โปรแกรมดู OME-TIFF

OME-TIFF จัดเก็บช่องสัญญาณ, Z และเวลาอย่างไร

OME-TIFF เก็บแต่ละระนาบ 2 มิติเป็นภาพ TIFF หนึ่งภาพ และอธิบายระนาบเหล่านั้นด้วย OME-XML ภายในคำอธิบายของภาพแรก: SizeC, SizeZ, SizeT และ DimensionOrder เช่น XYZCT บอกว่าระนาบใดคืออะไร องค์ประกอบ Channel เก็บชื่อและสี และ PhysicalSizeX เก็บขนาดพิกเซล ตั้งแต่ OME-TIFF 6 ภาพขนาดใหญ่จะเก็บความละเอียดที่ลดลงไว้ใน SubIFD โปรแกรมดูนี้อ่านข้อมูลทั้งหมดนี้ ภาพ time-lapse 3 ช่องสัญญาณจึงเปิดเป็นสามช่องสัญญาณสีพร้อมแถบเลื่อนเวลา แทนที่จะเป็นกองหน้าภาพ

สิ่งที่เปิดได้

สิ่งที่เปิดไม่ได้

• SVS แบบ JPEG 2000 (การบีบอัดของ Aperio 33003/33005), JPEG XR และ JPEG XL ไม่สามารถถอดรหัสในเบราว์เซอร์ได้หากไม่มี WebAssembly ซึ่งหน้านี้ไม่ได้โหลด
• ไม่ได้อิงกับ TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR และ DICOM ต้องใช้โปรแกรมอ่านบนเดสก์ท็อป NDPI มีลักษณะคล้าย TIFF แต่เก็บแต่ละระดับเป็น JPEG ขนาดใหญ่มากไฟล์เดียว ซึ่งใหญ่เกินกว่าแท็บเบราว์เซอร์จะรับได้
• OME-TIFF ที่มีหลายซีรีส์ จะแสดงเฉพาะซีรีส์แรก
• ไม่มีการวัด คำอธิบายประกอบ หรือการวิเคราะห์: เป็นเพียงโปรแกรมดู

สำหรับรูปแบบไฟล์เหล่านั้น และสำหรับการวัด การใส่คำอธิบายประกอบ และการนับเซลล์บนภาพของคุณเอง SlideScope เปิดไฟล์จากกล้องจุลทรรศน์และเครื่องสแกนสไลด์ได้ 34 รูปแบบบน Windows และ Mac SlideScope แอปกล้องจุลทรรศน์บนเดสก์ท็อปจากทีมเดียวกัน เป็นแอปแบบชำระเงินที่มีคลังภาพตัวอย่างฟรี (ใช้ได้ทุกเครื่องมือ) และต้องสมัครสมาชิกสำหรับภาพของคุณเอง ทางเลือกฟรี: Fiji (Bio-Formats) และ QuPath

วิธีที่เครื่องมือเปิดไฟล์โดยไม่ต้องอัปโหลด

เมื่อคุณเลือกไฟล์ เบราว์เซอร์จะส่งตัวอ้างอิงไปยังไฟล์บนดิสก์ของคุณให้หน้านี้ หน้านี้จะอ่านเฉพาะไบต์ที่ต้องใช้ คือไดเรกทอรีของ TIFF ก่อน แล้วจึงอ่านไทล์ของส่วนภาพที่อยู่บนหน้าจอ และถอดรหัสในหน้าเว็บด้วยโปรแกรมอ่าน TIFF แบบโอเพนซอร์ส (geotiff) ไม่มีการส่งข้อมูลใดไปยังเซิร์ฟเวอร์ ข้อมูลที่ยังไม่เผยแพร่และสไลด์ที่มีป้ายข้อมูลผู้ป่วยจึงอยู่บนคอมพิวเตอร์ของคุณ และสไลด์ขนาดหลายกิกะไบต์ก็เปิดได้ในไม่กี่วินาทีเพราะไม่ถูกคัดลอกไปที่ใดเลย ปิดแท็บแล้วไฟล์ก็จะหายไปจากหน้านี้

หน้านี้โหลดสคริปต์ของตัวเองจาก slidescope.science และตัวนับการเข้าชมหน้าที่เคารพความเป็นส่วนตัวของเว็บไซต์ ทั้งสองส่วนไม่เคยเห็นภาพของคุณ สัญญาอนุญาตโอเพนซอร์ส: image-tools-vendor.LICENSE.txt

คำถาม