Di mana TIFF menyimpan ukuran pikselnya
Penampil melaporkan mana yang ditemukannya. Jika tidak ada satu pun, tetapkan skalanya sendiri (kalkulator ukuran piksel menjelaskan caranya) sebelum melakukan pengukuran.
Kolom yang dapat mengidentifikasi pasien atau lab
Berkas whole slide sering kali membawa lebih dari sekadar piksel: foto label kaca (barcode, nomor kasus, terkadang nama), citra makro seluruh slide, tanggal dan waktu pemindaian, nomor seri pemindai, nama pengguna, dan nama berkas asli. Alat ini mencantumkan kolom-kolom yang ditemukannya di tag utama. Sebelum membagikan slide ke luar institusi Anda, hapus kolom-kolom tersebut: lihat cara menghapus label dan data pasien dari citra slide.
Informasi yang sama dari baris perintah
tiffinfo file.tif (libtiff) mencetak setiap direktori; exiftool -a -G1 file.tif menambahkan tag pabrikan; di Python, tifffile.TiffFile(path) menyediakan .pages[i].tags, .ome_metadata, dan .imagej_metadata. Untuk SVS, openslide.OpenSlide(path).properties memberikan kolom-kolom yang sudah diurai (lihat membaca berkas SVS di Python).
Cara alat ini membuka berkas tanpa mengunggahnya
Saat Anda memilih berkas, browser memberi halaman ini akses ke berkas tersebut di disk Anda. Halaman hanya membaca byte yang diperlukan: direktori TIFF terlebih dahulu, lalu tile untuk bagian citra yang tampil di layar, dan mendekodenya di halaman dengan pembaca TIFF open source (geotiff). Tidak ada yang dikirim ke server, sehingga data yang belum dipublikasikan dan slide berlabel pasien tetap berada di komputer Anda, dan slide berukuran beberapa gigabyte terbuka dalam hitungan detik karena tidak pernah disalin ke mana pun. Tutup tab, dan berkas pun hilang dari halaman.
Halaman ini memuat skripnya sendiri dari slidescope.science serta penghitung tampilan halaman situs yang menghormati privasi; keduanya tidak pernah melihat citra Anda. Lisensi open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Pertanyaan
Bagaimana cara melihat metadata berkas TIFF?
Buka berkas di halaman ini untuk menampilkan setiap tag dari setiap citra, atau gunakan tiffinfo, exiftool, atau tifffile di Python. Tag ImageDescription menyimpan sebagian besar metadata mikroskopi (kolom OME-XML, ImageJ, atau Aperio).
Bagaimana cara mengetahui ukuran piksel TIFF?
Cari PhysicalSizeX di OME-XML, MPP di deskripsi Aperio, atau satuan ImageJ beserta XResolution. Resolusi 72 atau 300 dpi biasa adalah pengaturan cetak, bukan kalibrasi mikroskop.
Bisakah saya mengekspor tag-tagnya?
Bisa: Unduh semua tag sebagai JSON menyimpan tag dari hingga 200 citra dalam berkas, dengan array panjang dipersingkat.
Apakah berkas saya diunggah?
Tidak. Browser membaca berkas di komputer Anda; tidak ada yang dikirim ke mana pun.
Apakah alat ini gratis?
Ya, alat ini gratis dan tidak memerlukan akun. SlideScope, aplikasi mikroskopi desktop buatan tim yang sama, adalah aplikasi berbayar dengan pustaka sampel gratis (semua alat) dan langganan untuk citra Anda sendiri.
Butuh lebih dari yang bisa dilakukan browser?
SlideScope membuka 34 format mikroskop dan pemindai slide di Windows dan Mac, di antaranya CZI, ND2, LIF, MRXS, dan SVS JPEG 2000, lengkap dengan pengukuran, anotasi, penghitungan sel, dan ekspor OME-TIFF resolusi penuh. Coba semua alat secara gratis pada sampel bawaan; membuka citra Anda sendiri memerlukan langganan. Sudah memutuskan? Berlangganan sekarang.