Jak OME-TIFF ukládá kanály, Z a čas
OME-TIFF ukládá každou 2D rovinu jako jeden obraz TIFF a popisuje je v OME-XML v popisu prvního obrazu: SizeC, SizeZ, SizeT a DimensionOrder, například XYZCT, určují, která rovina je která, prvky Channel nesou názvy a barvy a PhysicalSizeX velikost pixelu. Od OME-TIFF 6 uchovávají velké obrazy svá snížená rozlišení v SubIFD. Prohlížeč to všechno čte, takže se tříkanálový časosběr otevře jako tři barevné kanály s posuvníkem času, a ne jako hromada stránek.
Co otevře
Co neotevře
- SVS s JPEG 2000 (komprese Aperio 33003/33005), JPEG XR a JPEG XL nelze v prohlížeči dekódovat bez WebAssembly, které tato stránka nenačítá.
- Formáty, které nejsou založené na TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR a DICOM potřebují desktopovou čtečku. NDPI se podobá TIFF, ale každou úroveň ukládá jako jeden obrovský JPEG, příliš velký pro kartu prohlížeče.
- OME-TIFF s více sériemi zobrazí první sérii.
- Žádná měření, anotace ani analýza: je to prohlížeč.
Pro tyto formáty a pro měření, anotace a počítání buněk na vlastních snímcích otevře SlideScope 34 formátů mikroskopů a skenerů preparátů ve Windows i na Macu. SlideScope, desktopová aplikace pro mikroskopii od stejného týmu, je placená aplikace s bezplatnou knihovnou ukázek (všechny nástroje) a předplatným pro vlastní snímky. Bezplatné alternativy: Fiji (Bio-Formats) a QuPath.
Jak otevře soubor bez nahrávání
Když vyberete soubor, prohlížeč předá této stránce odkaz na něj na vašem disku. Stránka čte jen bajty, které potřebuje: nejprve adresář TIFF, pak dlaždice pro část snímku, která je na obrazovce, a dekóduje je přímo na stránce pomocí open-source čtečky TIFF (geotiff). Na server se nic neposílá, takže nepublikovaná data i preparáty se štítky pacientů zůstávají ve vašem počítači a mnohagigabajtové preparáty se otevřou během několika sekund, protože se nikam nekopírují. Zavřete kartu a soubor ze stránky zmizí.
Stránka načítá vlastní skripty ze slidescope.science a počítadlo zobrazení stránek webu, které respektuje soukromí; ani jedno váš snímek nikdy nevidí. Open-source licence: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Otázky
Jak otevřu soubor OME-TIFF?
V prohlížeči ho otevřete na této stránce. Na počítači OME-TIFF čtou Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari i SlideScope.
Proč se moje kanály zobrazují v různých barvách?
Prohlížeč používá barvy z OME-XML; kanály bez barvy dostanou červenou, zelenou, modrou a tak dále. Kteroukoli barvu změníte v poli barvy vedle kanálu.
Čte pyramidy OME-TIFF?
Ano, snížená rozlišení uložená v SubIFD (OME-TIFF 6 a novější, exporty z bfconvert, QuPath a vips) se používají při přibližování.
Co když soubor obsahuje několik sérií?
Prohlížeč zobrazí první sérii a uvede, kolik jich je. Pro ostatní je potřeba desktopový prohlížeč.
Je tento prohlížeč OME-TIFF zdarma?
Ano, je zdarma a nepotřebuje účet. SlideScope, desktopová aplikace pro mikroskopii od stejného týmu, je placená aplikace s bezplatnou knihovnou ukázek (všechny nástroje) a předplatným pro vlastní snímky.
Potřebujete víc, než zvládne prohlížeč?
SlideScope otevře 34 formátů mikroskopů a skenerů preparátů ve Windows i na Macu, mimo jiné CZI, ND2, LIF, MRXS a SVS s JPEG 2000, s měřením, anotacemi, počítáním buněk a exportem do OME-TIFF v plném rozlišení. Vyzkoušejte všechny nástroje zdarma na vestavěných ukázkách; pro otevírání vlastních snímků potřebujete předplatné. Už máte jasno? Předplaťte si ho.