Gdzie plik TIFF przechowuje rozmiar piksela
Przeglądarka informuje, które z tych pól znalazła. Jeśli nie ma żadnego, przed pomiarami ustaw skalę samodzielnie (wyjaśnia to kalkulator rozmiaru piksela).
Pola, które mogą zidentyfikować pacjenta lub laboratorium
Pliki obrazów całych preparatów często zawierają więcej niż piksele: zdjęcie etykiety szkiełka (kod kreskowy, numer przypadku, czasem nazwisko), obraz makro całego preparatu, datę i godzinę skanowania, numer seryjny skanera, nazwę użytkownika i oryginalną nazwę pliku. Narzędzie wyświetla te, które znajdzie w głównych znacznikach. Zanim udostępnisz preparat poza swoją instytucją, usuń je: zobacz, jak usunąć etykiety i dane pacjenta z obrazów preparatów.
Te same informacje z wiersza poleceń
tiffinfo file.tif (libtiff) wyświetla każdy katalog; exiftool -a -G1 file.tif dodaje znaczniki producenta; w Pythonie tifffile.TiffFile(path) udostępnia .pages[i].tags, .ome_metadata i .imagej_metadata. W przypadku SVS openslide.OpenSlide(path).properties zwraca przetworzone pola (zobacz odczyt plików SVS w Pythonie).
Jak otwiera plik bez przesyłania go
Gdy wybierasz plik, przeglądarka internetowa przekazuje tej stronie uchwyt do niego na Twoim dysku. Strona odczytuje tylko potrzebne bajty: najpierw katalog TIFF, potem kafelki dla widocznej na ekranie części obrazu, i dekoduje je na stronie za pomocą otwartoźródłowego czytnika TIFF (geotiff). Nic nie jest wysyłane na serwer, więc nieopublikowane dane i preparaty z etykietami pacjentów zostają na Twoim komputerze, a wielogigabajtowe preparaty otwierają się w kilka sekund, bo nigdy nie są nigdzie kopiowane. Zamknij kartę, a plik zniknie ze strony.
Strona ładuje własne skrypty z slidescope.science oraz szanujący prywatność licznik odsłon witryny; żadne z nich nigdy nie widzi Twojego obrazu. Licencje open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Pytania
Jak zobaczyć metadane pliku TIFF?
Otwórz go na tej stronie, aby wyświetlić każdy znacznik każdego obrazu, albo użyj tiffinfo, exiftool lub tifffile w Pythonie. Znacznik ImageDescription zawiera większość metadanych mikroskopowych (pola OME-XML, ImageJ lub Aperio).
Jak znaleźć rozmiar piksela w pliku TIFF?
Szukaj PhysicalSizeX w OME-XML, MPP w opisie Aperio albo jednostki ImageJ razem z XResolution. Zwykła rozdzielczość 72 lub 300 dpi to ustawienie druku, a nie kalibracja mikroskopu.
Czy mogę wyeksportować znaczniki?
Tak: Pobierz wszystkie znaczniki jako JSON zapisuje znaczniki maksymalnie 200 obrazów z pliku, ze skróconymi długimi tablicami.
Czy mój plik jest wysyłany?
Nie. Przeglądarka odczytuje plik na Twoim komputerze; nic nie jest nigdzie wysyłane.
Czy to narzędzie jest bezpłatne?
Tak, jest bezpłatne i nie wymaga konta. SlideScope, desktopowa aplikacja mikroskopowa tego samego zespołu, to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia) i subskrypcją na własne obrazy.
Potrzebujesz więcej, niż potrafi przeglądarka internetowa?
SlideScope otwiera 34 formaty mikroskopów i skanerów preparatów na Windows i Macu, w tym CZI, ND2, LIF, MRXS i SVS z JPEG 2000, z pomiarami, adnotacjami, liczeniem komórek i eksportem do OME-TIFF w pełnej rozdzielczości. Wypróbuj wszystkie narzędzia bezpłatnie na wbudowanych przykładach; do otwierania własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja. Już zdecydowane? Subskrybuj teraz.