Где TIFF хранит размер пикселя
Просмотрщик сообщает, что из этого он нашёл. Если ничего нет, задайте масштаб сами (как это сделать, объясняет калькулятор размера пикселя), прежде чем измерять.
Поля, по которым можно установить пациента или лабораторию
Файлы полнослайдовых изображений часто содержат не только пиксели: фотографию этикетки на стекле (штрихкод, номер случая, иногда имя), макроснимок всего слайда, дату и время сканирования, серийный номер сканера, имя пользователя и исходное имя файла. Инструмент перечисляет те из них, которые находит в основных тегах. Прежде чем передавать слайд за пределы своего учреждения, удалите их: см. как удалить этикетки и данные пациентов из изображений слайдов.
Те же сведения из командной строки
tiffinfo file.tif (libtiff) выводит все каталоги; exiftool -a -G1 file.tif добавляет теги производителя; в Python tifffile.TiffFile(path) даёт доступ к .pages[i].tags, .ome_metadata и .imagej_metadata. Для SVS openslide.OpenSlide(path).properties возвращает разобранные поля (см. чтение файлов SVS в Python).
Как он открывает файл, не загружая его на сервер
Когда вы выбираете файл, браузер передаёт этой странице доступ к нему на вашем диске. Страница читает только нужные ей байты: сначала каталог TIFF, затем тайлы для видимой на экране части изображения, и декодирует их прямо на странице с помощью TIFF-ридера с открытым исходным кодом (geotiff). Ничего не отправляется на сервер, поэтому неопубликованные данные и слайды с этикетками пациентов остаются на вашем компьютере, а слайды размером в несколько гигабайт открываются за секунды, потому что никуда не копируются. Закройте вкладку — и файла на странице больше нет.
Страница загружает собственные скрипты со slidescope.science и счётчик просмотров страниц сайта, уважающий конфиденциальность; ни один из них никогда не видит ваше изображение. Лицензии открытого ПО: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Вопросы
Как посмотреть метаданные файла TIFF?
Откройте его на этой странице, чтобы увидеть все теги каждого изображения, или воспользуйтесь tiffinfo, exiftool или tifffile в Python. Большая часть метаданных микроскопии хранится в теге ImageDescription (OME-XML, поля ImageJ или Aperio).
Как узнать размер пикселя TIFF?
Ищите PhysicalSizeX в OME-XML, MPP в описании Aperio или единицу ImageJ вместе с XResolution. Обычное разрешение 72 или 300 dpi — это настройка печати, а не калибровка микроскопа.
Можно ли экспортировать теги?
Да: кнопка «Скачать все теги в JSON» сохраняет теги до 200 изображений файла, длинные массивы при этом сокращаются.
Загружается ли мой файл на сервер?
Нет. Браузер читает файл на вашем компьютере; никуда ничего не отправляется.
Этот инструмент бесплатный?
Да, он бесплатный и не требует учётной записи. SlideScope — настольное приложение для микроскопии от той же команды — платное, с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты) и подпиской для ваших собственных изображений.
Нужно больше, чем умеет браузер?
SlideScope открывает 34 формата микроскопов и сканеров слайдов в Windows и на Mac, в том числе CZI, ND2, LIF, MRXS и SVS с JPEG 2000, с измерениями, аннотациями, подсчётом клеток и экспортом в OME-TIFF в полном разрешении. Попробуйте все инструменты бесплатно на встроенных образцах; чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка. Уже решили? Оформите подписку.