Dove un TIFF memorizza la dimensione del pixel
Il visualizzatore indica quali di questi ha trovato. Se non ce n’è nessuno, imposta tu la scala (il calcolatore della dimensione del pixel spiega come) prima di misurare.
Campi che possono identificare un paziente o un laboratorio
I file whole slide spesso contengono più dei pixel: una foto dell’etichetta del vetrino (codice a barre, numero del caso, a volte un nome), un’immagine macro dell’intero vetrino, data e ora di scansione, il numero di serie dello scanner, il nome utente e il nome file originale. Lo strumento elenca quelli che trova nei tag principali. Prima di condividere un vetrino al di fuori del tuo istituto, rimuovili: vedi come rimuovere etichette e dati del paziente dalle immagini dei vetrini.
Le stesse informazioni dalla riga di comando
tiffinfo file.tif (libtiff) stampa ogni directory; exiftool -a -G1 file.tif aggiunge i tag del produttore; in Python, tifffile.TiffFile(path) espone .pages[i].tags, .ome_metadata e .imagej_metadata. Per gli SVS, openslide.OpenSlide(path).properties restituisce i campi già interpretati (vedi leggere file SVS in Python).
Come apre un file senza caricarlo
Quando scegli un file, il browser passa a questa pagina un riferimento al file sul tuo disco. La pagina legge solo i byte che le servono: prima la directory TIFF, poi le tessere della parte di immagine sullo schermo, e le decodifica nella pagina con un lettore TIFF open source (geotiff). Nulla viene inviato a un server, quindi i dati non pubblicati e i vetrini con etichette dei pazienti restano sul tuo computer, e i vetrini da diversi gigabyte si aprono in pochi secondi perché non vengono mai copiati da nessuna parte. Chiudi la scheda e il file sparisce dalla pagina.
La pagina carica i propri script da slidescope.science e il contatore di visite del sito, rispettoso della privacy; nessuno dei due vede mai la tua immagine. Licenze open source: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Domande
Come vedo i metadati di un file TIFF?
Aprilo in questa pagina per elencare tutti i tag di ogni immagine, oppure usa tiffinfo, exiftool o tifffile in Python. Il tag ImageDescription contiene la maggior parte dei metadati di microscopia (campi OME-XML, ImageJ o Aperio).
Come trovo la dimensione del pixel di un TIFF?
Cerca PhysicalSizeX nell’OME-XML, MPP in una descrizione Aperio, oppure l’unità ImageJ insieme a XResolution. Una risoluzione semplice di 72 o 300 dpi è un’impostazione di stampa, non una calibrazione del microscopio.
Posso esportare i tag?
Sì: Scarica tutti i tag in JSON salva i tag di un massimo di 200 immagini del file, con gli array lunghi abbreviati.
Il mio file viene caricato?
No. Il browser legge il file sul tuo computer; nulla viene inviato altrove.
Questo strumento è gratuito?
Sì, è gratuito e non richiede un account. SlideScope, l’app desktop per microscopia creata dallo stesso team, è un’app a pagamento con una libreria di campioni gratuita (tutti gli strumenti) e un abbonamento per le tue immagini.
Ti serve più di quanto possa fare un browser?
SlideScope apre 34 formati di microscopi e scanner per vetrini su Windows e Mac, tra cui CZI, ND2, LIF, MRXS e SVS JPEG 2000, con misure, annotazioni, conteggio delle cellule ed esportazione OME-TIFF a piena risoluzione. Prova gratis tutti gli strumenti sui campioni inclusi; per aprire le tue immagini serve un abbonamento. Hai già deciso? Abbonati ora.