Como um OME-TIFF guarda canais, Z e tempo
Um OME-TIFF guarda cada plano 2D como uma imagem TIFF e descreve-os em OME-XML dentro da descrição da primeira imagem: SizeC, SizeZ, SizeT e uma DimensionOrder como XYZCT indicam que plano é qual, os elementos Channel contêm nomes e cores e PhysicalSizeX o tamanho de píxel. Desde o OME-TIFF 6, as imagens grandes guardam as resoluções reduzidas em SubIFDs. O visualizador lê tudo isto, por isso um time-lapse de 3 canais abre como três canais coloridos com um cursor de tempo, em vez de uma pilha de páginas.
O que abre
O que não abre
- SVS JPEG 2000 (compressão Aperio 33003/33005), JPEG XR e JPEG XL não podem ser descodificados num navegador sem WebAssembly, que esta página não carrega.
- Não baseados em TIFF: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR e DICOM precisam de um leitor para computador. O NDPI é semelhante a TIFF, mas guarda cada nível como um único JPEG enorme, demasiado grande para um separador do navegador.
- OME-TIFF com várias séries: mostra a primeira série.
- Sem medições, anotações nem análise: é um visualizador.
Para esses formatos, e para medir, anotar e contar células nas suas próprias imagens, o SlideScope abre 34 formatos de microscópios e digitalizadores de lâminas no Windows e no Mac. O SlideScope, a aplicação de microscopia para computador da mesma equipa, é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma subscrição para as suas próprias imagens. Alternativas gratuitas: Fiji (Bio-Formats) e QuPath.
Como abre um ficheiro sem o carregar
Quando escolhe um ficheiro, o navegador entrega a esta página um identificador desse ficheiro no seu disco. A página lê apenas os bytes de que precisa: primeiro o diretório TIFF, depois os mosaicos da parte da imagem que está no ecrã, e descodifica-os na página com um leitor de TIFF de código aberto (geotiff). Nada é enviado para um servidor, por isso os dados não publicados e as lâminas com etiquetas de doentes ficam no seu computador, e lâminas de vários gigabytes abrem em segundos porque nunca são copiadas para lado nenhum. Feche o separador e o ficheiro desaparece da página.
A página carrega os seus próprios scripts a partir de slidescope.science e o contador de visualizações de página do site, que respeita a privacidade; nenhum deles vê alguma vez a sua imagem. Licenças de código aberto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Perguntas
Como abro um ficheiro OME-TIFF?
No navegador, abra-o nesta página. No computador, o Fiji (Bio-Formats), o QuPath, o napari e o SlideScope leem todos OME-TIFF.
Porque é que os meus canais aparecem em cores diferentes?
O visualizador usa as cores do OME-XML; os canais sem cor definida recebem vermelho, verde, azul e assim por diante. Altere qualquer cor com a caixa de cor ao lado do canal.
Lê pirâmides OME-TIFF?
Sim, as resoluções reduzidas guardadas em SubIFDs (OME-TIFF 6 e posteriores, exportações do bfconvert, QuPath e vips) são usadas para o zoom.
E se o ficheiro tiver várias séries?
O visualizador mostra a primeira série e indica quantas existem. Para as outras é preciso um visualizador para computador.
Este visualizador OME-TIFF é gratuito?
Sim, é gratuita e não precisa de conta. O SlideScope, a aplicação de microscopia para computador da mesma equipa, é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma subscrição para as suas próprias imagens.
Precisa de mais do que um navegador consegue fazer?
O SlideScope abre 34 formatos de microscópios e digitalizadores de lâminas no Windows e no Mac, entre eles CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS JPEG 2000, com medições, anotações, contagem de células e exportação OME-TIFF em resolução total. Experimente gratuitamente todas as ferramentas nas amostras incluídas; para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição. Já decidiu? Subscreva agora.