Wo eine TIFF-Datei ihre Pixelgröße speichert
Der Viewer zeigt an, welche dieser Angaben er gefunden hat. Ist keine vorhanden, legen Sie den Maßstab vor dem Messen selbst fest (wie, erklärt der Pixelgrößen-Rechner).
Felder, die einen Patienten oder ein Labor identifizieren können
Whole-Slide-Dateien enthalten oft mehr als Pixel: ein Foto des Objektträgeretiketts (Barcode, Fallnummer, manchmal ein Name), ein Makrobild des ganzen Objektträgers, Scandatum und -uhrzeit, die Seriennummer des Scanners, den Benutzernamen und den ursprünglichen Dateinamen. Das Tool listet die Angaben auf, die es in den Haupt-Tags findet. Bevor Sie ein Präparat außerhalb Ihrer Einrichtung weitergeben, entfernen Sie sie: siehe wie Sie Etiketten und Patientendaten aus Präparatbildern entfernen.
Dieselben Informationen auf der Kommandozeile
tiffinfo file.tif (libtiff) gibt jedes Verzeichnis aus; exiftool -a -G1 file.tif ergänzt herstellerspezifische Tags; in Python stellt tifffile.TiffFile(path) .pages[i].tags, .ome_metadata und .imagej_metadata bereit. Für SVS liefert openslide.OpenSlide(path).properties die ausgewerteten Felder (siehe SVS-Dateien in Python lesen).
Wie es eine Datei öffnet, ohne sie hochzuladen
Wenn Sie eine Datei auswählen, übergibt der Browser dieser Seite einen Verweis auf die Datei auf Ihrer Festplatte. Die Seite liest nur die Bytes, die sie benötigt: zuerst das TIFF-Verzeichnis, dann die Kacheln für den sichtbaren Bildausschnitt, und dekodiert sie mit einem Open-Source-TIFF-Reader (geotiff) direkt in der Seite. Nichts wird an einen Server gesendet, sodass unveröffentlichte Daten und Präparate mit Patientenetiketten auf Ihrem Computer bleiben, und Präparate mit mehreren Gigabyte öffnen sich in Sekunden, weil sie nirgendwohin kopiert werden. Schließen Sie den Tab, und die Datei ist von der Seite verschwunden.
Die Seite lädt ihre eigenen Skripte von slidescope.science sowie den datenschutzfreundlichen Seitenaufrufzähler der Website; keines von beiden sieht jemals Ihr Bild. Open-Source-Lizenzen: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Fragen
Wie sehe ich die Metadaten einer TIFF-Datei?
Öffnen Sie sie auf dieser Seite, um jeden Tag jedes Bildes aufzulisten, oder verwenden Sie tiffinfo, exiftool oder tifffile in Python. Das Tag ImageDescription enthält die meisten Mikroskopie-Metadaten (OME-XML-, ImageJ- oder Aperio-Felder).
Wie finde ich die Pixelgröße einer TIFF-Datei?
Suchen Sie nach PhysicalSizeX im OME-XML, nach MPP in einer Aperio-Beschreibung oder nach der ImageJ-Einheit zusammen mit XResolution. Eine bloße Auflösung von 72 oder 300 dpi ist eine Druckeinstellung, keine Mikroskopkalibrierung.
Kann ich die Tags exportieren?
Ja: „Alle Tags als JSON herunterladen“ speichert die Tags von bis zu 200 Bildern der Datei, wobei lange Arrays gekürzt werden.
Wird meine Datei hochgeladen?
Nein. Der Browser liest die Datei auf Ihrem Computer; es wird nichts irgendwohin gesendet.
Ist dieses Tool kostenlos?
Ja, es ist kostenlos und erfordert kein Konto. SlideScope, die Desktop-App für Mikroskopie vom selben Team, ist eine kostenpflichtige App mit kostenloser Beispielbibliothek (alle Werkzeuge) und einem Abonnement für Ihre eigenen Bilder.
Brauchen Sie mehr, als ein Browser leisten kann?
SlideScope öffnet 34 Formate von Mikroskopen und Slide-Scannern unter Windows und Mac, darunter CZI, ND2, LIF, MRXS und JPEG-2000-SVS, mit Messwerkzeugen, Annotationen, Zellzählung und OME-TIFF-Export in voller Auflösung. Testen Sie alle Werkzeuge kostenlos an den mitgelieferten Beispielen; zum Öffnen Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement. Schon entschieden? Jetzt abonnieren.