Як OME-TIFF зберігає канали, Z і час
OME-TIFF зберігає кожну 2-D площину як одне зображення TIFF і описує їх в OME-XML всередині опису першого зображення: SizeC, SizeZ, SizeT і DimensionOrder, наприклад XYZCT, вказують, яка площина є якою, елементи Channel містять назви й кольори, а PhysicalSizeX — розмір пікселя. Починаючи з OME-TIFF 6, великі зображення зберігають свої зменшені роздільні здатності в SubIFD. Переглядач читає все це, тож 3-канальна часова серія відкривається як три кольорові канали з повзунком часу, а не як купа сторінок.
Що він відкриває
Що він не відкриває
- SVS у JPEG 2000 (стиснення Aperio 33003/33005), JPEG XR і JPEG XL неможливо декодувати в браузері без WebAssembly, який ця сторінка не завантажує.
- Не на основі TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR і DICOM потребують настільної програми для читання. NDPI схожий на TIFF, але зберігає кожен рівень як один величезний JPEG, завеликий для вкладки браузера.
- OME-TIFF з кількома серіями показує першу серію.
- Жодних вимірювань, анотацій чи аналізу: це переглядач.
Для цих форматів, а також для вимірювання, анотування й підрахунку клітин на ваших власних зображеннях SlideScope відкриває 34 формати мікроскопів і слайд-сканерів у Windows і на Mac. SlideScope, настільна програма для мікроскопії від тієї самої команди, — платна програма з безкоштовною бібліотекою зразків (усі інструменти) і передплатою для ваших власних зображень. Безкоштовні альтернативи: Fiji (Bio-Formats) і QuPath.
Як він відкриває файл без завантаження на сервер
Коли ви вибираєте файл, браузер передає цій сторінці дескриптор файлу на вашому диску. Сторінка читає лише потрібні байти: спершу каталог TIFF, потім плитки для тієї частини зображення, що на екрані, і декодує їх на сторінці за допомогою TIFF-бібліотеки з відкритим кодом (geotiff). На сервер нічого не надсилається, тож неопубліковані дані та слайди з етикетками пацієнтів залишаються на вашому комп’ютері, а слайди розміром у кілька гігабайтів відкриваються за секунди, бо їх ніколи нікуди не копіюють. Закрийте вкладку — і файлу на сторінці більше немає.
Сторінка завантажує власні скрипти зі slidescope.science і лічильник переглядів сторінок сайту, що поважає конфіденційність; жоден із них ніколи не бачить вашого зображення. Ліцензії відкритого коду: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Запитання
Як відкрити файл OME-TIFF?
У браузері відкрийте його на цій сторінці. На комп’ютері OME-TIFF читають Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari і SlideScope.
Чому мої канали показано різними кольорами?
Переглядач використовує кольори з OME-XML; канали без кольору отримують червоний, зелений, синій тощо. Змініть будь-який колір за допомогою поля кольору поруч із каналом.
Чи він читає піраміди OME-TIFF?
Так, зменшені роздільні здатності, збережені в SubIFD (OME-TIFF 6 і новіші, експорти з bfconvert, QuPath і vips), використовуються для масштабування.
Що, якщо файл має кілька серій?
Переглядач показує першу серію й повідомляє, скільки їх усього. Для інших потрібен настільний переглядач.
Чи цей переглядач OME-TIFF безкоштовний?
Так, він безкоштовний і не потребує облікового запису. SlideScope, настільна програма для мікроскопії від тієї самої команди, — платна програма з безкоштовною бібліотекою зразків (усі інструменти) і передплатою для ваших власних зображень.
Потрібно більше, ніж може браузер?
SlideScope відкриває 34 формати мікроскопів і слайд-сканерів у Windows і на Mac, серед них CZI, ND2, LIF, MRXS і SVS у JPEG 2000, з вимірюваннями, анотаціями, підрахунком клітин і експортом в OME-TIFF у повній роздільній здатності. Спробуйте всі інструменти безкоштовно на вбудованих зразках; щоб відкривати власні зображення, потрібна передплата. Уже вирішили? Оформити передплату зараз.