OME-TIFF가 채널, Z, 시간을 저장하는 방식
OME-TIFF는 각 2D 평면을 하나의 TIFF 이미지로 저장하고, 첫 번째 이미지의 설명에 들어 있는 OME-XML로 이를 기술합니다. SizeC, SizeZ, SizeT와 XYZCT 같은 DimensionOrder가 어느 평면이 무엇인지 알려주고, Channel 요소에는 이름과 색상이, PhysicalSizeX에는 픽셀 크기가 담깁니다. OME-TIFF 6부터는 큰 이미지의 저해상도 레벨을 SubIFD에 보관합니다. 뷰어는 이 모든 정보를 읽기 때문에, 3채널 타임랩스가 페이지 더미가 아니라 시간 슬라이더가 있는 세 개의 컬러 채널로 열립니다.
열 수 있는 파일
열 수 없는 파일
- JPEG 2000 SVS(Aperio 압축 33003/33005), JPEG XR, JPEG XL은 WebAssembly 없이 브라우저에서 디코딩할 수 없으며, 이 페이지는 WebAssembly를 불러오지 않습니다.
- TIFF 기반이 아닌 형식: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR, DICOM은 데스크톱 리더가 필요합니다. NDPI는 TIFF와 비슷하지만 각 레벨을 하나의 거대한 JPEG로 저장하므로 브라우저 탭에서 다루기에는 너무 큽니다.
- 여러 시리즈가 있는 OME-TIFF는 첫 번째 시리즈를 표시합니다.
- 측정, 주석, 분석 기능은 없습니다. 뷰어입니다.
이러한 형식을 열거나 내 이미지에서 측정, 주석, 세포 계수를 하려면 SlideScope가 Windows와 Mac에서 34가지 현미경 및 슬라이드 스캐너 형식을 엽니다. 같은 팀이 만든 데스크톱 현미경 앱 SlideScope는 무료 샘플 라이브러리(모든 도구 포함)가 있는 유료 앱이며, 내 이미지를 열려면 구독이 필요합니다. 무료 대안: Fiji(Bio-Formats)와 QuPath.
업로드 없이 파일을 여는 방법
파일을 선택하면 브라우저가 디스크에 있는 그 파일의 핸들을 이 페이지에 넘겨줍니다. 페이지는 필요한 바이트만 읽습니다. 먼저 TIFF 디렉터리를 읽고, 이어서 화면에 보이는 이미지 영역의 타일을 읽어, 오픈 소스 TIFF 리더(geotiff)로 페이지 안에서 디코딩합니다. 서버로 전송되는 것이 없으므로 미발표 데이터와 환자 라벨이 있는 슬라이드도 내 컴퓨터에 남고, 수 기가바이트 슬라이드도 어디에도 복사되지 않기 때문에 몇 초 만에 열립니다. 탭을 닫으면 파일은 페이지에서 사라집니다.
이 페이지는 slidescope.science에서 자체 스크립트와 개인정보를 존중하는 사이트 페이지 조회 카운터를 불러오며, 어느 쪽도 이미지를 보지 않습니다. 오픈 소스 라이선스: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
질문
OME-TIFF 파일은 어떻게 여나요?
브라우저에서는 이 페이지에서 여세요. 데스크톱에서는 Fiji(Bio-Formats), QuPath, napari, SlideScope 모두 OME-TIFF를 읽습니다.
채널이 왜 서로 다른 색으로 표시되나요?
뷰어는 OME-XML에 있는 색상을 사용하며, 색상이 지정되지 않은 채널에는 빨강, 초록, 파랑 등의 순서로 색이 지정됩니다. 채널 옆의 색상 상자에서 원하는 색으로 바꿀 수 있습니다.
OME-TIFF 피라미드를 읽을 수 있나요?
네. SubIFD에 저장된 저해상도 레벨(OME-TIFF 6 이상, bfconvert, QuPath, vips에서 내보낸 파일)을 확대/축소에 사용합니다.
파일에 시리즈가 여러 개 있으면 어떻게 되나요?
뷰어는 첫 번째 시리즈를 표시하고 시리즈가 몇 개인지 알려줍니다. 나머지를 보려면 데스크톱 뷰어가 필요합니다.
이 OME-TIFF 뷰어는 무료인가요?
네, 무료이며 계정이 필요 없습니다. 같은 팀이 만든 데스크톱 현미경 앱 SlideScope는 무료 샘플 라이브러리(모든 도구 포함)가 있는 유료 앱이며, 내 이미지를 열려면 구독이 필요합니다.
브라우저로는 부족하신가요?
SlideScope는 Windows와 Mac에서 CZI, ND2, LIF, MRXS, JPEG 2000 SVS를 포함한 34가지 현미경 및 슬라이드 스캐너 형식을 열며, 측정, 주석, 세포 계수, 전체 해상도 OME-TIFF 내보내기를 지원합니다. 내장 샘플에서 모든 도구를 무료로 사용해 보세요. 내 이미지를 열려면 구독이 필요합니다. 이미 결정하셨나요? 지금 구독하기.
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