CZI 转换

在 Windows 和 Mac 上将 CZI 转换为 TIFF 或 OME-TIFF

可以用厂商软件、免费的 Fiji 或 bfconvert、几行 Python 代码，或无需代码的 SlideScope，将 CZI 文件转换为 OME-TIFF——一种保留通道名称和像素尺寸的开放 TIFF 格式。相比普通 TIFF，更推荐 OME-TIFF：普通 TIFF 通常会丢失校准和通道元数据。未发表的数据也不要使用在线转换器，因为它们会上传您的文件。

下载 SlideScope所有转换方式
无损 OME-TIFF保留通道和校准无需上传

将 CZI 转换为 TIFF 的方法

工具费用平台备注
ZEISS ZEN付费；ZEN lite 免费仅 WindowsImage Export（TIFF）和 OME TIFF Export；OME TIFF Export 不支持图块（tiles）
Fiji / ImageJ（配合 Bio-Formats）免费，开源Windows, macOS, Linux通过 Bio-Formats Exporter 导出为 OME-TIFF；在 Apple 芯片上无法读取 JPEG-XR 压缩的 CZI
bfconvert（Bio-Formats 工具）免费，开源Windows, macOS, Linux命令行；支持批处理、BigTIFF、金字塔、压缩
Python（bioio、pylibCZIrw）免费，开源Windows, macOS, Linux脚本化转换；需要 Python
SlideScope付费；导出您自己的文件需要订阅Windows 10/11, macOS 14+无损 OME-TIFF，保留通道和校准，可导出多场景 CZI 的每个场景，无需代码，无需上传

对于科研数据，唯一应避免的方式就是在线转换器：它们会把文件上传到别人的服务器，而且其中好几款根本无法读取 CZI（例如 convert.guru 就表示需要使用 ZEN）。

在 ZEISS ZEN 中将 CZI 转换为 TIFF（Windows）

  1. 在 ZEN 中打开 CZI，进入 Processing 选项卡。
  2. 在 Method 下选择 Export/Import › OME TIFF Export（如需普通 TIFF、BMP 或 JPEG，则选择 Image Export）。
  3. 设置输出文件夹和选项，然后点击 Apply。如需处理大量文件，请使用 Processing › Batch 并选择 Image Export 方法。

ZEISS 指出，OME TIFF Export 不支持图块（tiles）。ZEN lite 是 ZEISS 的免费版本；ZEISS 没有列出它的导出功能，不过亚利桑那大学的一份安装指南介绍了用它进行导出。ZEN 仅能在 Windows 上运行。

在 Fiji 中或使用 bfconvert 将 CZI 转换为 OME-TIFF（免费）

  1. 在 Fiji 中打开 CZI 文件（会经由 Bio-Formats 导入器）。
  2. 选择 Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter，保存为 .ome.tif。超过 4 GB 的文件请使用 BigTIFF 扩展名，例如 .ome.btf；普通 .tif 的上限为 4 GB。

无需打开 Fiji，也可以在终端中用 Bio-Formats 命令行工具进行转换（从 Bio-Formats 网站下载 bftools.zip）：

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

输出格式由扩展名决定；除非传入 -compression，否则输出不压缩；-series 0 只转换一个序列。金字塔形式需要 -noflat，且只有 OME-TIFF 支持。

用 Python 转换 CZI

bioio 可读取 CZI（配合 bioio-czi 插件）并写出 OME-TIFF（配合 bioio-ome-tiff）：

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

ZEISS 自己的 pylibCZIrw 可以读取 CZI 的平面和区域（先 pyczi.open_czi(path)，再 read(plane=...)），但不能写出 TIFF：如果需要完全控制写入的内容，请将它与 tifffile 搭配使用。

在 SlideScope 中将 CZI 转换为 OME-TIFF（无需代码）

  1. 在 Windows 或 Mac 上用 SlideScope 打开 CZI 文件。
  2. 选择 File › Export Current Image as TIFF…，并选择保存位置。SlideScope 会写出无损 OME-TIFF（.ome.tif），保留通道名称、颜色和像素尺寸，并且绝不修改原始文件。对于逐个场景查看的多场景 CZI，会以该场景自身的分辨率导出屏幕上显示的场景。
  3. 如需处理大量文件，选择 File › Open Folder，选中文件后运行“Export the selected files…”，每个文件生成一个 OME-TIFF，其中每个场景或位置都保留为单独的图像；“Extract scenes from the selected files…”则会把每个场景或位置分别写成单独的文件。对于大型切片扫描，请选择“Full resolution: every scanned pixel”。
  4. 在 Fiji、QuPath 或任何 OME-TIFF 读取器中打开结果：Fiji 会把 .ome.tif 文件交给 Bio-Formats，由它读取校准和通道信息。

导出您自己的文件需要订阅；内置示例可免费导出。转换在您自己的电脑上运行；不会上传任何内容。

CZI 转换常见问题

可以免费将 CZI 转换为 TIFF 吗？

可以。免费的 Fiji 通过 Bio-Formats 打开 CZI，并可用 Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter 保存为 OME-TIFF；免费的 bfconvert 命令也能在终端中完成同样的操作。在 Windows 电脑上，ZEISS ZEN 也可以将 CZI 导出为 TIFF 和 OME-TIFF。

应该导出 TIFF 还是 OME-TIFF？

OME-TIFF。它仍然是大多数程序都能打开的 TIFF，但会在元数据中保留通道名称、像素尺寸以及 Z 和时间结构。普通 TIFF 通常只保留像素，因此在其他软件中测量时结果以像素而不是 µm 为单位。

为什么导出的 TIFF 看起来是黑的或很暗？

大多数显微镜图像是 12 位或 16 位，如果查看器按完整的 0-65,535 范围显示，图像就会显得很暗。数据本身没有问题：请调整亮度和对比度（在 Fiji 中使用 Image › Adjust › Brightness/Contrast），而不是转换为 8 位，因为那样会丢失信息。

为什么我的 CZI 在 Mac 上的 Fiji 中打不开？

许多 CZI 文件采用 JPEG-XR 压缩，而根据 QuPath 的文档，Bio-Formats 在 Apple 芯片 Mac 上无法解码 JPEG-XR。请在 Windows 或 Intel 电脑上转换，或使用 SlideScope：它在 Windows 和 Mac 上都使用自带的 JPEG XR 解码器读取 CZI。

如何转换整个文件夹的 CZI 文件？

在 ZEN 中，使用 Processing › Batch 并选择 Image Export 方法。使用 bfconvert 时，可在 shell 脚本中循环处理文件。在 SlideScope 中，打开文件夹，选中文件并运行“Export the selected files…”，每个文件生成一个 OME-TIFF；或运行“Extract scenes from the selected files…”，每个场景生成一个文件。

SlideScope 免费吗？

SlideScope 是一款付费应用，附带免费示例库（包含所有工具）；打开您自己的图像需要订阅，$35/月起。

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