Como um OME-TIFF armazena canais, Z e tempo
Um OME-TIFF armazena cada plano 2-D como uma imagem TIFF e os descreve em OME-XML dentro da descrição da primeira imagem: SizeC, SizeZ, SizeT e uma DimensionOrder como XYZCT dizem qual plano é qual, os elementos Channel trazem nomes e cores, e PhysicalSizeX, o tamanho do pixel. Desde o OME-TIFF 6, imagens grandes guardam suas resoluções reduzidas em SubIFDs. O visualizador lê tudo isso, então um time-lapse de 3 canais abre como três canais coloridos com um controle deslizante de tempo, e não como uma pilha de páginas.
O que ele abre
O que ele não abre
- SVS em JPEG 2000 (compressão Aperio 33003/33005), JPEG XR e JPEG XL não podem ser decodificados em um navegador sem WebAssembly, que esta página não carrega.
- Não baseados em TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR e DICOM precisam de um leitor para desktop. O NDPI é parecido com TIFF, mas guarda cada nível como um único JPEG enorme, grande demais para uma aba do navegador.
- OME-TIFF com várias séries mostra a primeira série.
- Sem medições, anotações ou análise: é um visualizador.
Para esses formatos, e para medir, anotar e contar células nas suas próprias imagens, o SlideScope abre 34 formatos de microscópios e scanners de lâminas no Windows e no Mac. O SlideScope, o aplicativo de microscopia para desktop feito pela mesma equipe, é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma assinatura para suas próprias imagens. Alternativas gratuitas: Fiji (Bio-Formats) e QuPath.
Como ele abre um arquivo sem enviá-lo
Quando você escolhe um arquivo, o navegador entrega a esta página um identificador para ele no seu disco. A página lê só os bytes de que precisa: primeiro o diretório do TIFF, depois os blocos da parte da imagem que está na tela, e os decodifica na própria página com um leitor de TIFF de código aberto (geotiff). Nada é enviado a um servidor, então dados não publicados e lâminas com etiquetas de pacientes ficam no seu computador, e lâminas de vários gigabytes abrem em segundos porque nunca são copiadas para lugar nenhum. Feche a aba e o arquivo sai da página.
A página carrega seus próprios scripts de slidescope.science e o contador de visualizações de página do site, que respeita a privacidade; nenhum deles vê sua imagem. Licenças de código aberto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Perguntas
Como abro um arquivo OME-TIFF?
No navegador, abra-o nesta página. No desktop, o Fiji (Bio-Formats), o QuPath, o napari e o SlideScope leem OME-TIFF.
Por que meus canais aparecem em cores diferentes?
O visualizador usa as cores do OME-XML; canais sem cor definida recebem vermelho, verde, azul e assim por diante. Mude qualquer cor com a caixa de cor ao lado do canal.
Ele lê pirâmides OME-TIFF?
Sim, as resoluções reduzidas armazenadas em SubIFDs (OME-TIFF 6 e posterior, exportações do bfconvert, QuPath e vips) são usadas no zoom.
E se o arquivo tiver várias séries?
O visualizador mostra a primeira série e informa quantas existem. Para as outras, é preciso um visualizador para desktop.
Este visualizador de OME-TIFF é gratuito?
Sim, é gratuito e não exige conta. O SlideScope, o aplicativo de microscopia para desktop feito pela mesma equipe, é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma assinatura para suas próprias imagens.
Precisa de mais do que um navegador consegue fazer?
O SlideScope abre 34 formatos de microscópios e scanners de lâminas no Windows e no Mac, entre eles CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS em JPEG 2000, com medições, anotações, contagem de células e exportação para OME-TIFF em resolução total. Experimente todas as ferramentas de graça com as amostras incluídas; para abrir suas próprias imagens, é preciso uma assinatura. Já decidiu? Assine agora.