Как OME-TIFF хранит каналы, Z и время
OME-TIFF хранит каждую двумерную плоскость как отдельное изображение TIFF и описывает их в OME-XML внутри описания первого изображения: SizeC, SizeZ, SizeT и DimensionOrder, например XYZCT, указывают, какая плоскость какая, элементы Channel содержат названия и цвета, а PhysicalSizeX — размер пикселя. Начиная с OME-TIFF 6, большие изображения хранят уровни пониженного разрешения в SubIFD. Просмотрщик читает всё это, поэтому 3-канальная покадровая съёмка открывается как три цветных канала с ползунком времени, а не как груда страниц.
Что он открывает
Что он не открывает
- SVS с JPEG 2000 (сжатие Aperio 33003/33005), JPEG XR и JPEG XL невозможно декодировать в браузере без WebAssembly, а эта страница его не загружает.
- Форматы не на основе TIFF: для CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR и DICOM нужна настольная программа. NDPI похож на TIFF, но хранит каждый уровень как один огромный JPEG, слишком большой для вкладки браузера.
- OME-TIFF с несколькими сериями: показывается первая серия.
- Никаких измерений, аннотаций и анализа: это только просмотрщик.
Для этих форматов, а также для измерений, аннотаций и подсчёта клеток на собственных изображениях SlideScope открывает 34 формата микроскопов и сканеров слайдов в Windows и на Mac. SlideScope — настольное приложение для микроскопии от той же команды — платное, с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты) и подпиской для ваших собственных изображений. Бесплатные альтернативы: Fiji (Bio-Formats) и QuPath.
Как он открывает файл, не загружая его на сервер
Когда вы выбираете файл, браузер передаёт этой странице доступ к нему на вашем диске. Страница читает только нужные ей байты: сначала каталог TIFF, затем тайлы для видимой на экране части изображения, и декодирует их прямо на странице с помощью TIFF-ридера с открытым исходным кодом (geotiff). Ничего не отправляется на сервер, поэтому неопубликованные данные и слайды с этикетками пациентов остаются на вашем компьютере, а слайды размером в несколько гигабайт открываются за секунды, потому что никуда не копируются. Закройте вкладку — и файла на странице больше нет.
Страница загружает собственные скрипты со slidescope.science и счётчик просмотров страниц сайта, уважающий конфиденциальность; ни один из них никогда не видит ваше изображение. Лицензии открытого ПО: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Вопросы
Как открыть файл OME-TIFF?
В браузере — откройте его на этой странице. На компьютере OME-TIFF читают Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari и SlideScope.
Почему мои каналы показаны разными цветами?
Просмотрщик использует цвета из OME-XML; каналы без цвета получают красный, зелёный, синий и так далее. Любой цвет можно изменить в поле выбора цвета рядом с каналом.
Читает ли он пирамиды OME-TIFF?
Да, уровни пониженного разрешения, хранящиеся в SubIFD (OME-TIFF 6 и новее, экспорты bfconvert, QuPath и vips), используются при масштабировании.
Что если в файле несколько серий?
Просмотрщик показывает первую серию и сообщает, сколько их всего. Для остальных нужен настольный просмотрщик.
Этот просмотрщик OME-TIFF бесплатный?
Да, он бесплатный и не требует учётной записи. SlideScope — настольное приложение для микроскопии от той же команды — платное, с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты) и подпиской для ваших собственных изображений.
Нужно больше, чем умеет браузер?
SlideScope открывает 34 формата микроскопов и сканеров слайдов в Windows и на Mac, в том числе CZI, ND2, LIF, MRXS и SVS с JPEG 2000, с измерениями, аннотациями, подсчётом клеток и экспортом в OME-TIFF в полном разрешении. Попробуйте все инструменты бесплатно на встроенных образцах; чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка. Уже решили? Оформите подписку.