загружая его на сервер

Когда вы выбираете файл, браузер передаёт этой странице доступ к нему на вашем диске. Страница читает только нужные ей байты: сначала каталог TIFF, затем тайлы для видимой на экране части изображения, и декодирует их прямо на странице с помощью TIFF-ридера с открытым исходным кодом (geotiff). Ничего не отправляется на сервер, поэтому неопубликованные данные и слайды с этикетками пациентов остаются на вашем компьютере, а слайды размером в несколько гигабайт открываются за секунды, потому что никуда не копируются. Закройте вкладку — и файла на странице больше нет.

Страница загружает собственные скрипты со slidescope.science и счётчик просмотров страниц сайта, уважающий конфиденциальность; ни один из них никогда не видит ваше изображение. Лицензии открытого ПО: image-tools-vendor.LICENSE.txt.

Вопросы