OME-TIFF lưu kênh, Z và thời gian như thế nào
OME-TIFF lưu mỗi mặt phẳng 2-D thành một ảnh TIFF và mô tả chúng bằng OME-XML trong phần mô tả của ảnh đầu tiên: SizeC, SizeZ, SizeT và một DimensionOrder như XYZCT cho biết mặt phẳng nào là mặt phẳng nào, các phần tử Channel mang tên và màu, còn PhysicalSizeX cho biết kích thước điểm ảnh. Từ OME-TIFF 6, ảnh lớn lưu các độ phân giải giảm trong SubIFD. Trình xem đọc tất cả những thông tin này, nên một chuỗi ảnh theo thời gian 3 kênh sẽ mở thành ba kênh có màu với thanh trượt thời gian thay vì một đống trang.
Công cụ mở được gì
Những gì công cụ không mở được
- SVS JPEG 2000 (nén Aperio 33003/33005), JPEG XR và JPEG XL không thể giải mã trong trình duyệt nếu không có WebAssembly, mà trang này không tải WebAssembly.
- Không dựa trên TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR và DICOM cần trình đọc trên máy tính. NDPI giống TIFF nhưng lưu mỗi mức thành một ảnh JPEG khổng lồ, quá lớn đối với một thẻ trình duyệt.
- OME-TIFF có nhiều series chỉ hiển thị series đầu tiên.
- Không có phép đo, chú thích hay phân tích: đây chỉ là trình xem.
Với các định dạng đó, và để đo, chú thích và đếm tế bào trên ảnh của riêng bạn, SlideScope mở 34 định dạng của kính hiển vi và máy quét tiêu bản trên Windows và Mac. SlideScope, ứng dụng hiển vi trên máy tính do cùng đội ngũ phát triển, là ứng dụng trả phí có thư viện mẫu miễn phí (với mọi công cụ) và gói thuê bao cho ảnh của riêng bạn. Lựa chọn miễn phí: Fiji (Bio-Formats) và QuPath.
Cách công cụ mở tệp mà không tải lên
Khi bạn chọn tệp, trình duyệt trao cho trang này quyền truy cập tệp đó trên ổ đĩa của bạn. Trang chỉ đọc những byte cần thiết: thư mục TIFF trước, rồi các ô ảnh của phần ảnh đang hiển thị trên màn hình, và giải mã chúng ngay trong trang bằng một trình đọc TIFF mã nguồn mở (geotiff). Không có gì được gửi tới máy chủ, nên dữ liệu chưa công bố và tiêu bản có nhãn bệnh nhân vẫn ở trên máy tính của bạn, và tiêu bản nhiều gigabyte mở trong vài giây vì chúng không bao giờ bị sao chép đi đâu. Đóng thẻ là tệp biến mất khỏi trang.
Trang tải các script của chính nó từ slidescope.science và bộ đếm lượt xem trang tôn trọng quyền riêng tư của trang web; không thành phần nào nhìn thấy ảnh của bạn. Giấy phép mã nguồn mở: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Câu hỏi
Làm thế nào để mở tệp OME-TIFF?
Trong trình duyệt, hãy mở tệp ngay tại trang này. Trên máy tính, Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari và SlideScope đều đọc được OME-TIFF.
Tại sao các kênh của tôi hiển thị bằng các màu khác nhau?
Trình xem dùng các màu trong OME-XML; kênh nào không có màu sẽ được gán đỏ, lục, lam, v.v. Bạn có thể đổi màu bất kỳ bằng ô màu bên cạnh kênh.
Công cụ có đọc được kim tự tháp OME-TIFF không?
Có, các độ phân giải giảm lưu trong SubIFD (OME-TIFF 6 trở lên, tệp xuất từ bfconvert, QuPath và vips) được dùng khi thu phóng.
Nếu tệp có nhiều series thì sao?
Trình xem hiển thị series đầu tiên và cho biết tệp có bao nhiêu series. Cần một trình xem trên máy tính để xem các series còn lại.
Trình xem OME-TIFF này có miễn phí không?
Có, công cụ miễn phí và không cần tài khoản. SlideScope, ứng dụng hiển vi trên máy tính do cùng đội ngũ phát triển, là ứng dụng trả phí có thư viện mẫu miễn phí (với mọi công cụ) và gói thuê bao cho ảnh của riêng bạn.
Cần nhiều hơn những gì trình duyệt làm được?
SlideScope mở 34 định dạng của kính hiển vi và máy quét tiêu bản trên Windows và Mac, trong đó có CZI, ND2, LIF, MRXS và SVS JPEG 2000, với các tính năng đo, chú thích, đếm tế bào và xuất OME-TIFF độ phân giải đầy đủ. Dùng thử miễn phí mọi công cụ trên các mẫu tích hợp; để mở ảnh của riêng bạn, bạn cần một gói thuê bao. Đã quyết định? Đăng ký ngay.