OME-TIFF kanalları, Z’yi ve zamanı nasıl saklar?
OME-TIFF her 2B düzlemi tek bir TIFF görüntüsü olarak saklar ve bunları ilk görüntünün açıklamasındaki OME-XML ile tanımlar: SizeC, SizeZ, SizeT ve XYZCT gibi bir DimensionOrder hangi düzlemin hangisi olduğunu söyler, Channel öğeleri adları ve renkleri, PhysicalSizeX ise piksel boyutunu taşır. OME-TIFF 6’dan bu yana büyük görüntüler düşük çözünürlüklerini SubIFD’lerde tutar. Görüntüleyici bunların hepsini okur; böylece 3 kanallı bir hızlandırılmış çekim, bir yığın sayfa olarak değil, zaman kaydırıcısı olan üç renkli kanal olarak açılır.
Neleri açar?
Neleri açmaz?
- JPEG 2000 SVS (Aperio sıkıştırması 33003/33005), JPEG XR ve JPEG XL, WebAssembly olmadan tarayıcıda çözülemez; bu sayfa WebAssembly yüklemez.
- TIFF tabanlı olmayanlar: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR ve DICOM bir masaüstü okuyucu gerektirir. NDPI TIFF benzeridir ancak her düzeyi tek bir dev JPEG olarak saklar; bu, bir tarayıcı sekmesi için fazla büyüktür.
- Birden fazla seri içeren OME-TIFF dosyalarında ilk seri gösterilir.
- Ölçüm, açıklama veya analiz yoktur: bu bir görüntüleyicidir.
Bu biçimler için ve kendi görüntüleriniz üzerinde ölçüm, açıklama ve hücre sayımı için SlideScope, Windows ve Mac’te 34 mikroskop ve slayt tarayıcı biçimini açar. Aynı ekibin geliştirdiği masaüstü mikroskopi uygulaması SlideScope, ücretsiz bir örnek kitaplığı (tüm araçlarla) ve kendi görüntüleriniz için abonelik sunan ücretli bir uygulamadır. Ücretsiz alternatifler: Fiji (Bio-Formats) ve QuPath.
Bir dosyayı yüklemeden nasıl açar?
Bir dosya seçtiğinizde tarayıcı, bu sayfaya diskinizdeki dosyaya erişim tanıtıcısı verir. Sayfa yalnızca ihtiyaç duyduğu baytları okur: önce TIFF dizinini, ardından görüntünün ekrandaki kısmına ait karoları; bunları da sayfa içinde açık kaynaklı bir TIFF okuyucuyla (geotiff) çözer. Sunucuya hiçbir şey gönderilmez; bu sayede yayımlanmamış veriler ve hasta etiketli slaytlar bilgisayarınızda kalır ve çok gigabaytlık slaytlar hiçbir yere kopyalanmadıkları için saniyeler içinde açılır. Sekmeyi kapattığınızda dosya sayfadan gider.
Sayfa kendi betiklerini slidescope.science’tan ve sitenin gizliliğe saygılı sayfa görüntüleme sayacından yükler; ikisi de görüntünüzü asla görmez. Açık kaynak lisansları: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Sorular
OME-TIFF dosyasını nasıl açarım?
Tarayıcıda bu sayfada açın. Masaüstünde Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari ve SlideScope OME-TIFF okuyabilir.
Kanallarım neden farklı renklerde gösteriliyor?
Görüntüleyici OME-XML’deki renkleri kullanır; rengi tanımlanmamış kanallara kırmızı, yeşil, mavi vb. atanır. Herhangi bir rengi kanalın yanındaki renk kutusuyla değiştirebilirsiniz.
OME-TIFF piramitlerini okuyor mu?
Evet; SubIFD’lerde saklanan düşük çözünürlükler (OME-TIFF 6 ve sonrası, bfconvert, QuPath ve vips dışa aktarımları) yakınlaştırma için kullanılır.
Dosyada birden fazla seri varsa ne olur?
Görüntüleyici ilk seriyi gösterir ve kaç seri olduğunu belirtir. Diğerleri için bir masaüstü görüntüleyici gerekir.
Bu OME-TIFF görüntüleyici ücretsiz mi?
Evet, ücretsizdir ve hesap gerektirmez. Aynı ekibin geliştirdiği masaüstü mikroskopi uygulaması SlideScope ise ücretsiz bir örnek kitaplığı (tüm araçlarla) ve kendi görüntüleriniz için abonelik sunan ücretli bir uygulamadır.
Bir tarayıcının yapabileceğinden fazlası mı gerekiyor?
SlideScope, aralarında CZI, ND2, LIF, MRXS ve JPEG 2000 SVS’nin de bulunduğu 34 mikroskop ve slayt tarayıcı biçimini Windows ve Mac’te; ölçüm, açıklamalar, hücre sayımı ve tam çözünürlüklü OME-TIFF dışa aktarımıyla açar. Tüm araçları yerleşik örneklerde ücretsiz deneyin; kendi görüntülerinizi açmak için abonelik gerekir. Kararınızı verdiniz mi? Hemen abone olun.