Como converter TIFFs de 16 bits sem perder a imagem
PNG e JPEG, como são usados na web, guardam 8 bits por canal, então uma imagem de microscópio de 16 bits precisa ser mapeada para 256 níveis. Um conversor que mapeia a faixa completa de 0 a 65.535 deixa quase preta uma imagem típica de câmera, que usa alguns milhares de níveis. Aqui, a faixa de cada canal começa nos percentis 0,1 e 99,9 (Contraste automático); digite um mínimo e um máximo para aplicar o mesmo mapeamento a várias imagens e mantê-las comparáveis, ou escolha Faixa completa. Guarde o TIFF original para medições: uma exportação em 8 bits altera as intensidades, e PNG e JPEG não carregam o tamanho do pixel.
O que você pode exportar
- Um plano ou todos eles: páginas, planos Z e pontos de tempo, cada um salvo como um arquivo separado.
- Canais combinados ou separados: uma sobreposição colorida dos canais que você deixar ativados, ou cada canal como uma imagem em tons de cinza separada.
- Imagens de lâminas inteiras: escolha um nível da pirâmide de até 16.384 pixels por lado (os navegadores não comportam imagens maiores). Para exportar na resolução total, converta para OME-TIFF no desktop (veja como).
- PNG não tem perdas; JPEG é menor, com a qualidade que você definir.
A mesma conversão no Fiji ou pela linha de comando
Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, depois Image › Type › 8-bit (ou RGB Color para imagens compostas) e File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (acrescente [0] depois do nome de entrada para converter só a primeira página). Python: leia com tifffile.imread, reescale para 0–255 com numpy e grave com imageio.
O que ele não abre
- SVS em JPEG 2000 (compressão Aperio 33003/33005), JPEG XR e JPEG XL não podem ser decodificados em um navegador sem WebAssembly, que esta página não carrega.
- Não baseados em TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR e DICOM precisam de um leitor para desktop. O NDPI é parecido com TIFF, mas guarda cada nível como um único JPEG enorme, grande demais para uma aba do navegador.
- OME-TIFF com várias séries mostra a primeira série.
- Sem medições, anotações ou análise: é um visualizador.
Para esses formatos, e para medir, anotar e contar células nas suas próprias imagens, o SlideScope abre 34 formatos de microscópios e scanners de lâminas no Windows e no Mac. O SlideScope, o aplicativo de microscopia para desktop feito pela mesma equipe, é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma assinatura para suas próprias imagens. Alternativas gratuitas: Fiji (Bio-Formats) e QuPath.
Como ele abre um arquivo sem enviá-lo
Quando você escolhe um arquivo, o navegador entrega a esta página um identificador para ele no seu disco. A página lê só os bytes de que precisa: primeiro o diretório do TIFF, depois os blocos da parte da imagem que está na tela, e os decodifica na própria página com um leitor de TIFF de código aberto (geotiff). Nada é enviado a um servidor, então dados não publicados e lâminas com etiquetas de pacientes ficam no seu computador, e lâminas de vários gigabytes abrem em segundos porque nunca são copiadas para lugar nenhum. Feche a aba e o arquivo sai da página.
A página carrega seus próprios scripts de slidescope.science e o contador de visualizações de página do site, que respeita a privacidade; nenhum deles vê sua imagem. Licenças de código aberto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Perguntas
Como converto um TIFF para JPG sem fazer upload?
Abra-o nesta página, escolha JPEG e clique em Converter: o navegador converte o arquivo no seu computador e salva o resultado, sem enviar nada para um servidor.
Por que meu TIFF de 16 bits fica preto ao ser convertido?
O conversor mapeou a faixa completa de 16 bits para 8 bits, então os dados reais ocupam apenas os níveis mais escuros. Use aqui o Contraste automático, ou defina a faixa de exibição antes de converter no Fiji.
Posso converter todas as páginas de um TIFF de várias páginas?
Sim: marque Converter todas as páginas; cada página é salva como um PNG ou JPEG separado.
Posso converter uma lâmina SVS para JPG?
Sim, em qualquer nível da pirâmide de até 16.384 pixels por lado; a resolução total de uma lâmina inteira é grande demais para um único JPEG no navegador.
Este conversor é gratuito?
Sim, é gratuito e não exige conta. O SlideScope, o aplicativo de microscopia para desktop feito pela mesma equipe, é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma assinatura para suas próprias imagens.
Precisa de mais do que um navegador consegue fazer?
O SlideScope abre 34 formatos de microscópios e scanners de lâminas no Windows e no Mac, entre eles CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS em JPEG 2000, com medições, anotações, contagem de células e exportação para OME-TIFF em resolução total. Experimente todas as ferramentas de graça com as amostras incluídas; para abrir suas próprias imagens, é preciso uma assinatura. Já decidiu? Assine agora.