Ma trận tương thích hiện tại
Ma trận này được rút ra từ cách định tuyến và hành vi của các bộ đọc trong ứng dụng SlideScope hiện tại. Hãy dùng nó làm tài liệu sàng lọc, rồi thử nghiệm các tệp đại diện từ chính kính hiển vi, máy quét, phiên bản phần mềm và thiết lập nén mà nhóm của bạn sử dụng.
| Nhóm định dạng | Phần mở rộng được chấp nhận | Cách bộ đọc xử lý | Điểm cần kiểm tra |
|---|---|---|---|
| ZEISS CZI | .czi |
Chuẩn hóa các chiều thời gian, Z, kênh, Y và X; đọc siêu dữ liệu thu nhận và hiệu chuẩn không gian khi có. Các scene có cùng kiểu pixel và các trục trở thành các scene riêng có thể chuyển qua lần lượt, mỗi scene ở kích thước riêng, và XY Overview hiển thị chúng cùng nhau. Xuất scene đang hiển thị, hoặc mọi scene, sang OME-TIFF. | Thử nghiệm scene, ảnh ghép (mosaic), các bố cục sub-block ít gặp và các lần thu nhận rất lớn. |
| Nikon ND2 | .nd2 |
Ánh xạ thời gian, Z, kênh và kích thước ảnh. Nhiều vị trí bàn mẫu được tách thành một trục vị trí riêng có điều khiển riêng, và XY Overview đặt chúng theo tọa độ bàn mẫu đã ghi. | Xác nhận cách diễn giải vị trí/thời gian, bố cục RGB, siêu dữ liệu và chính xác thế hệ NIS-Elements. |
| Aperio SVS | .svs |
Đọc các mức kim tự tháp toàn tiêu bản dựa trên TIFF và chọn một mức hiển thị vừa sức trong giới hạn bộ nhớ. | Kiểm tra codec JPEG/JPEG 2000, tính toàn vẹn của kim tự tháp, siêu dữ liệu máy quét và mức độ phân giải mong muốn. |
| TIFF và OME-TIFF | .tif, .tiff |
Dùng các trục được đặt tên nếu có, gồm thời gian, Z, kênh, Y và X. Nhận diện siêu dữ liệu OME-TIFF và ImageJ cùng tỷ lệ không gian khi có. Mọi trang của một tệp TIFF nhiều trang thông thường đều truy cập được. | TIFF là một định dạng chứa linh hoạt. Hãy xác minh kiểu nén, kích thước BigTIFF, kim tự tháp, các trục và việc bảo toàn siêu dữ liệu. |
| Tiêu bản từ máy quét của các hãng | .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs |
Đọc kim tự tháp ảnh riêng của máy quét qua backend OpenSlide và nạp mức tương ứng với vùng đang hiển thị trên màn hình. Thanh tỷ lệ, phép đo và chú thích dùng hiệu chuẩn micromet của máy quét ở mọi mức phóng to. Từ phiên bản 1.10.0, tiêu bản NDPI nén JPEG XR mở được, và cả tiêu bản Leica SCN và Ventana BIF mà OpenSlide không đọc được cũng mở được. Từ phiên bản 1.20.0, chú thích vẽ trong NDP.view (tệp .ndpa nằm cạnh tệp .ndpi) hiển thị phủ lên tiêu bản và có thể sao chép vào phép đo của bạn. |
MRXS, VMS và VMU lưu dữ liệu pixel trong một thư mục đi kèm cạnh tệp chỉ mục, nên chỉ mở được từ bộ nhớ cục bộ và bị từ chối với liên kết từ xa. Với tiêu bản BIF mà OpenSlide không đọc được, các đường nối giữa các ô ảnh chưa được ghép liền. Hãy kiểm tra tính toàn vẹn của kim tự tháp và siêu dữ liệu của hãng trên các tiêu bản đại diện. |
| Hamamatsu NDPIS (từ phiên bản 1.10.0) | .ndpis |
