Dónde guarda un TIFF su tamaño de píxel
El visor indica cuál de ellos ha encontrado. Si no hay ninguno, define tú la escala (la calculadora de tamaño de píxel explica cómo) antes de medir.
Campos que pueden identificar a un paciente o un laboratorio
Los archivos de portaobjetos completos suelen contener algo más que píxeles: una foto de la etiqueta del vidrio (código de barras, número de caso y, a veces, un nombre), una imagen macro de todo el portaobjetos, la fecha y la hora del escaneo, el número de serie del escáner, el nombre de usuario y el nombre original del archivo. La herramienta enumera los que encuentra en las etiquetas principales. Antes de compartir un portaobjetos fuera de tu institución, elimínalos: consulta cómo eliminar etiquetas y datos de pacientes de las imágenes de portaobjetos.
La misma información desde la línea de comandos
tiffinfo file.tif (libtiff) muestra todos los directorios; exiftool -a -G1 file.tif añade las etiquetas del fabricante; en Python, tifffile.TiffFile(path) expone .pages[i].tags, .ome_metadata y .imagej_metadata. Para SVS, openslide.OpenSlide(path).properties devuelve los campos ya interpretados (consulta cómo leer archivos SVS en Python).
Cómo abre un archivo sin subirlo
Cuando eliges un archivo, el navegador le da a esta página un identificador que apunta a él en tu disco. La página lee solo los bytes que necesita: primero el directorio TIFF y luego las teselas de la parte de la imagen que está en pantalla, y las decodifica en la página con un lector TIFF de código abierto (geotiff). No se envía nada a ningún servidor, así que los datos no publicados y los portaobjetos con etiquetas de pacientes se quedan en tu ordenador, y los portaobjetos de varios gigabytes se abren en segundos porque nunca se copian a ninguna parte. Cierra la pestaña y el archivo desaparece de la página.
La página carga sus propios scripts desde slidescope.science y el contador de visitas del sitio, respetuoso con la privacidad; ninguno de los dos ve nunca tu imagen. Licencias de código abierto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Preguntas
¿Cómo veo los metadatos de un archivo TIFF?
Ábrelo en esta página para ver todas las etiquetas de cada imagen, o usa tiffinfo, exiftool o tifffile en Python. La etiqueta ImageDescription contiene la mayor parte de los metadatos de microscopía (campos OME-XML, ImageJ o Aperio).
¿Cómo encuentro el tamaño de píxel de un TIFF?
Busca PhysicalSizeX en el OME-XML, MPP en una descripción de Aperio, o la unidad de ImageJ junto con XResolution. Una resolución simple de 72 o 300 ppp es un ajuste de impresión, no una calibración del microscopio.
¿Puedo exportar las etiquetas?
Sí: Descargar todas las etiquetas en JSON guarda las etiquetas de hasta 200 imágenes del archivo, con las matrices largas abreviadas.
¿Se sube mi archivo?
No. El navegador lee el archivo en tu ordenador; no se envía nada a ningún sitio.
¿Esta herramienta es gratuita?
Sí, es gratuita y no necesita cuenta. SlideScope, la aplicación de microscopía de escritorio creada por el mismo equipo, es una aplicación de pago con una biblioteca de muestras gratuita (todas las herramientas) y una suscripción para tus propias imágenes.
¿Necesitas más de lo que puede hacer un navegador?
SlideScope abre 34 formatos de microscopio y de escáner de portaobjetos en Windows y Mac, entre ellos CZI, ND2, LIF, MRXS y SVS con JPEG 2000, con mediciones, anotaciones, recuento de células y exportación a OME-TIFF a resolución completa. Prueba gratis todas las herramientas con las muestras integradas; para abrir tus propias imágenes necesitas una suscripción. ¿Ya lo tienes claro? Suscríbete ahora.