Cara OME-TIFF menyimpan kanal, Z, dan waktu
OME-TIFF menyimpan setiap bidang 2-D sebagai satu citra TIFF dan menjelaskannya dalam OME-XML di dalam deskripsi citra pertama: SizeC, SizeZ, SizeT, dan DimensionOrder seperti XYZCT menyatakan bidang mana yang mana, elemen Channel membawa nama dan warna, dan PhysicalSizeX membawa ukuran piksel. Sejak OME-TIFF 6, citra besar menyimpan resolusi yang lebih rendah di SubIFD. Penampil membaca semua ini, sehingga time-lapse 3 kanal terbuka sebagai tiga kanal berwarna dengan slider waktu, bukan sebagai tumpukan halaman.
Yang dapat dibukanya
Yang tidak dapat dibukanya
- SVS JPEG 2000 (kompresi Aperio 33003/33005), JPEG XR, dan JPEG XL tidak dapat didekode di browser tanpa WebAssembly, yang tidak dimuat oleh halaman ini.
- Tidak berbasis TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR, dan DICOM memerlukan pembaca desktop. NDPI mirip TIFF, tetapi menyimpan setiap level sebagai satu JPEG raksasa, terlalu besar untuk tab browser.
- OME-TIFF dengan beberapa seri menampilkan seri pertama.
- Tanpa pengukuran, anotasi, atau analisis: ini hanya penampil.
Untuk format-format tersebut, serta untuk mengukur, membuat anotasi, dan menghitung sel pada citra Anda sendiri, SlideScope membuka 34 format mikroskop dan pemindai slide di Windows dan Mac. SlideScope, aplikasi mikroskopi desktop buatan tim yang sama, adalah aplikasi berbayar dengan pustaka sampel gratis (semua alat) dan langganan untuk citra Anda sendiri. Alternatif gratis: Fiji (Bio-Formats) dan QuPath.
Cara alat ini membuka berkas tanpa mengunggahnya
Saat Anda memilih berkas, browser memberi halaman ini akses ke berkas tersebut di disk Anda. Halaman hanya membaca byte yang diperlukan: direktori TIFF terlebih dahulu, lalu tile untuk bagian citra yang tampil di layar, dan mendekodenya di halaman dengan pembaca TIFF open source (geotiff). Tidak ada yang dikirim ke server, sehingga data yang belum dipublikasikan dan slide berlabel pasien tetap berada di komputer Anda, dan slide berukuran beberapa gigabyte terbuka dalam hitungan detik karena tidak pernah disalin ke mana pun. Tutup tab, dan berkas pun hilang dari halaman.
Halaman ini memuat skripnya sendiri dari slidescope.science serta penghitung tampilan halaman situs yang menghormati privasi; keduanya tidak pernah melihat citra Anda. Lisensi open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Pertanyaan
Bagaimana cara membuka berkas OME-TIFF?
Di browser, buka di halaman ini. Di desktop, Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari, dan SlideScope semuanya dapat membaca OME-TIFF.
Mengapa kanal saya ditampilkan dengan warna berbeda?
Penampil menggunakan warna dari OME-XML; kanal yang tidak memiliki warna diberi merah, hijau, biru, dan seterusnya. Ubah warna mana pun dengan kotak warna di samping kanal.
Apakah penampil ini membaca piramida OME-TIFF?
Ya, resolusi yang lebih rendah yang disimpan di SubIFD (OME-TIFF 6 dan yang lebih baru, ekspor bfconvert, QuPath, dan vips) digunakan untuk zoom.
Bagaimana jika berkas memiliki beberapa seri?
Penampil menampilkan seri pertama dan menyebutkan jumlah serinya. Untuk seri lainnya diperlukan penampil desktop.
Apakah penampil OME-TIFF ini gratis?
Ya, alat ini gratis dan tidak memerlukan akun. SlideScope, aplikasi mikroskopi desktop buatan tim yang sama, adalah aplikasi berbayar dengan pustaka sampel gratis (semua alat) dan langganan untuk citra Anda sendiri.
Butuh lebih dari yang bisa dilakukan browser?
SlideScope membuka 34 format mikroskop dan pemindai slide di Windows dan Mac, di antaranya CZI, ND2, LIF, MRXS, dan SVS JPEG 2000, lengkap dengan pengukuran, anotasi, penghitungan sel, dan ekspor OME-TIFF resolusi penuh. Coba semua alat secara gratis pada sampel bawaan; membuka citra Anda sendiri memerlukan langganan. Sudah memutuskan? Berlangganan sekarang.