Conversione CZI

Convertire CZI in TIFF o OME-TIFF su Windows e Mac

Converti i file CZI in OME-TIFF, il TIFF aperto che conserva i nomi dei canali e la dimensione del pixel, con il software del produttore, con Fiji o bfconvert gratuiti, con poche righe di Python oppure in SlideScope senza codice. Preferisci OME-TIFF a un TIFF semplice: un TIFF semplice di solito perde la calibrazione e i metadati dei canali. E tieni i dati non pubblicati lontani dai convertitori online, che caricano il tuo file.

Scarica SlideScopeTutte le opzioni di conversione
OME-TIFF senza perditaCanali e calibrazione conservatiNessun caricamento

Modi per convertire CZI in TIFF

StrumentoCostoPiattaformeNote
ZEISS ZENA pagamento; ZEN lite è gratuitoSolo WindowsImage Export (TIFF) e OME TIFF Export; le tessere non sono disponibili per OME TIFF Export
Fiji / ImageJ con Bio-FormatsGratuito, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter in OME-TIFF; non legge i CZI JPEG-XR su Apple silicon
bfconvert (strumenti Bio-Formats)Gratuito, open sourceWindows, macOS, LinuxRiga di comando; batch, BigTIFF, piramidi, compressione
Python (bioio, pylibCZIrw)Gratuito, open sourceWindows, macOS, LinuxConversione tramite script; richiede Python
SlideScopeA pagamento; per esportare i tuoi file serve un abbonamentoWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF senza perdita con canali e calibrazione, ogni scena di un CZI multi-scena, senza codice, senza caricamento

I convertitori online sono l’unica opzione da evitare per i dati di ricerca: caricano il file sul server di qualcun altro, e diversi non sanno nemmeno leggere i CZI (convert.guru, ad esempio, dice che serve ZEN).

Convertire CZI in TIFF con ZEISS ZEN (Windows)

  1. Apri il CZI in ZEN e vai alla scheda Processing.
  2. In Method, scegli Export/Import › OME TIFF Export (oppure Image Export per TIFF semplice, BMP o JPEG).
  3. Imposta la cartella di destinazione e le opzioni e fai clic su Apply. Per molti file, usa Processing › Batch con il metodo Image Export.

ZEISS precisa che le tessere non sono disponibili per OME TIFF Export. ZEN lite è l’edizione gratuita di ZEISS; ZEISS non ne elenca le funzioni di esportazione, anche se una guida di installazione della University of Arizona descrive come usarlo per esportare. ZEN funziona solo su Windows.

Convertire CZI in OME-TIFF con Fiji o bfconvert (gratis)

  1. In Fiji, apri il file CZI (passa attraverso l’importatore Bio-Formats).
  2. Scegli Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter e salva come .ome.tif. Per file oltre i 4 GB usa un’estensione BigTIFF come .ome.btf; un semplice .tif è limitato a 4 GB.

Senza aprire Fiji, gli strumenti a riga di comando di Bio-Formats convertono da un terminale (scarica bftools.zip dal sito di Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

Il formato di output segue l’estensione; l’output non è compresso a meno che non passi -compression; -series 0 converte una sola serie. La forma piramidale richiede -noflat, supportato solo da OME-TIFF.

Convertire CZI in Python

bioio legge i CZI (con il plugin bioio-czi) e scrive OME-TIFF (con bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

La libreria pylibCZIrw di ZEISS legge piani e regioni dei CZI (pyczi.open_czi(path), poi read(plane=...)) ma non scrive TIFF: abbinala a tifffile se ti serve il pieno controllo su ciò che viene scritto.

Convertire CZI in OME-TIFF in SlideScope (senza codice)

  1. Apri il file CZI in SlideScope su Windows o Mac.
  2. Scegli File › Export Current Image as TIFF… e seleziona una destinazione. SlideScope scrive un OME-TIFF senza perdita (.ome.tif) con i nomi dei canali, i colori e la dimensione del pixel, e non modifica mai il file originale. Un CZI multi-scena visualizzato una scena alla volta esporta la scena sullo schermo, alla risoluzione propria di quella scena.
  3. Per molti file, scegli File › Open Folder, seleziona i file ed esegui “Export the selected files…” per ottenere un OME-TIFF per file, con ogni scena o posizione conservata come immagine a sé al suo interno; “Extract scenes from the selected files…” invece scrive ogni scena o posizione come file separato. Per le scansioni di vetrini di grandi dimensioni scegli “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Apri il risultato in Fiji, QuPath o in qualsiasi lettore OME-TIFF: Fiji passa i file .ome.tif a Bio-Formats, che legge la calibrazione e i canali.

Per esportare i tuoi file serve un abbonamento; i campioni integrati si esportano gratis. La conversione avviene sul tuo computer; non viene caricato nulla.

Domande sulla conversione dei CZI

Posso convertire CZI in TIFF gratis?

Sì. Fiji (gratuito) apre i CZI tramite Bio-Formats e salva in OME-TIFF con Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, e il comando gratuito bfconvert fa lo stesso da un terminale. Su un PC Windows, anche ZEISS ZEN esporta i CZI in TIFF e OME-TIFF.

Conviene esportare in TIFF o in OME-TIFF?

OME-TIFF. Resta un TIFF che la maggior parte dei programmi apre, ma conserva nei metadati i nomi dei canali, la dimensione del pixel e la struttura Z e temporale. Un TIFF semplice di solito conserva solo i pixel, quindi le misure in altri software risultano in pixel anziché in µm.

Perché il TIFF esportato appare nero o molto scuro?

La maggior parte delle immagini da microscopio è a 12 o 16 bit, e un visualizzatore che mostra l’intero intervallo 0-65.535 le fa apparire scure. I dati sono a posto: regola luminosità e contrasto (Image › Adjust › Brightness/Contrast in Fiji) invece di convertire a 8 bit, che butta via informazioni.

Perché il mio CZI non si apre in Fiji su un Mac?

Molti file CZI sono compressi in JPEG-XR, e secondo la documentazione di QuPath Bio-Formats non riesce a decodificare JPEG-XR sui Mac con Apple silicon. Converti su un computer Windows o Intel, oppure usa SlideScope, che legge i CZI con il proprio decodificatore JPEG XR integrato sia su Windows sia su Mac.

Come converto un’intera cartella di file CZI?

In ZEN, usa Processing › Batch con il metodo Image Export. Con bfconvert, scorri i file in uno script di shell. In SlideScope, apri la cartella, seleziona i file ed esegui “Export the selected files…” per un OME-TIFF per file, oppure “Extract scenes from the selected files…” per un file per scena.

SlideScope è gratuito?

SlideScope è un’app a pagamento con una libreria di campioni gratuita (tutti gli strumenti); per le tue immagini serve un abbonamento da $35/mese.

Esplora gratis la libreria di campioni inclusa, con tutti gli strumenti. Per aprire le tue immagini serve un abbonamento: $35/mese, addebitato al momento dell’abbonamento (PayPal o carta), e puoi annullarlo quando vuoi dal tuo account. È disponibile la fatturazione annuale a $349.99/anno, che equivale a circa due mesi gratis.

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