Conversión de CZI

Convertir CZI a TIFF u OME-TIFF en Windows y Mac

Convierte archivos CZI a OME-TIFF, el TIFF abierto que conserva los nombres de canal y el tamaño de píxel, con el software del fabricante, con Fiji o bfconvert (gratuitos), con unas pocas líneas de Python o en SlideScope sin código. Prefiere OME-TIFF a un TIFF simple: un TIFF simple suele perder la calibración y los metadatos de los canales. Y no lleves datos no publicados a conversores online, que suben tu archivo.

Descargar SlideScopeTodas las opciones de conversión
OME-TIFF sin pérdidasSe conservan canales y calibraciónSin subir nada

Formas de convertir CZI a TIFF

HerramientaCostePlataformasNotas
ZEISS ZENDe pago; ZEN lite es gratuitoSolo WindowsImage Export (TIFF) y OME TIFF Export; las teselas no están disponibles en OME TIFF Export
Fiji / ImageJ con Bio-FormatsGratuito, código abiertoWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter a OME-TIFF; no puede leer CZI con JPEG-XR en Apple silicon
bfconvert (herramientas de Bio-Formats)Gratuito, código abiertoWindows, macOS, LinuxLínea de comandos; lotes, BigTIFF, pirámides, compresión
Python (bioio, pylibCZIrw)Gratuito, código abiertoWindows, macOS, LinuxConversión mediante scripts; requiere Python
SlideScopeDe pago; exportar tus propios archivos requiere una suscripciónWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF sin pérdidas con canales y calibración, todas las escenas de un CZI multiescena, sin código y sin subir nada

Los conversores online son la única opción que conviene evitar con datos de investigación: suben el archivo al servidor de otra persona, y varios ni siquiera pueden leer CZI (convert.guru, por ejemplo, indica que necesitas ZEN).

Convertir CZI a TIFF en ZEISS ZEN (Windows)

  1. Abre el CZI en ZEN y ve a la pestaña Processing.
  2. En Method, elige Export/Import › OME TIFF Export (o Image Export para TIFF simple, BMP o JPEG).
  3. Define la carpeta de salida y las opciones y haz clic en Apply. Para muchos archivos, usa Processing › Batch con el método Image Export.

ZEISS indica que las teselas no están disponibles en OME TIFF Export. ZEN lite es la edición gratuita de ZEISS; ZEISS no enumera sus funciones de exportación, aunque una guía de instalación de la Universidad de Arizona describe cómo usarlo para exportar. ZEN solo funciona en Windows.

Convertir CZI a OME-TIFF en Fiji o con bfconvert (gratis)

  1. En Fiji, abre el archivo CZI (pasa por el importador de Bio-Formats).
  2. Elige Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter y guarda como .ome.tif. Para archivos de más de 4 GB usa una extensión BigTIFF como .ome.btf; un .tif normal está limitado a 4 GB.

Sin abrir Fiji, las herramientas de línea de comandos de Bio-Formats convierten desde un terminal (descarga bftools.zip del sitio de Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

El formato de salida depende de la extensión; la salida va sin comprimir salvo que indiques -compression; -series 0 convierte solo una serie. La forma piramidal requiere -noflat, que solo admite OME-TIFF.

Convertir CZI en Python

bioio lee CZI (con el plugin bioio-czi) y escribe OME-TIFF (con bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

pylibCZIrw, de la propia ZEISS, lee planos y regiones de CZI (pyczi.open_czi(path) y después read(plane=...)), pero no escribe TIFF: combínalo con tifffile si necesitas un control total sobre lo que se escribe.

Convertir CZI a OME-TIFF en SlideScope (sin código)

  1. Abre el archivo CZI en SlideScope en Windows o Mac.
  2. Elige File › Export Current Image as TIFF… y selecciona un destino. SlideScope escribe un OME-TIFF sin pérdidas (.ome.tif) con los nombres de canal, los colores y el tamaño de píxel, y nunca modifica el archivo original. Un CZI multiescena que se visualiza escena por escena exporta la escena que está en pantalla, a la resolución propia de esa escena.
  3. Para muchos archivos, elige File › Open Folder, selecciona los archivos y ejecuta “Export the selected files…” para obtener un OME-TIFF por archivo, con cada escena o posición conservada como imagen propia dentro de él; “Extract scenes from the selected files…” escribe en cambio cada escena o posición como un archivo independiente. Para escaneos de portaobjetos grandes, elige “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Abre el resultado en Fiji, QuPath o cualquier lector de OME-TIFF: Fiji pasa los archivos .ome.tif a Bio-Formats, que lee la calibración y los canales.

Exportar tus propios archivos requiere una suscripción; las muestras integradas se exportan gratis. La conversión se ejecuta en tu propio ordenador; no se sube nada.

Preguntas sobre la conversión de CZI

¿Puedo convertir CZI a TIFF gratis?

Sí. Fiji (gratuito) abre CZI mediante Bio-Formats y guarda OME-TIFF con Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, y la herramienta gratuita bfconvert hace lo mismo desde un terminal. En un PC con Windows, ZEISS ZEN también exporta CZI a TIFF y OME-TIFF.

¿Debo exportar a TIFF o a OME-TIFF?

A OME-TIFF. Sigue siendo un TIFF que la mayoría de los programas abren, pero conserva en sus metadatos los nombres de canal, el tamaño de píxel y la estructura de Z y tiempo. Un TIFF simple suele conservar solo los píxeles, así que las mediciones en otros programas salen en píxeles en lugar de en µm.

¿Por qué mi TIFF exportado se ve negro o muy oscuro?

La mayoría de las imágenes de microscopio son de 12 o 16 bits, y un visor que muestra todo el rango 0-65 535 hace que parezcan oscuras. Los datos están bien: ajusta el brillo y el contraste (Image › Adjust › Brightness/Contrast en Fiji) en lugar de convertir a 8 bits, lo que descarta información.

¿Por qué mi CZI no se abre en Fiji en un Mac?

Muchos archivos CZI están comprimidos con JPEG-XR, y Bio-Formats no puede decodificar JPEG-XR en Mac con Apple silicon, según la documentación de QuPath. Convierte en un ordenador con Windows o Intel, o usa SlideScope, que lee CZI con su propio decodificador JPEG XR integrado tanto en Windows como en Mac.

¿Cómo convierto una carpeta entera de archivos CZI?

En ZEN, usa Processing › Batch con el método Image Export. Con bfconvert, recorre los archivos en un bucle dentro de un script de shell. En SlideScope, abre la carpeta, selecciona los archivos y ejecuta “Export the selected files…” para obtener un OME-TIFF por archivo, o “Extract scenes from the selected files…” para obtener un archivo por escena.

¿SlideScope es gratuito?

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