Cómo guarda un OME-TIFF los canales, Z y el tiempo
Un OME-TIFF guarda cada plano 2D como una imagen TIFF y los describe en OME-XML dentro de la descripción de la primera imagen: SizeC, SizeZ, SizeT y un DimensionOrder como XYZCT indican qué plano es cuál, los elementos Channel llevan nombres y colores, y PhysicalSizeX el tamaño de píxel. Desde OME-TIFF 6, las imágenes grandes guardan sus resoluciones reducidas en SubIFD. El visor lee todo esto, así que un time-lapse de 3 canales se abre como tres canales de color con un control deslizante de tiempo, en lugar de como un montón de páginas.
Qué abre
Lo que no abre
- SVS con JPEG 2000 (compresión Aperio 33003/33005), JPEG XR y JPEG XL no se pueden decodificar en un navegador sin WebAssembly, que esta página no carga.
- No basados en TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR y DICOM necesitan un lector de escritorio. NDPI es similar a TIFF, pero guarda cada nivel como un único JPEG enorme, demasiado grande para una pestaña del navegador.
- OME-TIFF con varias series muestra la primera serie.
- Sin mediciones, anotaciones ni análisis: es un visor.
Para esos formatos, y para medir, anotar y contar células en tus propias imágenes, SlideScope abre 34 formatos de microscopio y de escáner de láminas en Windows y Mac. SlideScope, la aplicación de microscopía de escritorio creada por el mismo equipo, es una aplicación de pago con una biblioteca de muestras gratuita (con todas las herramientas) y una suscripción para tus propias imágenes. Alternativas gratuitas: Fiji (Bio-Formats) y QuPath.
Cómo abre un archivo sin subirlo
Cuando eliges un archivo, el navegador le da a esta página un acceso a él en tu disco. La página lee solo los bytes que necesita: primero el directorio TIFF, luego las teselas de la parte de la imagen que está en pantalla, y las decodifica en la página con un lector de TIFF de código abierto (geotiff). No se envía nada a un servidor, así que los datos no publicados y las láminas con etiquetas de pacientes se quedan en tu computadora, y las láminas de varios gigabytes se abren en segundos porque nunca se copian a ninguna parte. Cierra la pestaña y el archivo desaparece de la página.
La página carga sus propios scripts desde slidescope.science y el contador de visitas del sitio, que respeta la privacidad; ninguno de los dos ve nunca tu imagen. Licencias de código abierto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Preguntas
¿Cómo abro un archivo OME-TIFF?
En el navegador, ábrelo en esta página. En el escritorio, Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari y SlideScope leen OME-TIFF.
¿Por qué mis canales se muestran en colores diferentes?
El visor usa los colores del OME-XML; los canales que no tienen uno reciben rojo, verde, azul, etc. Cambia cualquier color con el cuadro de color junto al canal.
¿Lee pirámides OME-TIFF?
Sí, las resoluciones reducidas guardadas en SubIFD (OME-TIFF 6 y posteriores, exportaciones de bfconvert, QuPath y vips) se usan para el zoom.
¿Qué pasa si el archivo tiene varias series?
El visor muestra la primera serie e indica cuántas hay. Para las demás se necesita un visor de escritorio.
¿Este visor OME-TIFF es gratuito?
Sí, es gratuita y no necesita cuenta. SlideScope, la aplicación de microscopía de escritorio creada por el mismo equipo, es una aplicación de pago con una biblioteca de muestras gratuita (con todas las herramientas) y una suscripción para tus propias imágenes.
¿Necesitas más de lo que puede hacer un navegador?
SlideScope abre 34 formatos de microscopio y de escáner de láminas en Windows y Mac, entre ellos CZI, ND2, LIF, MRXS y SVS con JPEG 2000, con mediciones, anotaciones, conteo de células y exportación a OME-TIFF en resolución completa. Prueba gratis todas las herramientas con las muestras incluidas; abrir tus propias imágenes requiere una suscripción. ¿Ya lo decidiste? Suscríbete ahora.