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OME-TIFF 檢視器

開啟 OME-TIFF 並正確呈現其維度:附名稱與顏色的通道、來自 OME-XML 的 Z 平面與時間點、16 位元資料的逐通道對比,以及可縮放檢視的 SubIFD 金字塔。檔案由您的瀏覽器讀取,絕不會上傳。

OME-TIFF 檢視器

將 OME-TIFF 檔案拖放到這裡

由您電腦上的瀏覽器讀取。不會上傳任何內容。

OME-TIFF 如何儲存通道、Z 軸與時間

OME-TIFF 將每個 2-D 平面儲存為一張 TIFF 影像,並在第一張影像描述內的 OME-XML 中加以說明:SizeC、SizeZ、SizeT 以及 XYZCT 之類的 DimensionOrder 指出各平面的身分,Channel 元素帶有名稱與顏色,PhysicalSizeX 則是像素尺寸。自 OME-TIFF 6 起,大型影像會將降低解析度的層級存放在 SubIFD 中。此檢視器會讀取所有這些資訊,因此 3 通道縮時影像會以三個彩色通道加上時間滑桿的形式開啟,而不是一疊頁面。

可開啟的檔案

可開啟詳細資訊
TIFF 與 BigTIFF8、16 與 32 位元整數及浮點數,灰階、RGB 與調色盤;條帶式或圖塊式;多頁
OME-TIFF來自 OME-XML 的通道、Z 軸與時間、通道名稱與顏色、像素尺寸,以及 SubIFD 金字塔
ImageJ / Fiji TIFF超堆疊(通道、切面、影格)與 ImageJ 校正
Aperio SVSJPEG 壓縮的切片,連同其金字塔、縮圖、標籤與巨觀影像,以及 MPP
金字塔式 TIFF一般的圖塊式金字塔(例如由 vips 或 bfconvert 產生)
壓縮無、LZW、Deflate (Zip)、PackBits、JPEG、WebP

無法開啟的檔案

  • JPEG 2000 SVS(Aperio 壓縮 33003/33005)、JPEG XR 與 JPEG XL 若沒有 WebAssembly 便無法在瀏覽器中解碼,而本頁不會載入 WebAssembly。
  • 非 TIFF 格式:CZI、ND2、LIF、MRXS、VSI、IMS、OIB/OIR 與 DICOM 需要桌面讀取程式。NDPI 類似 TIFF,但每個層級都儲存為一張巨大的 JPEG,對瀏覽器分頁來說太大。
  • 含多個系列的 OME-TIFF 只會顯示第一個系列。
  • 不提供量測、標註或分析:這只是一個檢視器。

若要開啟這些格式,或在您自己的影像上進行量測、標註與細胞計數,SlideScope 可在 Windows 與 Mac 上開啟 34 種顯微鏡與玻片掃描器格式。SlideScope 是同一團隊開發的桌面顯微影像應用程式,為付費應用程式,附有免費範例庫(所有工具皆可使用),開啟您自己的影像則需要訂閱。免費替代方案:Fiji(Bio-Formats)與 QuPath。

如何在不上傳的情況下開啟檔案

當您選擇檔案時,瀏覽器會將該檔案在您磁碟上的控制代碼交給此頁面。頁面只讀取所需的位元組:先讀取 TIFF 目錄,再讀取螢幕上顯示之影像區域的圖塊,並使用開源 TIFF 讀取器(geotiff)在頁面中解碼。不會傳送任何內容到伺服器,因此未發表的資料與帶有病患標籤的切片都會留在您的電腦上;多 GB 的切片也能在數秒內開啟,因為它們從未被複製到任何地方。關閉分頁後,檔案就會從頁面中消失。

此頁面從 slidescope.science 載入自己的腳本,以及本網站尊重隱私的頁面瀏覽計數器;兩者都不會看到您的影像。開源授權:image-tools-vendor.LICENSE.txt。

常見問題

如何開啟 OME-TIFF 檔案?

在瀏覽器中,請在本頁開啟。在桌面上,Fiji(Bio-Formats)、QuPath、napari 與 SlideScope 都能讀取 OME-TIFF。

為什麼我的通道會以不同顏色顯示?

檢視器使用 OME-XML 中的顏色;沒有指定顏色的通道則依序使用紅、綠、藍等顏色。您可以用通道旁的顏色方塊變更任何顏色。

它能讀取 OME-TIFF 金字塔嗎?

可以,存放在 SubIFD 中的降低解析度層級(OME-TIFF 6 及更新版本、bfconvert、QuPath 與 vips 的匯出檔)都會用於縮放。

如果檔案有多個系列怎麼辦?

檢視器會顯示第一個系列,並告訴您共有幾個系列。其他系列需要使用桌面檢視器。

這個 OME-TIFF 檢視器是免費的嗎?

是的,它是免費的,而且不需要帳戶。SlideScope 是同一團隊開發的桌面顯微影像應用程式,為付費應用程式,附有免費範例庫(所有工具皆可使用),開啟您自己的影像則需要訂閱。

需要瀏覽器做不到的功能嗎?

SlideScope 可在 Windows 與 Mac 上開啟 34 種顯微鏡與玻片掃描器格式,包括 CZI、ND2、LIF、MRXS 與 JPEG 2000 SVS,並提供量測、標註、細胞計數與全解析度 OME-TIFF 匯出。可在內建範例上免費試用所有工具;開啟您自己的影像需要訂閱。已經決定了嗎?立即訂閱。

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