Wie eine OME-TIFF-Datei Kanäle, Z und Zeit speichert
Eine OME-TIFF-Datei speichert jede 2-D-Ebene als ein TIFF-Bild und beschreibt sie im OME-XML in der Bildbeschreibung des ersten Bildes: SizeC, SizeZ, SizeT und eine DimensionOrder wie XYZCT legen fest, welche Ebene welche ist, Channel-Elemente tragen Namen und Farben und PhysicalSizeX die Pixelgröße. Seit OME-TIFF 6 legen große Bilder ihre reduzierten Auflösungen in SubIFDs ab. Der Viewer liest all das aus, sodass sich eine Zeitraffer-Aufnahme mit 3 Kanälen als drei farbige Kanäle mit Zeitregler öffnet statt als Stapel von Seiten.
Was er öffnet
Was es nicht öffnet
- JPEG-2000-SVS (Aperio-Kompression 33003/33005), JPEG XR und JPEG XL lassen sich in einem Browser nicht ohne WebAssembly dekodieren, und diese Seite lädt kein WebAssembly.
- Nicht TIFF-basiert: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR und DICOM benötigen ein Desktop-Programm zum Lesen. NDPI ist TIFF-ähnlich, speichert aber jede Ebene als ein einziges riesiges JPEG, das für einen Browser-Tab zu groß ist.
- Bei OME-TIFF mit mehreren Serien wird die erste Serie angezeigt.
- Keine Messungen, Annotationen oder Analysen: Es ist ein reiner Viewer.
Für diese Formate sowie zum Messen, Annotieren und Zählen von Zellen in Ihren eigenen Bildern öffnet SlideScope 34 Formate von Mikroskopen und Slide-Scannern unter Windows und Mac. SlideScope, die Desktop-App für Mikroskopie vom selben Team, ist eine kostenpflichtige App mit kostenloser Beispielbibliothek (alle Werkzeuge) und einem Abonnement für Ihre eigenen Bilder. Kostenlose Alternativen: Fiji (Bio-Formats) und QuPath.
Wie es eine Datei öffnet, ohne sie hochzuladen
Wenn Sie eine Datei auswählen, übergibt der Browser dieser Seite einen Verweis auf die Datei auf Ihrer Festplatte. Die Seite liest nur die Bytes, die sie benötigt: zuerst das TIFF-Verzeichnis, dann die Kacheln für den sichtbaren Bildausschnitt, und dekodiert sie mit einem Open-Source-TIFF-Reader (geotiff) direkt in der Seite. Nichts wird an einen Server gesendet, sodass unveröffentlichte Daten und Präparate mit Patientenetiketten auf Ihrem Computer bleiben, und Präparate mit mehreren Gigabyte öffnen sich in Sekunden, weil sie nirgendwohin kopiert werden. Schließen Sie den Tab, und die Datei ist von der Seite verschwunden.
Die Seite lädt ihre eigenen Skripte von slidescope.science sowie den datenschutzfreundlichen Seitenaufrufzähler der Website; keines von beiden sieht jemals Ihr Bild. Open-Source-Lizenzen: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Fragen
Wie öffne ich eine OME-TIFF-Datei?
Im Browser öffnen Sie sie auf dieser Seite. Auf dem Desktop lesen Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari und SlideScope alle OME-TIFF.
Warum werden meine Kanäle in unterschiedlichen Farben angezeigt?
Der Viewer verwendet die Farben aus dem OME-XML; Kanäle ohne Farbangabe erhalten Rot, Grün, Blau und so weiter. Jede Farbe können Sie über das Farbfeld neben dem Kanal ändern.
Liest er OME-TIFF-Pyramiden?
Ja, reduzierte Auflösungen in SubIFDs (OME-TIFF 6 und neuer, Exporte aus bfconvert, QuPath und vips) werden zum Zoomen genutzt.
Was ist, wenn die Datei mehrere Serien enthält?
Der Viewer zeigt die erste Serie und gibt an, wie viele es gibt. Für die übrigen ist ein Desktop-Viewer nötig.
Ist dieser OME-TIFF-Viewer kostenlos?
Ja, es ist kostenlos und erfordert kein Konto. SlideScope, die Desktop-App für Mikroskopie vom selben Team, ist eine kostenpflichtige App mit kostenloser Beispielbibliothek (alle Werkzeuge) und einem Abonnement für Ihre eigenen Bilder.
Brauchen Sie mehr, als ein Browser leisten kann?
SlideScope öffnet 34 Formate von Mikroskopen und Slide-Scannern unter Windows und Mac, darunter CZI, ND2, LIF, MRXS und JPEG-2000-SVS, mit Messwerkzeugen, Annotationen, Zellzählung und OME-TIFF-Export in voller Auflösung. Testen Sie alle Werkzeuge kostenlos an den mitgelieferten Beispielen; zum Öffnen Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement. Schon entschieden? Jetzt abonnieren.