無料ツール

OME-TIFF ビューア

OME-TIFF を開いて、その次元を正しく表示します。名前と色の付いたチャンネル、OME-XML に記録された Z 平面と時点、16 ビットデータ向けのチャンネルごとのコントラスト、ズームできる SubIFD ピラミッドに対応します。ファイルはブラウザーが読み込み、アップロードされることはありません。

OME-TIFF ビューア

OME-TIFF ファイルをここにドロップ

お使いのコンピューター上でブラウザーが読み込みます。何もアップロードされません。

OME-TIFF がチャンネル・Z・時間を保存する仕組み

OME-TIFF は各 2 次元平面を 1 つの TIFF 画像として保存し、それらを最初の画像の説明欄にある OME-XML で記述します。SizeC、SizeZ、SizeT と XYZCT などの DimensionOrder がどの平面が何かを示し、Channel 要素が名前と色を、PhysicalSizeX がピクセルサイズを保持します。OME-TIFF 6 以降、大きな画像は低解像度版を SubIFD に保持します。このビューアはこれらすべてを読み込むため、3 チャンネルのタイムラプスは、ページの山としてではなく、時間スライダー付きの 3 つの色付きチャンネルとして開きます。

開ける形式

開ける形式詳細
TIFF と BigTIFF8・16・32 ビットの整数および浮動小数点、グレースケール、RGB、パレット。ストリップ形式またはタイル形式。マルチページ
OME-TIFFOME-XML のチャンネル・Z・時間、チャンネル名と色、ピクセルサイズ、SubIFD ピラミッド
ImageJ / Fiji TIFFハイパースタック(チャンネル、スライス、フレーム)と ImageJ の校正情報
Aperio SVSJPEG 圧縮スライドとそのピラミッド、サムネイル、ラベル、マクロ、MPP
ピラミッド型 TIFF汎用のタイル型ピラミッド(vips や bfconvert で作成したものなど)
圧縮なし、LZW、Deflate(Zip)、PackBits、JPEG、WebP

開けないもの

  • JPEG 2000 SVS(Aperio 圧縮 33003/33005)、JPEG XR、JPEG XL は WebAssembly なしではブラウザーでデコードできず、このページは WebAssembly を読み込みません。
  • TIFF ベースではない形式:CZI、ND2、LIF、MRXS、VSI、IMS、OIB/OIR、DICOM にはデスクトップのリーダーが必要です。NDPI は TIFF に似ていますが、各レベルを 1 つの巨大な JPEG として保存しているため、ブラウザーのタブで扱うには大きすぎます。
  • 複数のシリーズを含む OME-TIFF は、最初のシリーズを表示します。
  • 計測、注釈、解析はできません。あくまでビューアです。

これらの形式や、ご自身の画像での計測・注釈・細胞計数には、SlideScope が Windows と Mac で 34 種類の顕微鏡・スライドスキャナー形式を開けます。同じチームが開発したデスクトップ顕微鏡アプリ SlideScope は、無料のサンプルライブラリ(全ツール利用可)が付属する有料アプリで、ご自身の画像にはサブスクリプションが必要です。無料の代替手段:Fiji(Bio-Formats)と QuPath。

アップロードせずにファイルを開く仕組み

ファイルを選ぶと、ブラウザーはディスク上のそのファイルへのハンドルをこのページに渡します。ページは必要なバイトだけを読み込みます。まず TIFF ディレクトリ、次に画面に表示されている部分のタイルを読み込み、オープンソースの TIFF リーダー(geotiff)を使ってページ内でデコードします。サーバーには何も送信されないため、未発表のデータや患者ラベル付きのスライドはコンピューター上に留まり、数ギガバイトのスライドもどこにもコピーされないので数秒で開きます。タブを閉じれば、ファイルはページから消えます。

このページは、slidescope.science から自身のスクリプトと、プライバシーに配慮したサイトのページビューカウンターを読み込みます。どちらも画像を見ることはありません。オープンソースライセンス:image-tools-vendor.LICENSE.txt。

質問

OME-TIFF ファイルはどうやって開けばよいですか?

ブラウザーでは、このページで開けます。デスクトップでは、Fiji(Bio-Formats)、QuPath、napari、SlideScope のいずれも OME-TIFF を読み込めます。

チャンネルが異なる色で表示されるのはなぜですか?

ビューアは OME-XML に記録された色を使います。色が指定されていないチャンネルには赤、緑、青などが割り当てられます。チャンネルの横にあるカラーボックスで、どの色でも変更できます。

OME-TIFF のピラミッドを読み込めますか?

はい。SubIFD に保存された低解像度版(OME-TIFF 6 以降、bfconvert、QuPath、vips の書き出し)をズームに使用します。

ファイルに複数のシリーズがある場合はどうなりますか?

ビューアは最初のシリーズを表示し、シリーズがいくつあるかを示します。他のシリーズを見るにはデスクトップのビューアが必要です。

この OME-TIFF ビューアは無料ですか?

はい、無料でアカウントも不要です。同じチームが開発したデスクトップ顕微鏡アプリ SlideScope は、無料のサンプルライブラリ(全ツール利用可)が付属する有料アプリで、ご自身の画像にはサブスクリプションが必要です。

ブラウザーでできる以上のことが必要ですか?

SlideScope は Windows と Mac で、CZI、ND2、LIF、MRXS、JPEG 2000 SVS を含む 34 種類の顕微鏡・スライドスキャナー形式を開き、計測、注釈、細胞計数、フル解像度の OME-TIFF 書き出しに対応します。内蔵サンプルですべてのツールを無料でお試しいただけます。ご自身の画像を開くにはサブスクリプションが必要です。もうお決まりですか?今すぐ登録。

SlideScope をダウンロード