Mở các bộ ảnh huỳnh quang Hamamatsu với tên kênh và màu kênh thực, với phép đo bằng µm theo hiệu chuẩn của máy quét. | Đối chiếu tên kênh, màu và hiệu chuẩn với phần mềm của máy quét trên một bộ ảnh đại diện. |
| Olympus/Evident VSI (từ phiên bản 1.10.0) | .vsi |
Mở ảnh toàn tiêu bản và ảnh huỳnh quang của cellSens, kể cả tiêu bản có nhiều vùng quét. Mỗi vùng quét được đo theo kích thước pixel riêng, và bảng Details hiển thị siêu dữ liệu đã ghi như vật kính, tên và màu kênh thực, và ngày thu nhận. | Thử nghiệm tiêu bản nhiều vùng và ảnh quét huỳnh quang từ phiên bản cellSens mà nhóm của bạn sử dụng. |
| Olympus FluoView (từ phiên bản 1.10.0) | .oib, .oif, .oir |
Mở tệp đồng tiêu FluoView với tên và màu kênh thực, các mặt phẳng tiêu cự tính bằng µm và các thời điểm tính bằng giây thực. Bảng Details hiển thị các thiết lập đã ghi như vật kính, laser, đầu dò và độ khuếch đại, và pinhole. | Đối chiếu cách diễn giải kênh, Z và thời gian với FluoView trên một lần thu nhận đại diện. |
| Zeiss ZVI và LSM (từ phiên bản 1.10.0) | .zvi, .lsm |
Mở tệp AxioVision ZVI và tệp đồng tiêu LSM từ LSM 510 đến LSM 980, với tên và màu kênh thực và các mặt phẳng tiêu cự tính bằng µm. Bảng Details hiển thị các thiết lập đã ghi như vật kính, thời gian phơi sáng, laser, đầu dò và pinhole. | Thử nghiệm tệp từ mỗi thế hệ AxioVision hoặc ZEN mà nhóm của bạn lưu trữ. |
| Leica LIF, LOF và XLEF | .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf |
Mở tệp LAS X; tệp LOF và dự án XLEF cùng các phần XLIF và XLCF mở được từ phiên bản 1.10.0, và hỗ trợ LIF cũng được nâng cao trong cùng bản phát hành đó. Ảnh quét ghép ô (tile scan) và các lần thu nhận nhiều vị trí mở dưới dạng các vị trí mà bạn có thể chuyển qua lần lượt hoặc xem cùng nhau trong XY Overview, được đặt theo tọa độ bàn mẫu đã ghi. | Giữ các tệp được tham chiếu của một dự án XLEF ở cùng nhau, và kiểm tra vị trí bàn mẫu trên một ảnh quét ghép ô đại diện. |
| DeltaVision (từ phiên bản 1.10.0) | .dv, .r3d |
Mở tệp DeltaVision, kể cả ảnh D3D đã giải chập, với các kênh, các mặt phẳng tiêu cự tính bằng µm và các thời điểm tính bằng giây. Bảng Details hiển thị các thiết lập đã ghi như vật kính, thời gian phơi sáng và bộ lọc. | So sánh tệp gốc và tệp đã giải chập từ cùng một lần thu nhận nếu cả hai đều được dùng ở các bước sau. |
| MetaMorph (từ phiên bản 1.10.0) | .stk, .nd, MetaSeries .tif |
Mở chồng ảnh STK, tệp MetaSeries TIFF và các bộ thu nhận đa chiều .nd. Một bộ .nd mở thành một ảnh duy nhất: các bước sóng trở thành kênh, các thời điểm trở thành chuỗi thời gian, và các vị trí bàn mẫu có thể được chuyển qua lần lượt hoặc xem cùng nhau trong XY Overview. |
Giữ các tệp TIFF hoặc STK mà một bộ .nd liệt kê ở cạnh tệp đó. |
| OME-Zarr (từ phiên bản 1.10.0) | Thư mục .zarr |
