OME-TIFF चैनल, Z और टाइम को कैसे सहेजता है
OME-TIFF हर 2-D प्लेन को एक TIFF इमेज के रूप में सहेजता है और पहली इमेज के विवरण के अंदर OME-XML में उनका वर्णन करता है: SizeC, SizeZ, SizeT और XYZCT जैसा DimensionOrder बताते हैं कि कौन-सा प्लेन कौन-सा है, Channel एलिमेंट नाम और रंग रखते हैं, और PhysicalSizeX पिक्सेल साइज़। OME-TIFF 6 से, बड़ी इमेज अपने कम रिज़ॉल्यूशन SubIFD में रखती हैं। व्यूअर यह सब पढ़ता है, इसलिए 3-चैनल टाइम-लैप्स पेजों के ढेर की तरह नहीं, बल्कि टाइम स्लाइडर के साथ तीन रंगीन चैनलों के रूप में खुलता है।
यह क्या खोलता है
यह क्या नहीं खोलता
- JPEG 2000 SVS (Aperio compression 33003/33005), JPEG XR और JPEG XL को WebAssembly के बिना ब्राउज़र में डिकोड नहीं किया जा सकता, और यह पेज WebAssembly लोड नहीं करता।
- TIFF-आधारित नहीं: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR और DICOM के लिए डेस्कटॉप रीडर चाहिए। NDPI, TIFF जैसा है, लेकिन हर लेवल को एक विशाल JPEG के रूप में सहेजता है, जो ब्राउज़र टैब के लिए बहुत बड़ा है।
- कई सीरीज़ वाला OME-TIFF पहली सीरीज़ दिखाता है।
- कोई माप, एनोटेशन या विश्लेषण नहीं: यह एक व्यूअर है।
उन फ़ॉर्मैट के लिए, और अपनी इमेज पर माप, एनोटेशन और कोशिका गणना के लिए, SlideScope Windows और Mac पर 34 माइक्रोस्कोप और स्लाइड-स्कैनर फ़ॉर्मैट खोलता है। SlideScope, उसी टीम का बनाया डेस्कटॉप माइक्रोस्कोपी ऐप, एक पेड ऐप है जिसके साथ मुफ़्त सैंपल लाइब्रेरी (हर टूल के साथ) मिलती है और आपकी अपनी इमेज के लिए सदस्यता लेनी होती है। मुफ़्त विकल्प: Fiji (Bio-Formats) और QuPath।
यह फ़ाइल को अपलोड किए बिना कैसे खोलता है
जब आप कोई फ़ाइल चुनते हैं, तो ब्राउज़र इस पेज को आपकी डिस्क पर उस फ़ाइल का हैंडल देता है। पेज केवल वही बाइट पढ़ता है जिनकी उसे ज़रूरत है: पहले TIFF डायरेक्टरी, फिर स्क्रीन पर दिख रहे इमेज के हिस्से की टाइलें, और उन्हें एक ओपन-सोर्स TIFF रीडर (geotiff) से पेज में ही डिकोड करता है। किसी सर्वर पर कुछ नहीं भेजा जाता, इसलिए अप्रकाशित डेटा और मरीज़ के लेबल वाली स्लाइड आपके कंप्यूटर पर ही रहती हैं, और कई गीगाबाइट की स्लाइड कुछ सेकंड में खुल जाती हैं क्योंकि उन्हें कहीं कॉपी नहीं किया जाता। टैब बंद करें और फ़ाइल पेज से हट जाती है।
पेज अपनी स्क्रिप्ट slidescope.science से लोड करता है, साथ ही साइट का गोपनीयता का सम्मान करने वाला पेज-व्यू काउंटर भी; इनमें से कोई भी आपकी इमेज कभी नहीं देखता। ओपन-सोर्स लाइसेंस: image-tools-vendor.LICENSE.txt।
प्रश्न
मैं OME-TIFF फ़ाइल कैसे खोलूँ?
ब्राउज़र में, इसे इसी पेज में खोलें। डेस्कटॉप पर, Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari और SlideScope सभी OME-TIFF पढ़ते हैं।
मेरे चैनल अलग-अलग रंगों में क्यों दिखते हैं?
व्यूअर OME-XML में दिए रंगों का उपयोग करता है; जिन चैनलों का कोई रंग नहीं है, उन्हें लाल, हरा, नीला आदि मिलता है। चैनल के बगल वाले कलर बॉक्स से कोई भी रंग बदलें।
क्या यह OME-TIFF पिरामिड पढ़ता है?
हाँ, SubIFD में सहेजे गए कम रिज़ॉल्यूशन (OME-TIFF 6 और बाद के, bfconvert, QuPath और vips एक्सपोर्ट) ज़ूम करने के लिए उपयोग होते हैं।
अगर फ़ाइल में कई सीरीज़ हों तो?
व्यूअर पहली सीरीज़ दिखाता है और बताता है कि कुल कितनी हैं। बाकी के लिए डेस्कटॉप व्यूअर चाहिए।
क्या यह OME-TIFF व्यूअर मुफ़्त है?
हाँ, यह मुफ़्त है और इसके लिए खाते की ज़रूरत नहीं। SlideScope, उसी टीम का बनाया डेस्कटॉप माइक्रोस्कोपी ऐप, एक पेड ऐप है जिसके साथ मुफ़्त सैंपल लाइब्रेरी (हर टूल के साथ) मिलती है और आपकी अपनी इमेज के लिए सदस्यता लेनी होती है।
ब्राउज़र की क्षमता से ज़्यादा चाहिए?
SlideScope, Windows और Mac पर 34 माइक्रोस्कोप और स्लाइड-स्कैनर फ़ॉर्मैट खोलता है, जिनमें CZI, ND2, LIF, MRXS और JPEG 2000 SVS शामिल हैं, और साथ में माप, एनोटेशन, कोशिका गणना और फ़ुल-रिज़ॉल्यूशन OME-TIFF एक्सपोर्ट देता है। हर टूल बिल्ट-इन सैंपल पर मुफ़्त में आज़माएँ; अपनी इमेज खोलने के लिए सदस्यता ज़रूरी है। पहले ही तय कर चुके हैं? अभी सब्सक्राइब करें।