Де TIFF зберігає розмір пікселя
Переглядач повідомляє, що з цього він знайшов. Якщо нічого немає, задайте масштаб самостійно (як це зробити, пояснює калькулятор розміру пікселя) перед вимірюваннями.
Поля, за якими можна ідентифікувати пацієнта чи лабораторію
Файли повнослайдових зображень часто містять більше, ніж пікселі: фото етикетки на склі (штрихкод, номер випадку, іноді ім’я), макрозображення всього слайда, дату й час сканування, серійний номер сканера, ім’я користувача й оригінальну назву файлу. Інструмент перелічує ті з них, які знаходить в основних тегах. Перш ніж ділитися слайдом за межами своєї установи, видаліть їх: див. як видалити етикетки й дані пацієнтів із зображень слайдів.
Ті самі відомості з командного рядка
tiffinfo file.tif (libtiff) виводить кожен каталог; exiftool -a -G1 file.tif додає теги виробника; у Python tifffile.TiffFile(path) надає .pages[i].tags, .ome_metadata і .imagej_metadata. Для SVS openslide.OpenSlide(path).properties повертає розібрані поля (див. читання файлів SVS у Python).
Як він відкриває файл без завантаження на сервер
Коли ви вибираєте файл, браузер передає цій сторінці дескриптор файлу на вашому диску. Сторінка читає лише потрібні байти: спершу каталог TIFF, потім плитки для тієї частини зображення, що на екрані, і декодує їх на сторінці за допомогою TIFF-бібліотеки з відкритим кодом (geotiff). На сервер нічого не надсилається, тож неопубліковані дані та слайди з етикетками пацієнтів залишаються на вашому комп’ютері, а слайди розміром у кілька гігабайтів відкриваються за секунди, бо їх ніколи нікуди не копіюють. Закрийте вкладку — і файлу на сторінці більше немає.
Сторінка завантажує власні скрипти зі slidescope.science і лічильник переглядів сторінок сайту, що поважає конфіденційність; жоден із них ніколи не бачить вашого зображення. Ліцензії відкритого коду: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Запитання
Як переглянути метадані файлу TIFF?
Відкрийте його на цій сторінці, щоб побачити всі теги кожного зображення, або скористайтеся tiffinfo, exiftool чи tifffile у Python. Тег ImageDescription містить більшість мікроскопічних метаданих (поля OME-XML, ImageJ або Aperio).
Як знайти розмір пікселя в TIFF?
Шукайте PhysicalSizeX в OME-XML, MPP в описі Aperio або одиницю ImageJ разом із XResolution. Звичайна роздільність 72 або 300 dpi — це параметр друку, а не калібрування мікроскопа.
Чи можна експортувати теги?
Так: кнопка «Завантажити всі теги як JSON» зберігає теги до 200 зображень у файлі, скорочуючи довгі масиви.
Чи завантажується мій файл на сервер?
Ні. Браузер читає файл на вашому комп’ютері; нікуди нічого не надсилається.
Чи цей інструмент безкоштовний?
Так, він безкоштовний і не потребує облікового запису. SlideScope, настільна програма для мікроскопії від тієї самої команди, — платна програма з безкоштовною бібліотекою зразків (усі інструменти) і передплатою для ваших власних зображень.
Потрібно більше, ніж може браузер?
SlideScope відкриває 34 формати мікроскопів і слайд-сканерів у Windows і на Mac, серед них CZI, ND2, LIF, MRXS і SVS у JPEG 2000, з вимірюваннями, анотаціями, підрахунком клітин і експортом в OME-TIFF у повній роздільній здатності. Спробуйте всі інструменти безкоштовно на вбудованих зразках; щоб відкривати власні зображення, потрібна передплата. Уже вирішили? Оформити передплату зараз.