Mở ảnh OME-NGFF 0.4 và 0.5, kể cả đĩa HCS với mọi giếng và vi trường, và dữ liệu đầu ra của bioformats2raw cùng siêu dữ liệu OME-XML. Các giếng của đĩa có thể được chuyển qua lần lượt hoặc xem cùng nhau trong XY Overview. | Chỉ thư mục cục bộ: OME-Zarr không thể mở từ một liên kết https từ xa. |
| Ảnh thông dụng (từ phiên bản 1.10.0) | .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp |
Mở ảnh PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF và WebP trong cùng trình xem với tệp hiển vi. | Kiểm tra xem tệp có ghi thông tin hiệu chuẩn hay không trước khi dựa vào phép đo bằng µm. |
| Philips iSyntax (từ phiên bản 1.20.0) | .isyntax |
Mở ảnh quét toàn tiêu bản Philips iSyntax cùng kim tự tháp, kích thước pixel, ảnh nhãn và ảnh macro. SlideScope hiển thị dữ liệu pixel đã giải mã: các xử lý làm sắc nét, tăng cường độ tương phản và hồ sơ màu riêng của Philips không được áp dụng, và bảng Details có ghi rõ điều này. | So sánh một tiêu bản đại diện với trình xem của Philips nếu hình thức hiển thị chính xác là quan trọng. Tệp bị hỏng hoặc bị cắt cụt sẽ bị từ chối thay vì chỉ mở một phần. |
| KFBio KFB (từ phiên bản 1.20.0) | .kfb |
Mở ảnh quét toàn tiêu bản trường sáng của KFBio cùng kim tự tháp và kích thước pixel. Một ô ảnh bị hỏng sẽ được vẽ từ mức thô hơn kế tiếp, và SlideScope có thông báo điều này. | Tiêu bản huỳnh quang KFBF không mở được. Những vùng máy quét không chụp sẽ hiển thị màu trắng. |
| ICS/IDS (từ phiên bản 1.20.0) | .ics, .ids |
Mở ảnh Image Cytometry Standard, như dữ liệu đầu ra của SVI Huygens và DIPlib: cặp .ics/.ids phiên bản 1 và tệp đơn phiên bản 2, kể cả dữ liệu nén gzip, cùng tỷ lệ và các trục. Dữ liệu pixel khớp với Bio-Formats, kể cả hướng ảnh của nó với tệp Huygens. |
Giữ tệp .ids cạnh tệp tiêu đề .ics của nó. Tệp lịch .ics được nhận diện và không bị mở như ảnh. |
| Gatan DM3 và DM4 (từ phiên bản 1.20.0) | .dm3, .dm4 |
Mở ảnh Gatan Digital Micrograph cùng hiệu chuẩn và siêu dữ liệu kính hiển vi. Ảnh phổ EELS và EDS được duyệt qua theo năng lượng bằng thanh trượt Energy, còn ảnh nhiễu xạ và FFT có thanh tỷ lệ nghịch đảo tính bằng nm⁻¹ thay vì phép đo. | Phổ 1D và bộ dữ liệu 4D-STEM không mở được. |
| Olympus SIS (từ phiên bản 1.20.0) | .sis, .tif có thẻ SIS |
Mở ảnh Olympus analySIS cùng kích thước pixel và siêu dữ liệu đã ghi. | .sis cũng là phần mở rộng của trình cài đặt Symbian, vì vậy chỉ những tệp thực sự là ảnh TIFF mới được mở. |
| DICOM tiêu chuẩn | .dcm, .dicom |
Xử lý các bộ dữ liệu tiêu chuẩn một khung và nhiều khung, ánh xạ thời gian, Z, kênh, khung hình và một số siêu dữ liệu chọn lọc. DICOM toàn tiêu bản dạng chia ô được đọc qua một luồng kim tự tháp riêng với khả năng truy cập ô ảnh gốc. | Xác nhận transfer syntax/codec, SOP class, chính sách khử định danh và các yêu cầu cho mục đích nghiên cứu. |