המרת TIFF של 16 ביט בלי לאבד את התמונה
PNG ו-JPEG, כפי שהם משמשים ברשת, מכילים 8 ביט לכל ערוץ, ולכן צריך למפות תמונת מיקרוסקופ של 16 ביט ל-256 רמות. ממיר שממפה את כל הטווח 0–65,535 הופך תמונת מצלמה טיפוסית, שמשתמשת בכמה אלפי רמות בלבד, לכמעט שחורה. כאן הטווח של כל ערוץ מתחיל באחוזונים 0.1–99.9 שלו (ניגודיות אוטומטית); הקלידו מינימום ומקסימום כדי להחיל את אותו מיפוי על כמה תמונות כך שיישארו ברות השוואה, או בחרו טווח מלא. שמרו את ה-TIFF המקורי למדידות: ייצוא ל-8 ביט משנה את העוצמות, ו-PNG ו-JPEG לא נושאים את גודל הפיקסל.
מה אפשר לייצא
- מישור אחד או את כולם: עמודים, מישורי Z ונקודות זמן, כל אחד נשמר כקובץ נפרד.
- תמונה משולבת או ערוצים נפרדים: שכבת-על צבעונית של הערוצים שהשארתם פעילים, או כל ערוץ כתמונה נפרדת בגווני אפור.
- תמונות שקופית מלאה: בחרו רמת פירמידה של עד 16,384 פיקסלים בכל צלע (דפדפנים לא יכולים להכיל תמונות גדולות יותר). לייצוא ברזולוציה מלאה, המירו במקום זאת ל-OME-TIFF בתוכנה למחשב (איך).
- PNG הוא ללא אובדן; JPEG קטן יותר, באיכות שאתם קובעים.
אותה המרה ב-Fiji או בשורת הפקודה
ב-Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, ואחר כך Image › Type › 8-bit (או RGB Color לתמונות משולבות) ו-File › Save As › PNG. ב-ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (הוסיפו [0] אחרי שם הקובץ כדי להמיר רק את העמוד הראשון). ב-Python: קראו עם tifffile.imread, שנו קנה מידה ל-0–255 עם numpy, וכתבו עם imageio.
מה הוא לא פותח
- SVS בדחיסת JPEG 2000 (דחיסת Aperio מסוג 33003/33005), וכן JPEG XR ו-JPEG XL, אינם ניתנים לפענוח בדפדפן בלי WebAssembly, והדף הזה אינו טוען אותו.
- לא מבוססים על TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR ו-DICOM דורשים קורא למחשב. NDPI דומה ל-TIFF, אבל שומר כל רמה כ-JPEG ענק אחד, גדול מדי ללשונית דפדפן.
- OME-TIFF עם כמה סדרות מציג את הסדרה הראשונה.
- אין מדידות, הערות או ניתוח: זהו מציג.
לפורמטים האלה, ולמדידה, הוספת הערות וספירת תאים בתמונות שלכם, SlideScope פותח 34 פורמטים של מיקרוסקופים וסורקי שקופיות ב-Windows וב-Mac. SlideScope, אפליקציית המיקרוסקופיה למחשב של אותו צוות, היא אפליקציה בתשלום עם ספריית דוגמאות חינמית (כל הכלים) ומנוי לתמונות שלכם. חלופות חינמיות: Fiji (Bio-Formats) ו-QuPath.
איך הוא פותח קובץ בלי להעלות אותו
כשאתם בוחרים קובץ, הדפדפן מעביר לדף הזה גישה אליו בדיסק שלכם. הדף קורא רק את הבתים שהוא צריך: קודם את ספריית ה-TIFF, ואז את האריחים של החלק בתמונה שמופיע על המסך, ומפענח אותם בתוך הדף בעזרת קורא TIFF בקוד פתוח (geotiff). שום דבר לא נשלח לשרת, כך שנתונים שלא פורסמו ושקופיות עם תוויות מטופלים נשארים במחשב שלכם, ושקופיות של כמה ג'יגה-בייט נפתחות בתוך שניות כי הן אף פעם לא מועתקות לשום מקום. סגרו את הלשונית והקובץ נעלם מהדף.
הדף טוען את הסקריפטים שלו מ-slidescope.science ואת מונה צפיות הדף של האתר, שמכבד את הפרטיות; אף אחד מהם לא רואה את התמונה שלכם. רישיונות קוד פתוח: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
שאלות
איך ממירים TIFF ל-JPG בלי להעלות אותו?
פתחו אותו בדף הזה, בחרו JPEG ולחצו על המרה: הדפדפן ממיר את הקובץ במחשב שלכם ושומר את התוצאה, בלי לשלוח שום דבר לשרת.
למה ה-TIFF שלי של 16 ביט נהיה שחור אחרי ההמרה?
הממיר מיפה את כל הטווח של 16 ביט ל-8 ביט, כך שהנתונים בפועל תופסים רק את הרמות הכהות ביותר. השתמשו כאן בניגודיות אוטומטית, או הגדירו את טווח התצוגה לפני ההמרה ב-Fiji.
אפשר להמיר כל עמוד של TIFF מרובה עמודים?
כן: סמנו את האפשרות להמרת כל העמודים; כל עמוד נשמר כ-PNG או כ-JPEG נפרד.
אפשר להמיר שקופית SVS ל-JPG?
כן, בכל רמת פירמידה של עד 16,384 פיקסלים בכל צלע; הרזולוציה המלאה של שקופית שלמה גדולה מדי ל-JPEG יחיד בדפדפן.
האם הממיר הזה חינמי?
כן, הוא חינמי ולא דורש חשבון. SlideScope, אפליקציית המיקרוסקופיה למחשב של אותו צוות, היא אפליקציה בתשלום עם ספריית דוגמאות חינמית (כל הכלים) ומנוי לתמונות שלכם.
צריכים יותר ממה שדפדפן יכול לעשות?
SlideScope פותח 34 פורמטים של מיקרוסקופים וסורקי שקופיות ב-Windows וב-Mac, ביניהם CZI, ND2, LIF, MRXS ו-SVS בדחיסת JPEG 2000, עם מדידה, הערות, ספירת תאים וייצוא OME-TIFF ברזולוציה מלאה. נסו כל כלי בחינם על הדוגמאות המובנות; כדי לפתוח את התמונות שלכם נדרש מנוי. כבר החלטתם? הירשמו למנוי עכשיו.