Come un OME-TIFF memorizza canali, Z e tempo
Un OME-TIFF memorizza ogni piano 2D come un’immagine TIFF e li descrive in OME-XML all’interno della descrizione della prima immagine: SizeC, SizeZ, SizeT e un DimensionOrder come XYZCT indicano quale piano è quale, gli elementi Channel riportano nomi e colori e PhysicalSizeX la dimensione del pixel. Da OME-TIFF 6, le immagini grandi conservano le risoluzioni ridotte nei SubIFD. Il visualizzatore legge tutto questo, così un time-lapse a 3 canali si apre come tre canali colorati con un cursore del tempo anziché come una pila di pagine.
Che cosa apre
Che cosa non apre
- SVS JPEG 2000 (compressione Aperio 33003/33005), JPEG XR e JPEG XL non si possono decodificare in un browser senza WebAssembly, che questa pagina non carica.
- Non basati su TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR e DICOM richiedono un lettore desktop. NDPI è simile al TIFF, ma memorizza ogni livello come un unico JPEG enorme, troppo grande per una scheda del browser.
- OME-TIFF con più serie: viene mostrata la prima serie.
- Niente misure, annotazioni o analisi: è un visualizzatore.
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Come apre un file senza caricarlo
Quando scegli un file, il browser passa a questa pagina un riferimento al file sul tuo disco. La pagina legge solo i byte che le servono: prima la directory TIFF, poi le tessere della parte di immagine sullo schermo, e le decodifica nella pagina con un lettore TIFF open source (geotiff). Nulla viene inviato a un server, quindi i dati non pubblicati e i vetrini con etichette dei pazienti restano sul tuo computer, e i vetrini da diversi gigabyte si aprono in pochi secondi perché non vengono mai copiati da nessuna parte. Chiudi la scheda e il file sparisce dalla pagina.
La pagina carica i propri script da slidescope.science e il contatore di visite del sito, rispettoso della privacy; nessuno dei due vede mai la tua immagine. Licenze open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Domande
Come apro un file OME-TIFF?
Nel browser, aprilo in questa pagina. Sul desktop, Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari e SlideScope leggono tutti l’OME-TIFF.
Perché i miei canali sono mostrati in colori diversi?
Il visualizzatore usa i colori presenti nell’OME-XML; i canali che non ne hanno ricevono rosso, verde, blu e così via. Puoi cambiare qualsiasi colore con il selettore accanto al canale.
Legge le piramidi OME-TIFF?
Sì, le risoluzioni ridotte memorizzate nei SubIFD (OME-TIFF 6 e successivi, esportazioni di bfconvert, QuPath e vips) vengono usate per lo zoom.
E se il file contiene più serie?
Il visualizzatore mostra la prima serie e indica quante ce ne sono. Per le altre serve un visualizzatore desktop.
Questo visualizzatore OME-TIFF è gratuito?
Sì, è gratuito e non richiede un account. SlideScope, l’app desktop per microscopia creata dallo stesso team, è un’app a pagamento con una libreria di campioni gratuita (tutti gli strumenti) e un abbonamento per le tue immagini.
Ti serve più di quanto possa fare un browser?
SlideScope apre 34 formati di microscopi e scanner per vetrini su Windows e Mac, tra cui CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS JPEG 2000, con misure, annotazioni, conteggio delle cellule ed esportazione OME-TIFF a piena risoluzione. Prova gratis tutti gli strumenti sui campioni inclusi; per aprire le tue immagini serve un abbonamento. Hai già deciso? Abbonati ora.