Conversión de CZI

Convertir CZI a TIFF u OME-TIFF en Windows y Mac

Convierte archivos CZI a OME-TIFF, el TIFF abierto que conserva los nombres de los canales y el tamaño de píxel, con el software del fabricante, con Fiji o bfconvert (gratuitos), con unas pocas líneas de Python o en SlideScope sin código. Prefiere OME-TIFF a un TIFF simple: un TIFF simple suele perder la calibración y los metadatos de los canales. Y no pongas datos no publicados en convertidores en línea, que suben tu archivo.

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OME-TIFF sin pérdidaSe conservan canales y calibraciónSin subir archivos

Formas de convertir CZI a TIFF

HerramientaCostoPlataformasNotas
ZEISS ZENDe pago; ZEN lite es gratuitoSolo WindowsImage Export (TIFF) y OME TIFF Export; los mosaicos no están disponibles en OME TIFF Export
Fiji / ImageJ con Bio-FormatsGratuito, de código abiertoWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter a OME-TIFF; no puede leer CZI con JPEG-XR en Apple silicon
bfconvert (herramientas de Bio-Formats)Gratuito, de código abiertoWindows, macOS, LinuxLínea de comandos; por lotes, BigTIFF, pirámides, compresión
Python (bioio, pylibCZIrw)Gratuito, de código abiertoWindows, macOS, LinuxConversión mediante scripts; requiere Python
SlideScopeDe pago; exportar tus propios archivos requiere una suscripciónWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF sin pérdida con canales y calibración, cada escena de un CZI con varias escenas, sin código y sin subir archivos

Los convertidores en línea son la única opción que conviene evitar para datos de investigación: suben el archivo al servidor de otra persona, y varios ni siquiera pueden leer CZI (convert.guru, por ejemplo, dice que necesitas ZEN).

Convertir CZI a TIFF en ZEISS ZEN (Windows)

  1. Abre el CZI en ZEN y ve a la pestaña Processing.
  2. En Method, elige Export/Import › OME TIFF Export (o Image Export para TIFF simple, BMP o JPEG).
  3. Configura la carpeta de salida y las opciones, y haz clic en Apply. Para muchos archivos, usa Processing › Batch con el método Image Export.

ZEISS indica que los mosaicos no están disponibles en OME TIFF Export. ZEN lite es la edición gratuita de ZEISS; ZEISS no detalla sus funciones de exportación, aunque una guía de instalación de la Universidad de Arizona describe cómo usarlo para exportar. ZEN funciona solo en Windows.

Convertir CZI a OME-TIFF en Fiji o con bfconvert (gratis)

  1. En Fiji, abre el archivo CZI (pasa por el importador de Bio-Formats).
  2. Elige Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter y guarda como .ome.tif. Para archivos de más de 4 GB usa una extensión BigTIFF, como .ome.btf; un .tif simple está limitado a 4 GB.

Sin abrir Fiji, las herramientas de línea de comandos de Bio-Formats convierten desde una terminal (descarga bftools.zip del sitio de Bio-Formats):

bfconvert input.czi output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.czi output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.czi output.ome.tiff

El formato de salida depende de la extensión; la salida va sin compresión a menos que pases -compression; -series 0 convierte solo una serie. La forma piramidal necesita -noflat, que solo admite OME-TIFF.

Convertir CZI en Python

bioio lee CZI (con el plugin bioio-czi) y escribe OME-TIFF (con bioio-ome-tiff):

from bioio import BioImage

BioImage("input.czi").save("output.ome.tiff")

pylibCZIrw, de la propia ZEISS, lee planos y regiones de CZI (pyczi.open_czi(path) y luego read(plane=...)), pero no escribe TIFF: combínalo con tifffile si necesitas control total sobre lo que se escribe.

Convertir CZI a OME-TIFF en SlideScope (sin código)

  1. Abre el archivo CZI en SlideScope en Windows o Mac.
  2. Elige File › Export Current Image as TIFF… y selecciona un destino. SlideScope escribe un OME-TIFF sin pérdida (.ome.tif) con los nombres, colores y tamaño de píxel de los canales, y nunca modifica el archivo original. Un CZI con varias escenas que se ve escena por escena exporta la escena que está en pantalla, a la resolución propia de esa escena.
  3. Para muchos archivos, elige File › Open Folder, selecciona los archivos y ejecuta “Export the selected files…” para obtener un OME-TIFF por archivo, con cada escena o posición conservada como una imagen propia dentro de él; “Extract scenes from the selected files…”, en cambio, escribe cada escena o posición como un archivo separado. Para escaneos de láminas grandes, elige “Full resolution: every scanned pixel”.
  4. Abre el resultado en Fiji, QuPath o cualquier lector de OME-TIFF: Fiji pasa los archivos .ome.tif a Bio-Formats, que lee la calibración y los canales.

Exportar tus propios archivos requiere una suscripción; las muestras incluidas se exportan gratis. La conversión se realiza en tu propia computadora; no se sube nada.

Preguntas sobre la conversión de CZI

¿Puedo convertir CZI a TIFF gratis?

Sí. Fiji (gratuito) abre CZI mediante Bio-Formats y guarda OME-TIFF con Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter, y el comando gratuito bfconvert hace lo mismo desde una terminal. En una PC con Windows, ZEISS ZEN también exporta CZI a TIFF y OME-TIFF.

¿Debo exportar a TIFF o a OME-TIFF?

OME-TIFF. Sigue siendo un TIFF que la mayoría de los programas abren, pero conserva en sus metadatos los nombres de los canales, el tamaño de píxel y la estructura de Z y tiempo. Un TIFF simple suele conservar solo los píxeles, así que las mediciones en otros programas salen en píxeles en lugar de µm.

¿Por qué mi TIFF exportado se ve negro o muy oscuro?

La mayoría de las imágenes de microscopio son de 12 o 16 bits, y un visor que muestra el rango completo de 0-65,535 las hace ver oscuras. Los datos están bien: ajusta el brillo y el contraste (Image › Adjust › Brightness/Contrast en Fiji) en lugar de convertir a 8 bits, lo que descarta información.

¿Por qué mi CZI no se abre en Fiji en una Mac?

Muchos archivos CZI tienen compresión JPEG-XR, y Bio-Formats no puede decodificar JPEG-XR en Mac con Apple silicon, según la documentación de QuPath. Convierte en una computadora con Windows o Intel, o usa SlideScope, que lee CZI con su propio decodificador JPEG XR integrado tanto en Windows como en Mac.

¿Cómo convierto una carpeta completa de archivos CZI?

En ZEN, usa Processing › Batch con el método Image Export. Con bfconvert, recorre los archivos en un bucle con un script de shell. En SlideScope, abre la carpeta, selecciona los archivos y ejecuta “Export the selected files…” para obtener un OME-TIFF por archivo, o “Extract scenes from the selected files…” para obtener un archivo por escena.

¿SlideScope es gratuito?

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