Onde um TIFF guarda o tamanho de píxel
O visualizador indica qual destas encontrou. Se não existir nenhuma, defina a escala manualmente (a calculadora de tamanho de píxel explica como) antes de medir.
Campos que podem identificar um doente ou um laboratório
Os ficheiros de lâmina inteira trazem muitas vezes mais do que píxeis: uma fotografia da etiqueta de vidro (código de barras, número do caso, por vezes um nome), uma imagem macro da lâmina inteira, a data e a hora da digitalização, o número de série do digitalizador, o nome de utilizador e o nome original do ficheiro. A ferramenta lista os que encontra nas tags principais. Antes de partilhar uma lâmina fora da sua instituição, remova-os: veja como remover etiquetas e dados de doentes de imagens de lâminas.
A mesma informação na linha de comandos
tiffinfo file.tif (libtiff) imprime todos os diretórios; exiftool -a -G1 file.tif acrescenta as tags do fabricante; em Python, tifffile.TiffFile(path) expõe .pages[i].tags, .ome_metadata e .imagej_metadata. Para SVS, openslide.OpenSlide(path).properties devolve os campos já interpretados (veja ler ficheiros SVS em Python).
Como abre um ficheiro sem o carregar
Quando escolhe um ficheiro, o navegador entrega a esta página um identificador desse ficheiro no seu disco. A página lê apenas os bytes de que precisa: primeiro o diretório TIFF, depois os mosaicos da parte da imagem que está no ecrã, e descodifica-os na página com um leitor de TIFF de código aberto (geotiff). Nada é enviado para um servidor, por isso os dados não publicados e as lâminas com etiquetas de doentes ficam no seu computador, e lâminas de vários gigabytes abrem em segundos porque nunca são copiadas para lado nenhum. Feche o separador e o ficheiro desaparece da página.
A página carrega os seus próprios scripts a partir de slidescope.science e o contador de visualizações de página do site, que respeita a privacidade; nenhum deles vê alguma vez a sua imagem. Licenças de código aberto: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Perguntas
Como vejo os metadados de um ficheiro TIFF?
Abra-o nesta página para listar todas as tags de todas as imagens, ou use tiffinfo, exiftool ou tifffile em Python. A tag ImageDescription contém a maior parte dos metadados de microscopia (campos OME-XML, ImageJ ou Aperio).
Como encontro o tamanho de píxel de um TIFF?
Procure PhysicalSizeX no OME-XML, MPP numa descrição Aperio, ou a unidade ImageJ com XResolution. Uma resolução simples de 72 ou 300 dpi é uma definição de impressão, não uma calibração do microscópio.
Posso exportar as tags?
Sim: «Transferir todas as tags em JSON» guarda as tags de até 200 imagens do ficheiro, com as matrizes longas encurtadas.
O meu ficheiro é carregado?
Não. O navegador lê o ficheiro no seu computador; nada é enviado para lado nenhum.
Esta ferramenta é gratuita?
Sim, é gratuita e não precisa de conta. O SlideScope, a aplicação de microscopia para computador da mesma equipa, é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas) e uma subscrição para as suas próprias imagens.
Precisa de mais do que um navegador consegue fazer?
O SlideScope abre 34 formatos de microscópios e digitalizadores de lâminas no Windows e no Mac, entre eles CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS JPEG 2000, com medições, anotações, contagem de células e exportação OME-TIFF em resolução total. Experimente gratuitamente todas as ferramentas nas amostras incluídas; para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição. Já decidiu? Subscreva agora.