Jak OME-TIFF przechowuje kanały, Z i czas
OME-TIFF przechowuje każdą płaszczyznę 2D jako jeden obraz TIFF i opisuje je w OME-XML umieszczonym w opisie pierwszego obrazu: SizeC, SizeZ, SizeT oraz DimensionOrder, na przykład XYZCT, określają, która płaszczyzna jest którą, elementy Channel niosą nazwy i kolory, a PhysicalSizeX rozmiar piksela. Od OME-TIFF 6 duże obrazy przechowują swoje obniżone rozdzielczości w SubIFD. Przeglądarka odczytuje to wszystko, więc 3-kanałowy timelapse otwiera się jako trzy kolorowe kanały z suwakiem czasu, a nie jako stos stron.
Co otwiera
Czego nie otwiera
- SVS z JPEG 2000 (kompresja Aperio 33003/33005), JPEG XR i JPEG XL nie dają się zdekodować w przeglądarce internetowej bez WebAssembly, którego ta strona nie ładuje.
- Formaty nieoparte na TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR i DICOM wymagają czytnika desktopowego. NDPI przypomina TIFF, ale każdy poziom przechowuje jako jeden ogromny plik JPEG, zbyt duży dla karty przeglądarki.
- OME-TIFF z kilkoma seriami pokazuje pierwszą serię.
- Bez pomiarów, adnotacji i analizy: to tylko przeglądarka.
Do tych formatów, a także do mierzenia, adnotacji i liczenia komórek na własnych obrazach, SlideScope otwiera 34 formaty mikroskopów i skanerów preparatów na Windows i Macu. SlideScope, desktopowa aplikacja mikroskopowa tego samego zespołu, to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia) i subskrypcją na własne obrazy. Bezpłatne alternatywy: Fiji (Bio-Formats) i QuPath.
Jak otwiera plik bez przesyłania go
Gdy wybierasz plik, przeglądarka internetowa przekazuje tej stronie uchwyt do niego na Twoim dysku. Strona odczytuje tylko potrzebne bajty: najpierw katalog TIFF, potem kafelki dla widocznej na ekranie części obrazu, i dekoduje je na stronie za pomocą otwartoźródłowego czytnika TIFF (geotiff). Nic nie jest wysyłane na serwer, więc nieopublikowane dane i preparaty z etykietami pacjentów zostają na Twoim komputerze, a wielogigabajtowe preparaty otwierają się w kilka sekund, bo nigdy nie są nigdzie kopiowane. Zamknij kartę, a plik zniknie ze strony.
Strona ładuje własne skrypty z slidescope.science oraz szanujący prywatność licznik odsłon witryny; żadne z nich nigdy nie widzi Twojego obrazu. Licencje open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Pytania
Jak otworzyć plik OME-TIFF?
W przeglądarce internetowej otwórz go na tej stronie. Na komputerze OME-TIFF odczytują Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari i SlideScope.
Dlaczego moje kanały są wyświetlane w różnych kolorach?
Przeglądarka używa kolorów zapisanych w OME-XML; kanały bez koloru dostają kolejno czerwony, zielony, niebieski i tak dalej. Każdy kolor zmienisz w polu koloru obok kanału.
Czy odczytuje piramidy OME-TIFF?
Tak, obniżone rozdzielczości zapisane w SubIFD (OME-TIFF 6 i nowsze, eksporty z bfconvert, QuPath i vips) są używane przy powiększaniu.
Co jeśli plik ma kilka serii?
Przeglądarka pokazuje pierwszą serię i informuje, ile ich jest. Do pozostałych potrzebna jest przeglądarka desktopowa.
Czy ta przeglądarka OME-TIFF jest bezpłatna?
Tak, jest bezpłatne i nie wymaga konta. SlideScope, desktopowa aplikacja mikroskopowa tego samego zespołu, to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia) i subskrypcją na własne obrazy.
Potrzebujesz więcej, niż potrafi przeglądarka internetowa?
SlideScope otwiera 34 formaty mikroskopów i skanerów preparatów na Windows i Macu, w tym CZI, ND2, LIF, MRXS i SVS z JPEG 2000, z pomiarami, adnotacjami, liczeniem komórek i eksportem do OME-TIFF w pełnej rozdzielczości. Wypróbuj wszystkie narzędzia bezpłatnie na wbudowanych przykładach; do otwierania własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja. Już zdecydowane? Subskrybuj teraz.