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OME-TIFF 查看器

打开 OME-TIFF 并正确识别其各个维度:带名称和颜色的通道、来自 OME-XML 的 Z 平面和时间点、适用于 16 位数据的逐通道对比度,以及可缩放浏览的 SubIFD 金字塔。文件由您的浏览器读取,从不上传。

OME-TIFF 查看器

将 OME-TIFF 文件拖放到此处

由您电脑上的浏览器读取。不上传任何内容。

OME-TIFF 如何存储通道、Z 轴和时间

OME-TIFF 将每个二维平面存储为一幅 TIFF 图像,并在第一幅图像描述中的 OME-XML 里对其加以说明:SizeC、SizeZ、SizeT 以及诸如 XYZCT 的 DimensionOrder 指明每个平面对应哪个位置,Channel 元素包含名称和颜色,PhysicalSizeX 记录像素尺寸。自 OME-TIFF 6 起,大图像会将降分辨率层级保存在 SubIFD 中。本查看器会读取所有这些信息,因此一个 3 通道延时序列会打开为带时间滑块的三个彩色通道,而不是一堆页面。

可打开的内容

可打开详情
TIFF 和 BigTIFF8 位、16 位和 32 位整数及浮点,灰度、RGB 和调色板;条带或分块;多页
OME-TIFF来自 OME-XML 的通道、Z 轴和时间,通道名称和颜色、像素尺寸,以及 SubIFD 金字塔
ImageJ / Fiji TIFF超堆栈(通道、切片、帧)及 ImageJ 校准
Aperio SVSJPEG 压缩的切片,包括其金字塔、缩略图、标签图和宏观图,以及 MPP
金字塔 TIFF通用分块金字塔(例如由 vips 或 bfconvert 生成)
压缩无压缩、LZW、Deflate(Zip)、PackBits、JPEG、WebP

无法打开的格式

  • JPEG 2000 SVS(Aperio 压缩 33003/33005)、JPEG XR 和 JPEG XL 在浏览器中需要 WebAssembly 才能解码,而本页面不加载 WebAssembly。
  • 非 TIFF 格式:CZI、ND2、LIF、MRXS、VSI、IMS、OIB/OIR 和 DICOM 需要桌面读取程序。NDPI 类似 TIFF,但每个层级都存储为一个巨大的 JPEG,对浏览器标签页来说过大。
  • 包含多个序列的 OME-TIFF 只显示第一个序列。
  • 不提供测量、标注或分析:它只是一个查看器。

对于这些格式,以及要在您自己的图像上测量、标注和计数细胞,SlideScope 可在 Windows 和 Mac 上打开 34 种显微镜和切片扫描仪格式。SlideScope 是同一团队开发的桌面显微镜应用,它是一款付费应用,附带免费示例库(包含所有工具),打开您自己的图像需要订阅。免费替代方案:Fiji(Bio-Formats)和 QuPath。

它如何在不上传的情况下打开文件

当您选择文件时,浏览器会把磁盘上该文件的句柄交给本页面。页面只读取所需的字节:先读取 TIFF 目录,再读取屏幕上显示区域的图块,并在页面中用开源 TIFF 读取器(geotiff)解码。任何内容都不会发送到服务器,因此未发表的数据和带有患者标签的切片都留在您的电脑上;数 GB 的切片也能在几秒内打开,因为它们从不会被复制到任何地方。关闭标签页后,文件即从页面中消失。

页面从 slidescope.science 加载自身的脚本,以及本站注重隐私的页面浏览计数器;两者都不会接触您的图像。开源许可证:image-tools-vendor.LICENSE.txt。

常见问题

如何打开 OME-TIFF 文件?

在浏览器中,可在本页面打开。在桌面上,Fiji(Bio-Formats)、QuPath、napari 和 SlideScope 都能读取 OME-TIFF。

为什么我的通道显示为不同颜色?

查看器使用 OME-XML 中的颜色;没有指定颜色的通道依次显示为红、绿、蓝等。可通过通道旁的颜色框更改任意颜色。

它能读取 OME-TIFF 金字塔吗?

可以,存储在 SubIFD 中的降分辨率层级(OME-TIFF 6 及更高版本、bfconvert、QuPath 和 vips 导出的文件)会用于缩放。

如果文件包含多个序列怎么办?

查看器显示第一个序列,并告诉您共有多少个序列。查看其他序列需要使用桌面查看器。

这个 OME-TIFF 查看器免费吗?

是的,它免费且无需账户。SlideScope 是同一团队开发的桌面显微镜应用,它是一款付费应用,附带免费示例库(包含所有工具),打开您自己的图像需要订阅。

需要浏览器做不到的功能?

SlideScope 可在 Windows 和 Mac 上打开 34 种显微镜和切片扫描仪格式,包括 CZI、ND2、LIF、MRXS 和 JPEG 2000 SVS,并提供测量、标注、细胞计数和全分辨率 OME-TIFF 导出。可在内置示例上免费试用所有工具;打开您自己的图像需要订阅。已经决定了?立即订阅。

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