Onde um TIFF guarda o tamanho de pixel
O visualizador informa qual dessas opções encontrou. Se nenhuma estiver presente, defina a escala você mesmo (a calculadora de tamanho de pixel explica como) antes de medir.
Campos que podem identificar um paciente ou um laboratório
Arquivos de lâmina inteira costumam levar mais do que pixels: uma foto da etiqueta da lâmina (código de barras, número do caso, às vezes um nome), uma imagem macro da lâmina inteira, a data e a hora da digitalização, o número de série do scanner, o nome do usuário e o nome original do arquivo. A ferramenta lista os que encontra nas tags principais. Antes de compartilhar uma lâmina fora da sua instituição, remova-os: veja como remover etiquetas e dados de pacientes de imagens de lâminas.
As mesmas informações pela linha de comando
tiffinfo file.tif (libtiff) imprime todos os diretórios; exiftool -a -G1 file.tif acrescenta as tags do fabricante; em Python, tifffile.TiffFile(path) expõe .pages[i].tags, .ome_metadata e .imagej_metadata. Para SVS, openslide.OpenSlide(path).properties fornece os campos já interpretados (veja como ler arquivos SVS em Python).
Como ele abre um arquivo sem enviá-lo
Quando você escolhe um arquivo, o navegador entrega a esta página um identificador para ele no seu disco. A página lê só os bytes de que precisa: primeiro o diretório do TIFF, depois os blocos da parte da imagem que está na tela, e os decodifica na própria página com um leitor de TIFF de código aberto (geotiff). Nada é enviado a um servidor, então dados não publicados e lâminas com etiquetas de pacientes ficam no seu computador, e lâminas de vários gigabytes abrem em segundos porque nunca são copiadas para lugar nenhum. Feche a aba e o arquivo sai da página.
A página carrega seus próprios scripts de slidescope.science e o contador de visualizações de página do site, que respeita a privacidade; nenhum deles vê sua imagem. Licenças de código aberto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Perguntas
Como vejo os metadados de um arquivo TIFF?
Abra-o nesta página para listar todas as tags de todas as imagens, ou use tiffinfo, exiftool ou tifffile em Python. A tag ImageDescription guarda a maior parte dos metadados de microscopia (campos OME-XML, ImageJ ou Aperio).
Como encontro o tamanho de pixel de um TIFF?
Procure PhysicalSizeX no OME-XML, MPP em uma descrição Aperio ou a unidade do ImageJ com XResolution. Uma resolução simples de 72 ou 300 dpi é uma configuração de impressão, não uma calibração de microscópio.
Posso exportar as tags?
Sim: Baixar todas as tags em JSON salva as tags de até 200 imagens do arquivo, com as matrizes longas encurtadas.
Meu arquivo é enviado?
Não. O navegador lê o arquivo no seu computador; nada é enviado para lugar nenhum.
Esta ferramenta é gratuita?
Sim, é gratuito e não exige conta. O SlideScope, o aplicativo de microscopia para desktop feito pela mesma equipe, é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma assinatura para suas próprias imagens.
Precisa de mais do que um navegador consegue fazer?
O SlideScope abre 34 formatos de microscópios e scanners de lâminas no Windows e no Mac, entre eles CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS em JPEG 2000, com medições, anotações, contagem de células e exportação para OME-TIFF em resolução total. Experimente todas as ferramentas de graça com as amostras incluídas; para abrir suas próprias imagens, é preciso uma assinatura. Já decidiu? Assine agora.